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万見
- PDB-6sft: Solution structure of protein ARR_CleD in complex with c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sft
タイトルSolution structure of protein ARR_CleD in complex with c-di-GMP
要素Two-component receiver protein CleD
キーワードSIGNALING PROTEIN / c-di-GMP / CleD / CheY / Response Regulator
機能・相同性: / phosphorelay signal transduction system / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Chem-C2E / Two-component receiver protein CleD
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Habazettl, J. / Hee, C.S. / Jenal, U. / Schirmer, T. / Grzesiek, S.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationSNF 31-149927 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Intercepting second-messenger signaling by rationally designed peptides sequestering c-di-GMP.
著者: Hee, C.S. / Habazettl, J. / Schmutz, C. / Schirmer, T. / Jenal, U. / Grzesiek, S.
履歴
登録2019年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component receiver protein CleD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5563
ポリマ－4,1751
非ポリマー1,3812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, dissociation constant K_D - 110 nM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2010 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area4020 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Two-component receiver protein CleD


分子量: 4174.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ARR_CleD is the arginine rich region of CleD, ranging from K140 to S174. It binds intercalated dimeric c-di-GMP
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: cleD, CCNA_03198 / 詳細 (発現宿主): pET28a-His-SUMO-ARR_CleD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3CCM2
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D 1H-15N TOCSY
151isotropic13D 1H-15N NH2 NOESY
191isotropic13D 1H-15N NH2 TOCSY
161isotropic22D 1H-1H NOESY
182isotropic33D HNCA
172isotropic33D HNCO
1132isotropic33D CBCA(CO)NH
1122isotropic33D HBHA(CO)NH
1112isotropic33D CBCANH
1102isotropic13D C(CO)NH
1152isotropic22D 1H-1H NOESY isotpe filtered
1161isotropic13D 15N t1 interleaved
1141isotropic13D 15N t2 interleaved
1171isotropic12D 1H-15N NOE without sturation
1191isotropic12D 1H-15N NOE with sturation
1242isotropic13D HN(CO)CA
2182anisotropic13D HN(CO)CA without decoupling
1252isotropic12D 1H-15N HSQC IPAP
2232anisotropic12D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution11.0 mM [U-99% 15N] ARR_CleD, 3.0 mM C2E, 100 mM sodium chloride, 2 mM magnesim chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N_sample95% H2O/5% D2O
solution20.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ARR_CleD, 2.7 mM C2E, 100 mM sodium chloride, 2 mM magnesium chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N_13C_sample95% H2O/5% D2O
filamentous virus30.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ARR_CleD, 1.8 mM C2E, 66.6 mM sodium chloride, 1.33 mM magnesium chloride, 13.33 mM sodium phosphate, 9 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O15N-13C-phages90% H2O/10% D2OD2O splitting of 8Hz is enough
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMARR_CleD[U-99% 15N]1
3.0 mMC2Enatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMmagnesim chloridenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
0.9 mMARR_CleD[U-99% 13C; U-99% 15N]2
2.7 mMC2Enatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMmagnesium chloridenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
0.6 mMARR_CleD[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1.8 mMC2Enatural abundance3
66.6 mMsodium chloridenatural abundance3
1.33 mMmagnesium chloridenatural abundance3
13.33 mMsodium phosphatenatural abundance3
9 mg/mLPf1 phagenatural abundance3
試料状態

pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

Conditions-IDイオン強度LabelPH errTemperature err
10.47 Mconditions_10.040.1
20.31 Mconditions_2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker DRXBrukerDRX6001TXI probe head
Bruker DRXBrukerDRX9002TCI probe head
Bruker DRXBrukerDRX8003TXI probe head

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
Sparky3.115Goddardpeak picking
NMRPipe8.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ModelFree4Palmerデータ解析
PIPPGarrettpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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