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- PDB-6sb1: Crystal structure of murine perforin-2 P2 domain crystal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sb1
タイトルCrystal structure of murine perforin-2 P2 domain crystal form 1
要素Macrophage-expressed gene 1 protein
キーワードTOXIN / Pore-forming protein / perforin / MACPF
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane ...dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen / phagolysosome membrane / endolysosome / pore-forming activity / antibacterial innate immune response / wide pore channel activity / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / phagocytic vesicle / phagocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Macrophage-expressed gene 1 protein / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage-expressed gene 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ni, T. / Ginger, L. / Gilbert, R.J.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N000331/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of bactericidal mammalian perforin-2, an ancient agent of innate immunity.
著者: Tao Ni / Fang Jiao / Xiulian Yu / Saša Aden / Lucy Ginger / Sophie I Williams / Fangfang Bai / Vojtěch Pražák / Dimple Karia / Phillip Stansfeld / Peijun Zhang / George Munson / Gregor ...著者: Tao Ni / Fang Jiao / Xiulian Yu / Saša Aden / Lucy Ginger / Sophie I Williams / Fangfang Bai / Vojtěch Pražák / Dimple Karia / Phillip Stansfeld / Peijun Zhang / George Munson / Gregor Anderluh / Simon Scheuring / Robert J C Gilbert /
要旨: Perforin-2 (MPEG1) is thought to enable the killing of invading microbes engulfed by macrophages and other phagocytes, forming pores in their membranes. Loss of perforin-2 renders individual ...Perforin-2 (MPEG1) is thought to enable the killing of invading microbes engulfed by macrophages and other phagocytes, forming pores in their membranes. Loss of perforin-2 renders individual phagocytes and whole organisms significantly more susceptible to bacterial pathogens. Here, we reveal the mechanism of perforin-2 activation and activity using atomic structures of pre-pore and pore assemblies, high-speed atomic force microscopy, and functional assays. Perforin-2 forms a pre-pore assembly in which its pore-forming domain points in the opposite direction to its membrane-targeting domain. Acidification then triggers pore formation, via a 180° conformational change. This novel and unexpected mechanism prevents premature bactericidal attack and may have played a key role in the evolution of all perforin family proteins.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage-expressed gene 1 protein
B: Macrophage-expressed gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9036
ポリマ－64,5912
非ポリマー3124
水1,63991
1
A: Macrophage-expressed gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5154
ポリマ－32,2961
非ポリマー2203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Macrophage-expressed gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3882
ポリマ－32,2961
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.530, 31.270, 103.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 376 through 538 or resid 549 through 579))
21(chain B and resid 376 through 579)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEVALVAL(chain A and (resid 376 through 538 or resid 549 through 579))AA376 - 53831 - 193
12PROPROILEILE(chain A and (resid 376 through 538 or resid 549 through 579))AA549 - 579204 - 234
21PHEPHEILEILE(chain B and resid 376 through 579)BB376 - 57931 - 234

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要素

#1: タンパク質 Macrophage-expressed gene 1 protein / Mpg-1 / Perforin-2 / P-2 / Protein MPS1


分子量: 32295.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mpeg1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A1L314
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH6.0, 10% PEG6000, 4mM L-cysteine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→58.98 Å / Num. obs: 28963 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Num. unique obs: 7980

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2645精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.05→57.632 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 1432 4.95 %
Rwork0.212 --
obs0.2135 28948 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.43 Å2 / Biso mean: 77.006 Å2 / Biso min: 31.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→57.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2988 0 19 91 3098
Biso mean--79.31 68.9 -
残基数----392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0934181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0331851
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1815X-RAY DIFFRACTION9.162TORSIONAL
12B1815X-RAY DIFFRACTION9.162TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.05-2.12330.37411420.328270899
2.1233-2.20830.30611300.2916275299
2.2083-2.30880.29141380.276268699
2.3088-2.43050.27841600.2426272099
2.4305-2.58280.29071410.2547273499
2.5828-2.78220.31231650.2574269799
2.7822-3.06220.27181200.23362777100
3.0622-3.50520.23931460.2052784100
3.5052-4.4160.23931460.1865277599
4.416-51.810.19211440.1843288399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.93515.7192-2.66887.7789-2.41254.74130.5436-0.5691.06420.4819-0.21090.6261-0.44350.2603-0.26450.53990.02240.09710.2396-0.05790.3989-0.103728.573360.446
27.1785-1.3464-4.8391.64041.03715.0903-0.2281-0.2395-0.21340.4018-0.06990.67290.2301-0.33390.21550.6934-0.01640.2290.3983-0.07030.6817-15.970121.787569.6138
38.56921.98550.10698.73931.65815.6067-0.3202-1.0113-0.5060.58470.2395-1.44240.00520.88360.0660.50640.0905-0.16210.49330.04490.548814.142722.277463.308
46.2694-2.67170.83668.99241.62942.75560.49140.10730.6914-0.2629-0.27460.1075-0.4991-0.0865-0.18450.518-0.01350.06010.23620.03940.352629.287213.005695.6421
57.6177-0.1322-5.3492.1178-0.14725.2744-0.42130.0526-0.4311-0.3465-0.1028-0.44560.25230.3780.42120.5817-0.01870.14250.36230.06940.549445.75476.158785.4148
62.2406-2.9493.17336.743-6.57286.49980.1098-1.70841.02523.89941.59423.9122-3.6943-3.7614-1.35971.68840.50360.46031.2469-0.03521.61813.747317.8783106.2795
77.0384-0.4231-0.61857.3290.38636.1917-0.54871.2059-0.6382-0.39120.08741.5920.2985-1.00850.37480.4858-0.1419-0.08690.6311-0.13870.788916.16146.150692.3161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 376 through 412 )A376 - 412
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 413 through 464 )A413 - 464
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 465 through 579 )A465 - 579
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 374 through 412 )B374 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 413 through 464 )B413 - 464
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 465 through 474 )B465 - 474
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 475 through 579 )B475 - 579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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