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- PDB-6scy: U34-tRNA thiolase NcsA from Methanococcus maripaludis with its [4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6scy
タイトルU34-tRNA thiolase NcsA from Methanococcus maripaludis with its [4Fe-4S] cluster
要素([4Fe-4S]-dependent U34-ARNt ...) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA thiolase / iron-sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA thio-modification / tRNA wobble uridine modification / transferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1 / tRNA thiolation protein, TtcA/Ctu1 type / : / 2-thiouridine synthetase TtuA, N-terminal LIM domain / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop family / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Bimai, O. / Legrand, P. / Golinelli-Pimpaneau, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-LABX-0011 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: The thiolation of uridine 34 in tRNA, which controls protein translation, depends on a [4Fe-4S] cluster in the archaeum Methanococcus maripaludis.
著者: Bimai, O. / Legrand, P. / Ravanat, J.L. / Touati, N. / Zhou, J. / He, N. / Lenon, M. / Barras, F. / Fontecave, M. / Golinelli-Pimpaneau, B.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [4Fe-4S]-dependent U34-ARNt thiolase
B: [4Fe-4S]-dependent U34-ARNt thiolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,79153
ポリマ－70,5042
非ポリマー5,28851
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-685 kcal/mol
Surface area33300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.980, 84.480, 145.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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[4Fe-4S]-dependent U34-ARNt ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 [4Fe-4S]-dependent U34-ARNt thiolase


分子量: 35127.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) (古細菌)
遺伝子: MMP1356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LXJ4
#2: タンパク質 [4Fe-4S]-dependent U34-ARNt thiolase


分子量: 35376.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) (古細菌)
遺伝子: MMP1356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LXJ4

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非ポリマー , 4種, 230分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: anaerobic conditions (glove box). 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium sulfate, 18% (w/v) PEG 4000, 10% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980096 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→48.48 Å / Num. obs: 17385 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 94.14 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.194 / Rsym value: 0.183 / Χ2: 1.04 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 6.89 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1150 / CC1/2: 0.146 / Rpim(I) all: 2.366 / Rrim(I) all: 7.304 / Rsym value: 6.89 / Χ2: 0.69 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDS20170615データ削減
XDS20170615データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VRH

3vrh


解像度: 2.81→31.85 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.561
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 645 4.89 %random
Rwork0.209 ---
obs0.213 13180 76.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.006 Å20 Å20 Å2
2--1.1605 Å20 Å2
3----4.1666 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→31.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4733 0 245 179 5157
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 17 4.13 %
Rwork0.2238 395 -
obs--15.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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