[日本語] English
万見
- PDB-6sd0: Structure of beta-galactosidase from Thermotoga maritima. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sd0
タイトルStructure of beta-galactosidase from Thermotoga maritima.
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / BETA-GALACTOSIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / HYDROLYSIS / GALACTOOLIGOSACCHARIDE / THERMOTOGA MARITIMA / THERMORESISTANT / LACTOSE / GLYCOSYL HYDROLASE 2 FAMILY. SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 ...Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Ramirez-Escudero, M. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2020
タイトル: The cryo-EM Structure of β-Galactosidase: Quaternary Structure Guides Protein Engineering.
著者: Samuel Míguez Amil / Elena Jiménez-Ortega / Mercedes Ramírez-Escudero / David Talens-Perales / Julia Marín-Navarro / Julio Polaina / Julia Sanz-Aparicio / Rafael Fernandez-Leiro /
要旨: Lactose intolerance is a common digestive disorder that affects a large proportion of the adult human population. The severity of the symptoms is highly variable, depending on the susceptibility to ...Lactose intolerance is a common digestive disorder that affects a large proportion of the adult human population. The severity of the symptoms is highly variable, depending on the susceptibility to the sugar and the amount digested. For that reason, enzymes that can be used for the production of lactose-free milk and milk derivatives have acquired singular biotechnological importance. One such case is β-galactosidase (TmLac). Here, we report the cryo-EM structure of TmLac at 2.0 Å resolution. The protein features a newly solved domain at its C-terminus, characteristic of the genus , which promotes a peculiar octameric arrangement. We have assessed the constraints imposed by the quaternary protein structure on the construction of hybrid versions of this GH2 enzyme. Carbohydrate binding modules (CBM) from the CBM2 and CBM9 families have been added at either the amino or carboxy terminus, and the structural and functional effects of such modifications have been analyzed. The results provide a basis for the rational design of hybrid enzymes that can be efficiently attached to different solid supports.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,2368
ポリマ－511,1394
非ポリマー974
水543
1
A: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,022,47216
ポリマ－1,022,2788
非ポリマー1948
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
2
B: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,022,47216
ポリマ－1,022,2788
非ポリマー1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.852, 167.852, 519.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A1 - 1084
2113B1 - 1084
3113C1 - 1084
4113D1 - 1084

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.544372, 0.838834, 0.004138), (0.838829, 0.544385, -0.003412), (-0.005115, 0.001614, -0.999986)-56.61729, -7.83474, -51.415089
3given(0.997958, -0.063515, 0.006724), (-0.063502, -0.99798, -0.002016), (0.006839, 0.001585, -0.999975)5.18696, 173.065903, 70.390839
4given(-0.597367, 0.801933, -0.007488), (-0.801963, -0.59737, 0.002018), (-0.002855, 0.007211, 0.99997)-51.403179, 184.249207, 121.059143

-
要素

#1: タンパク質
Beta-galactosidase / Beta-gal / Lactase


分子量: 127784.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: lacZ, TM_1193 / プラスミド: pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56307, beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.7 % / 解説: Crystal bar
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 0.2 M NaNO3, 2% MPD, 8 mM n-Nonyl-b-D-thiomaltoside. The crystals were enhanced by the microseeding technique.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月4日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.158
11-K, -H, -L20.842
反射解像度: 3.7→40 Å / Num. all: 442617 / Num. obs: 76050 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3.7→3.78 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 26943 / CC1/2: 0.581 / Rpim(I) all: 0.771 / Rrim(I) all: 1.906 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimless7.0.071データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DP0

1dp0


解像度: 3.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 41.163 / SU ML: 0.623 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.161
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2855 3720 4.9 %RANDOM
Rwork0.2411 ---
obs0.2432 72328 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 276.79 Å2 / Biso mean: 146.58 Å2 / Biso min: 38.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-38.67 Å20 Å20 Å2
2--38.67 Å20 Å2
3----77.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36112 0 4 3 36119
Biso mean--40.92 38.94 -
残基数----4332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01337204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01733892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.64850404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1241.58178716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26954336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.05122.1172192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.934156460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.25115260
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.24476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0241408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.028476
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A11133LOOSE POSITIONAL0.25
2B11133LOOSE POSITIONAL0.215
3C11133LOOSE POSITIONAL0.25
4D11133LOOSE POSITIONAL0.235
1A6372TIGHT THERMAL10.610.5
2B6372TIGHT THERMAL8.020.5
3C6372TIGHT THERMAL7.50.5
4D6372TIGHT THERMAL12.070.5
1A11133LOOSE THERMAL11.5110
2B11133LOOSE THERMAL9.1610
3C11133LOOSE THERMAL8.7910
4D11133LOOSE THERMAL12.2410
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 276 -
Rwork0.346 5366 -
all-5642 -
obs--99.52 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る