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- PDB-6scb: Crystal structure of a shortened IpgC variant with two bound Magn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6scb
タイトルCrystal structure of a shortened IpgC variant with two bound Magnesium and two bound Chlorine atoms each
要素Chaperone protein IpgC
キーワードCHAPERONE / IpgC / Mg / Cl / Dimer / Shigella / Mutant
機能・相同性Tetratricopeptide TPR-3 / Tetratricopeptide repeat / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD, subgroup / Type III secretion system, low calcium response, chaperone LcrH/SycD / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / identical protein binding / cytoplasm / Chaperone protein IpgC
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Ley, M. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a shortened IpgC variant with two bound Magnesium and two bound Chlorine atoms each
著者: Ley, M. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2019年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein IpgC
B: Chaperone protein IpgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7416
ポリマ－32,6212
非ポリマー1204
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.554, 57.554, 159.979
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1

Component-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1THRTHRTYRTYR(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA24 - 4016 - 32
2TYRTYRLYSLYS(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA42 - 4934 - 41
3ILEILEGLUGLU(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA52 - 5344 - 45
4ALAALAASNASN(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA55 - 6947 - 61
5ASPASPTYRTYR(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA71 - 7263 - 64
6METMETLEULEU(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA74 - 7666 - 68
7ALAALAGLUGLU(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA78 - 8470 - 76
8PHEPHEGLNGLN(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA86 - 11478 - 106
9ARGARGGLUGLU(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA116 - 128108 - 120
10VALVALGLNGLN(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA130 - 144122 - 136
11TYRTYRALAALA(chain 'A' and (resid 24 through 34 or (resid 35...AA146 - 149138 - 141
12THRTHRTYRTYR(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB24 - 4016 - 32
13TYRTYRLYSLYS(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB42 - 4934 - 41
14ILEILEGLUGLU(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB52 - 5344 - 45
15ALAALAASNASN(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB55 - 6947 - 61
16ASPASPTYRTYR(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB71 - 7263 - 64
17METMETLEULEU(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB74 - 7666 - 68
18ALAALAGLUGLU(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB78 - 8470 - 76
19PHEPHEGLNGLN(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB86 - 11478 - 106
20ARGARGGLUGLU(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB116 - 128108 - 120
21VALVALGLNGLN(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB130 - 144122 - 136
22TYRTYRALAALA(chain 'B' and (resid 24 through 28 or (resid 29...BB146 - 149138 - 141

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein IpgC


分子量: 16310.492 Da / 分子数: 2 / 変異: M1_E9del, D152_E154del / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipgC, ippI, CP0129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2U4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG 4000, 0.05 M TRIS (pH 7.0), 0.3 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 43023 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.89 % / Biso Wilson estimate: 18.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 16.64
反射 シェル解像度: 1.58→1.66 Å / 冗長度: 4.72 % / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 6816 / CC1/2: 0.906 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.02データ削減
XDS1.02データスケーリング
PHASER7.0.047位相決定
PHENIX1.16精密化
Coot0.8.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gyz

3gyz


解像度: 1.58→47.59 Å / SU ML: 0.1716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.246
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 2138 4.98 %Random selection
Rwork0.1753 ---
obs0.1773 42965 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 4 250 2414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95093158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.21681383
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3478 134 -
Rwork0.2784 2662 -
obs--98.59 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.2408293726 Å / Origin y: 23.4541568674 Å / Origin z: 10.2687086434 Å
111213212223313233
T0.154722686673 Å20.0050495730518 Å20.00242394278634 Å2-0.169768496147 Å2-0.000150334724097 Å2--0.14539227627 Å2
L0.258265056437 °20.0693939802139 °20.0773470250224 °2-0.115323643981 °20.0528293206899 °2--0.327451376145 °2
S-0.0572315953059 Å °0.012152436293 Å °0.010099663824 Å °-0.00257622342005 Å °0.0262485493261 Å °0.00396407787401 Å °-0.00810642149926 Å °0.00524691980659 Å °-1.22336368013E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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