[日本語] English
万見
- PDB-6scx: Crystal structure of the catalytic domain of human NUDT12 in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6scx
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of human NUDT12 in complex with 7-methyl-guanosine-5'-triphosphate
要素Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
キーワードHYDROLASE / NUDIX protein / DENADDING enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NADP+ catabolic process / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / mRNA methylguanosine-cap decapping / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / NAD-cap decapping / NAD+ catabolic process ...: / NADP+ catabolic process / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / mRNA methylguanosine-cap decapping / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / NAD-cap decapping / NAD+ catabolic process / : / : / mRNA catabolic process / peroxisomal matrix / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / circadian regulation of gene expression / peroxisome / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADH pyrophosphatase-like, N-terminal / NADH pyrophosphatase-like rudimentary NUDIX domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase - #20 / Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase / : / NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. ...NADH pyrophosphatase-like, N-terminal / NADH pyrophosphatase-like rudimentary NUDIX domain / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase - #20 / Zinc ribbon, NADH pyrophosphatase / : / NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NAD-capped RNA hydrolase NUDT12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者McCarthy, A.A. / Chen, K.M. / Wu, H. / Li, L. / Homolka, D. / Gos, P. / Fleury-Olela, F. / Pillai, R.S.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Decapping Enzyme NUDT12 Partners with BLMH for Cytoplasmic Surveillance of NAD-Capped RNAs.
著者: Wu, H. / Li, L. / Chen, K.M. / Homolka, D. / Gos, P. / Fleury-Olela, F. / McCarthy, A.A. / Pillai, R.S.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
B: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
C: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,62915
ポリマ－120,0033
非ポリマー2,62612
水724
1
A: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
B: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,86511
ポリマ－80,0022
非ポリマー1,8639
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
ヘテロ分子

C: Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5288
ポリマ－80,0022
非ポリマー1,5266
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
Buried area6870 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area28710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.859, 229.859, 159.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisomal NADH pyrophosphatase NUDT12 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 12 / Nudix motif 12


分子量: 40000.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT12 / プラスミド: pETM-11-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQG2, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 % / 解説: Long rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.3
詳細: 20% (w/v) PEG 3350 0.2M potassium citrate tribasic monohydrate 0.02M CdCl(2) 0.02M m7GTP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.0077 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0077 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→114.93 Å / Num. obs: 21142 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.2 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1057 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 1.56 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Coot0.8.9.2モデル構築
PHASER2.8.2位相決定
pointless1.11.21データスケーリング
XDSMar 15, 2019データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
STARANISO2.2.19データスケーリング
MxCuBEv2データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O3P

6o3p


解像度: 2.92→114.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.525
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1062 5.02 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.233 21142 60.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 258.63 Å2 / Biso mean: 94.16 Å2 / Biso min: 28.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8037 Å20 Å20 Å2
2---1.8037 Å20 Å2
3---3.6075 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.92→114.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7556 0 207 4 7767
Biso mean--80.07 46.34 -
残基数----976
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2675SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1402HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7948HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1039SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8775SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7948HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10860HARMONIC20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.16
LS精密化 シェル解像度: 2.92→3.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 26 6.15 %
Rwork0.2887 397 -
all0.2889 423 -
obs--8.36 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-37.068223.2226-37.1947
2-28.352533.6592-16.1882
3-42.50817.1121-69.353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A115 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B115 - 459
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C115 - 459

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る