PDB-6sdm: NADH-dependent variant of TBADH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sdm

タイトル

NADH-dependent variant of TBADH

要素

NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Selles Vidal, L. / Murray, J.W. / Heap, J.T.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Versatile selective evolutionary pressure using synthetic defect in universal metabolism.
著者: Selles Vidal, L. / Murray, J.W. / Heap, J.T.

履歴

登録	2019年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sdm.cif.gz	647.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sdm.ent.gz	450 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6sdm_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sdm_full_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示
XML形式データ	6sdm_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	6sdm_validation.cif.gz	64.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6schC 1ykfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fsr-d 6sch-d 1ykf-d 4zic-2 7jns-d 4oh1-1 2b83-d 1kev-d 4cpd-d 1y9a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (11) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

B: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

C: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

D: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.123, 123.946, 169.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 0 - 352 / Label seq-ID: 2 - 354

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and (resid 0 through 339 or (resid 340...	A	A
2	2	(chain 'B' and (resid 0 through 339 or (resid 340...	B	B
3	3	(chain 'C' and (resid 0 through 339 or (resid 340...	C	C
4	4	(chain 'D' and (resid 0 through 339 or (resid 340...	D	D

#1: タンパク質	NADP-dependent isopropanol dehydrogenase 分子量: 37912.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter brockii (バクテリア) 遺伝子: adh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14941, isopropanol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% w/v PEG 3K, sodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→71.68 Å / Num. obs: 39642 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 69.95 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.1918 / Net I/σ(I): 6.92
反射シェル	解像度: 2.85→2.952 Å / R_merge(I) obs: 1.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 3923 / CC_1/2: 0.554 / % possible all: 99.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YKF

1ykf

解像度: 2.85→71.68 Å / SU ML: 0.4182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.433

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2385	2015	5.09 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.1774	39601	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→71.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10618	0	4	0	10622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	10852
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0608	14692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0606	1648
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1906
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.3179	6492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.92	0.4148	108	0.3292	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.92-3	0.3205	157	0.293	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3-3.09	0.3187	131	0.2657	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.09-3.19	0.3418	137	0.2636	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.19-3.3	0.2864	150	0.2506	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.3-3.43	0.283	145	0.2096	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.43-3.59	0.3256	152	0.195	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.59-3.78	0.3055	142	0.1827	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.78-4.02	0.2293	128	0.1519	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.02-4.33	0.1972	155	0.1274	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.33-4.76	0.1502	167	0.1119	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.45	0.2183	138	0.1298	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
5.45-6.87	0.2307	144	0.1705	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.87-71.68	0.2065	161	0.1655	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.47075460359	-1.54033762188	-1.99032472868	2.44302994522	0.774174229367	5.70798895789	1.06803576861	0.813955092613	0.74901084749	-0.988091254281	0.0980499597976	-0.287185684817	-3.27955176305	-0.488251721238	-0.662351552927	1.38888537336	0.204116582711	0.225397652054	0.815382542627	0.244857224037	0.853973558643	-45.4640580748	23.034983969	2.8493406647
2	2.63574794334	-0.430403513174	0.891974518491	1.96846770926	-0.540424534159	6.1228407396	0.192022702707	0.500576501706	-0.0426502314782	-0.580680234176	-0.0045344007815	0.314779003838	-0.134553159049	-0.322342939167	-0.162465708693	0.44997812381	0.0612719033744	-0.0953386585546	0.42869342905	0.0352549034683	0.544117862144	-38.6177141074	7.4232235044	7.78452072071
3	4.08620862854	0.620806092911	1.98468539859	2.78923384236	0.798742508404	3.50105016601	0.0716205742513	-0.28268351869	0.343841234793	0.115363753927	0.00268219251516	0.0488916438785	-0.247008597232	0.0559865285013	-0.107999144505	0.365037283641	0.0628617871151	0.0435214516636	0.372656479637	0.0314364007236	0.596812114105	-29.2023433075	10.5280786712	25.4964473725
4	6.69978942302	-2.34973787307	-0.652668258071	4.6575888654	-1.74328300373	4.66991711575	0.353476826966	-0.15951835672	0.157840525433	-0.150277181538	-0.116563670045	1.37034315882	-0.532762687192	-0.674082340182	-0.208278017328	0.363675605633	0.0314022448018	-0.0810526622142	0.518943207771	0.0420968299572	0.736190123373	-51.1817397694	14.2881505362	17.0300612259
5	3.29075991794	2.81285360166	-0.409841060635	7.51468678777	0.66750010263	1.67117363486	0.186173327176	-0.18922496425	-0.128970271767	0.329228262007	-0.117918770945	-0.0556227103525	0.0366100988443	0.0409836583767	-0.0817368238938	0.301638985254	0.0671717364823	-0.128506990822	0.516043665061	-0.0827658442481	0.610789248253	10.0337385503	5.29335780518	36.84973628
6	2.17680193421	3.23884041544	0.143176556714	5.68867248301	-1.14873455504	5.27784082351	0.0677920989402	-0.301238925246	-0.147756884407	0.212370329633	-0.0451665999776	-0.0533534859852	0.115354831459	-0.133892130362	-0.0282094711868	0.350079305679	0.0850561516157	-0.0502900289168	0.392770582515	-0.0813789780011	0.605604461826	2.83562187284	-0.273191927737	29.8639133774
7	4.26300733	-1.58315241673	1.36120784771	4.9633802598	-1.58596704695	2.90621963799	-0.0543283057903	0.14239689939	0.371707713038	-0.0550060781106	0.123548388386	-0.254244271731	-0.360565948847	0.0966492276731	-0.0656049718699	0.342546727915	-0.0517051538167	0.0582821692339	0.434476624668	-0.0250560330334	0.433337469732	-6.29263066378	13.4640485364	11.8946295903
8	7.69474878209	4.84791251343	4.73980092883	5.25376040556	4.44880237158	8.50030161744	-0.261294028229	0.548510452896	0.533912855027	-0.353354213071	0.175912865532	-0.48834311966	-0.697791408405	0.383856054701	0.112478332064	0.370875986223	0.0605517432957	0.0119117044284	0.457663185164	0.0163659344841	0.786904657987	14.8543937602	12.4904934552	21.3900391073
9	3.67313713521	-0.670746648759	-0.606246003295	1.02271977711	1.56759123296	2.97113220297	0.31682614903	0.869283765339	-0.750854070652	-0.810816267843	-0.182762453413	0.343953179742	0.438895129241	-0.156512611921	-0.131384078374	1.23988699833	0.267361740949	-0.130463137092	0.850264401973	-0.134396015795	0.661631019053	-20.9445414781	-5.63315217807	-19.3210209385
10	2.92795547846	-1.72684316645	1.2325215739	2.8217226473	-1.68688861962	3.64388683433	0.32212064036	0.557521097982	0.0452453655966	-0.875510440574	-0.296310700165	-0.226606544669	0.510399964631	0.0886599508115	-0.11490693655	0.749390960727	0.149074094122	0.0525566621587	0.647388432527	-0.148294625255	0.55803598348	-9.34527683139	-4.78690714273	-7.75145430971
11	1.82845742576	-0.463771970696	0.327306632255	3.15232758799	-0.831316390711	2.94656536046	0.189318676249	0.469444100161	-0.635884415411	-0.500450098455	-0.121218410552	-0.086439103354	0.657228544714	0.193729680554	-0.0149557543898	0.771177980375	0.126615935378	0.0179091615287	0.644265335319	-0.236859649054	0.737046245567	-6.61977919417	-16.8149299201	2.52525230154
12	2.36508720419	1.50093566175	0.989311987261	0.988174992241	0.847801828737	1.56173669965	0.463592338421	1.26072273637	-0.636078472156	-1.15206488394	-0.626669837199	-0.75987719554	0.203439814035	0.708683247033	-0.180831417218	1.47701510045	0.505652897196	0.150432988976	1.18293422759	-0.249382016664	0.671240099875	-2.40363350477	-9.28895813315	-19.8894743734
13	2.62469135959	0.142101295048	0.0388424601628	5.10831339814	-0.833419899749	2.23590639562	0.0814894314681	-0.0341003195393	-0.255186836604	-0.18485811481	0.0949240135921	-0.0557388778231	0.0664379595647	0.120410131611	-0.188656127294	0.390901219265	0.0134426779216	-0.106466530027	0.43693709843	0.0436953721977	0.536114599386	-17.2600819964	-24.3906125848	37.3795971841
14	2.46970208244	-0.500885050354	0.157225072018	2.65711974867	0.550599476902	6.10789157043	0.142598818762	0.359547149709	-0.785758585509	-0.563445192455	0.0739245778176	0.126899199246	0.727807402294	-0.156094654191	-0.148069230844	0.531678071326	-0.0300058002851	-0.181788529119	0.412475798855	-0.040944188597	0.813251176175	-30.6865225315	-19.0521642791	14.3886556474
15	6.21251961476	-3.28599488998	-0.861151817455	7.65485356777	-2.27453631196	3.57675709602	0.104653405219	0.053680625957	-1.44334197752	-0.355785254831	0.45817308517	1.14045464807	0.58342131156	-0.595340134923	-0.50519477449	0.483784137754	-0.110106017767	-0.186991561811	0.611669491248	0.227427076201	1.01063380999	-34.1126415451	-29.0183080861	35.170299907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 198 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 199 through 310 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 311 through 352 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 79 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 80 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 151 through 310 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 311 through 352 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid -1 through 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 113 through 198 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 199 through 310 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 311 through 352 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid -1 through 150 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 151 through 310 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 311 through 352 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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