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- PDB-6sis: Crystal structure of macrocyclic PROTAC 1 in complex with the sec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sis
タイトルCrystal structure of macrocyclic PROTAC 1 in complex with the second bromodomain of human Brd4 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / PROTAC COMPLEX / MACROCYCLE / TARGETED DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II C-terminal domain binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation by host of viral transcription / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / negative regulation of autophagy / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription corepressor binding / condensed nuclear chromosome / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / lysine-acetylated histone binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / regulation of inflammatory response / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Ubiquitin-like (UB roll) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin family / Bromodomain / Ubiquitin homologues / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LFE / Bromodomain-containing protein 4 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hughes, S.J. / Testa, A. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Structure-Based Design of a Macrocyclic PROTAC.
著者: Testa, A. / Hughes, S.J. / Lucas, X. / Wright, J.E. / Ciulli, A.
履歴
登録2019年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
E: Bromodomain-containing protein 4
F: Elongin-B
G: Elongin-C
H: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,21310
ポリマ－112,9718
非ポリマー2,2422
水1267
1
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6065
ポリマ－56,4864
非ポリマー1,1211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Bromodomain-containing protein 4
F: Elongin-B
G: Elongin-C
H: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6065
ポリマ－56,4864
非ポリマー1,1211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.459, 99.459, 148.426
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSASPASPAA349 - 45919 - 129
21LYSLYSASPASPEE349 - 45919 - 129
12METMETLYSLYSBB1 - 1041 - 104
22METMETLYSLYSFF1 - 1041 - 104
13METMETCYSCYSCC16 - 1121 - 97
23METMETCYSCYSGG16 - 1121 - 97
14PROPROGLNGLNDD61 - 20910 - 158
24PROPROGLNGLNHH61 - 20910 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15060.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: PNIC28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDFDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDFDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: PHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#5: 化合物 ChemComp-LFE / ~{N}-[(5~{S},7~{R},11~{S},23~{S})-11-~{tert}-butyl-34-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)-7-oxidanyl-4,10,13-tris(oxidanylidene)-15,18,21,25,28,31-hexaoxa-3,9,12-triazatricyclo[30.4.0.0^{5,9}]hexatriaconta-1(32),33,35-trien-23-yl]-2-[(7~{S},9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,10,12-tetraen-9-yl]ethanamide


分子量: 1120.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H70ClN9O11S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5) and 0.1 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.73 Å / Num. obs: 19211 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.5-3.830.6941124243960.5430.480.849188.4
8.57-49.730.041349413190.9940.0280.05114.392.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T35

5t35


解像度: 3.5→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 87.198 / SU ML: 0.56 / SU R Cruickshank DPI: 0.5358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.573
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 940 4.9 %RANDOM
Rwork0.2195 ---
obs0.2208 18245 92.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 184.64 Å2 / Biso mean: 105.444 Å2 / Biso min: 28.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å2-0 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7208 0 154 7 7369
Biso mean--89.78 36.71 -
残基数----902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0147546
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7291.69310241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6341.65615869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9165892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.65921.788397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.367151264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4381554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0280.2966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021352
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A36360.02
12E36360.02
21B31440.04
22F31440.04
31C26650.04
32G26650.04
41D47980.02
42H47980.02
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.913 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 259 -
Rwork0.321 4633 -
all-4892 -
obs--83.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.94161.4419-0.08886.8247-0.73672.1394-0.03410.00430.4345-0.1778-0.09070.3863-0.35960.27030.12480.6235-0.104-0.04690.4786-0.06630.262774.0097131.543713.4625
21.5743-0.98812.242.322-1.54255.5420.21170.0159-0.0992-0.0172-0.06050.2899-0.0354-0.3224-0.15120.4572-0.1053-0.00480.5758-0.01650.03737.995981.2529-17.1081
33.2735-0.6886-0.61616.55482.11594.82170.11840.2711-0.42-0.0987-0.0472-0.16870.61160.0391-0.07120.5169-0.0645-0.07920.4248-0.00980.073651.741975.882-7.3514
43.95052.1077-0.31025.2343-0.5631.31630.1765-0.1265-0.28790.242-0.1878-0.45690.06720.24760.01130.5108-0.0369-0.02850.45880.01470.044765.090493.87928.5999
55.0589-2.1748-0.43923.52970.4142.2274-0.11430.0917-0.50780.06090.1005-0.20280.09480.19480.01380.3875-0.11040.04910.74880.06310.139986.184187.9526-18.5113
60.84390.6735-0.53013.3367-1.68760.97820.23740.18080.41720.20210.15790.7505-0.1792-0.4116-0.39530.78480.26540.20061.40450.18840.777328.8449114.70519.2134
70.6823-1.4864-0.38015.67730.91770.36530.16130.03720.50570.10880.00110.1409-0.3231-0.3482-0.16250.91250.25650.10511.01870.0351.074538.9738126.4150.2271
83.5629-1.4360.04055.0537-0.52481.24870.19150.23110.8988-0.1218-0.0917-0.1291-0.4306-0.153-0.09980.62610.02440.08860.70640.16490.259160.0815117.0813-14.8003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A349 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4D61 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5E349 - 459
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7G16 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8H61 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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