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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sce | |||||||||
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タイトル | Structure of a Type III CRISPR defence DNA nuclease activated by cyclic oligoadenylate | |||||||||
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![]() | DNA / CRISPR CARF DNA Nuclease cyclic oligoadenylate Thermus thermophilus | |||||||||
機能・相同性 | Restriction endonuclease type II-like / RNA / Uncharacterized protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | McMahon, S.A. / Zhu, W. / Graham, S. / White, M.F. / Gloster, T.M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of a Type III CRISPR defence DNA nuclease activated by cyclic oligoadenylate. 著者: McMahon, S.A. / Zhu, W. / Graham, S. / Rambo, R. / White, M.F. / Gloster, T.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72254.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TTHB155 / Variant: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M bis-Tris propane, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→59.7 Å / Num. obs: 78941 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4460 / CC1/2: 0.755 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.802 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→59.7 Å
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拘束条件 |
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