PDB-6sbv: X-ray Structure of Human LDH-A with an Allosteric Inhibitor (Comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sbv

タイトル

X-ray Structure of Human LDH-A with an Allosteric Inhibitor (Compound 7)

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LDHA / OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / ALLOSTERIC INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / cadherin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Friberg, A. / Puetter, V. / Nguyen, D. / Rehwinkel, H.

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2020
タイトル: Structural Evidence for Isoform-Selective Allosteric Inhibition of Lactate Dehydrogenase A.
著者: Friberg, A. / Rehwinkel, H. / Nguyen, D. / Putter, V. / Quanz, M. / Weiske, J. / Eberspacher, U. / Heisler, I. / Langer, G.

履歴

登録	2019年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sbv.cif.gz	510.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sbv.ent.gz	425.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/6sbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/6sbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sbuC 4l4rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6p6u-2 6sbu-2 5es3-1 2qee-2 6sbu-1 8ldh-1 3ahe-1 1llw-d 1ea0-2 6p6u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

297 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: L-lactate dehydrogenase A chain

F: L-lactate dehydrogenase A chain

G: L-lactate dehydrogenase A chain

H: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.369, 146.287, 308.362
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 332 / Label seq-ID: 2 - 332

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 36660.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-L5K / ~{N}-[3-[(7-nitrodibenzofuran-2-yl)sulfonylamino]phenyl]-1-oxidanyl-cyclopropane-1-carboxamide 分子量: 467.451 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₇N₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5-7.7, 4-8% PEG 8000, 20% ethylene glycol, and 10% acetonitrile PH範囲: 7.5-7.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 112371 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.991 / R_rim(I) all: 0.225 / Net I/σ(I): 6.18
反射シェル	解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 17771 / CC_1/2: 0.797 / R_rim(I) all: 0.861 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4l4r

4l4r

解像度: 2.6→48.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 14.316 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.515 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24233	2101	1.9 %	RANDOM
R_work	0.2191	-	-	-
obs	0.21954	110270	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.504 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20374	0	264	391	21029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	21017
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	20391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.645	28478
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.161	1.584	47201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.635	5	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.609	23.499	886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.71	15	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.366	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	22865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3919
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.35	4.465	10506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.35	4.465	10505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.767	6.69	13105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.767	6.69	13106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.729	4.869	10511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.728	4.869	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.545	7.144	15348
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.347	51.337	22807
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.344	51.341	22795
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10104	0.05
1	2	B	10104	0.05
2	1	A	10122	0.04
2	2	C	10122	0.04
3	1	A	10117	0.05
3	2	D	10117	0.05
4	1	A	10161	0.04
4	2	E	10161	0.04
5	1	A	10138	0.05
5	2	F	10138	0.05
6	1	A	10156	0.04
6	2	G	10156	0.04
7	1	A	10123	0.05
7	2	H	10123	0.05
8	1	B	10083	0.05
8	2	C	10083	0.05
9	1	B	10114	0.05
9	2	D	10114	0.05
10	1	B	10098	0.05
10	2	E	10098	0.05
11	1	B	10152	0.04
11	2	F	10152	0.04
12	1	B	10116	0.05
12	2	G	10116	0.05
13	1	B	10134	0.04
13	2	H	10134	0.04
14	1	C	10116	0.05
14	2	D	10116	0.05
15	1	C	10159	0.04
15	2	E	10159	0.04
16	1	C	10105	0.05
16	2	F	10105	0.05
17	1	C	10156	0.04
17	2	G	10156	0.04
18	1	C	10129	0.04
18	2	H	10129	0.04
19	1	D	10149	0.04
19	2	E	10149	0.04
20	1	D	10144	0.04
20	2	F	10144	0.04
21	1	D	10125	0.04
21	2	G	10125	0.04
22	1	D	10168	0.04
22	2	H	10168	0.04
23	1	E	10151	0.04
23	2	F	10151	0.04
24	1	E	10152	0.05
24	2	G	10152	0.05
25	1	E	10163	0.04
25	2	H	10163	0.04
26	1	F	10147	0.04
26	2	G	10147	0.04
27	1	F	10145	0.04
27	2	H	10145	0.04
28	1	G	10138	0.04
28	2	H	10138	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.598→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	149	-
R_work	0.367	7826	-
obs	-	-	97.43 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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