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万見
- PDB-6sap: Structure of the PUB domain from Ubiquitin Regulatory X domain pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sap
タイトルStructure of the PUB domain from Ubiquitin Regulatory X domain protein 1 (UBXD1)
要素UBX domain-containing protein 6
キーワードPROTEIN BINDING / UBXD1 / PUB domain / p97 / protein interaction / NMR solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / ERAD pathway / macroautophagy / late endosome membrane / ATPase binding / early endosome membrane / endosome / lysosomal membrane / centrosome / protein-containing complex ...endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / ERAD pathway / macroautophagy / late endosome membrane / ATPase binding / early endosome membrane / endosome / lysosomal membrane / centrosome / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UBXN6, PUB domain / Domain present in ubiquitin-regulatory proteins / UBX domain / UBX domain / UBX domain profile. / PUB domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
UBX domain-containing protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Beuck, C. / Bayer, P. / Blueggel, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCRC 1093 ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2019
タイトル: Structure of the PUB Domain from Ubiquitin Regulatory X Domain Protein 1 (UBXD1) and Its Interaction with the p97 AAA+ ATPase.
著者: Blueggel, M. / van den Boom, J. / Meyer, H. / Bayer, P. / Beuck, C.
履歴
登録2019年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBX domain-containing protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8231
ポリマ－13,8231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, in addition 15N relaxation rates T1 & T2 by NMR
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UBX domain-containing protein 6 / UBX domain-containing protein 1


分子量: 13822.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The first 4 residues represent a cloning artifact. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBXN6, UBXD1, UBXDC2 / プラスミド: pET28a
詳細 (発現宿主): encodes for His6-Tag with Thrombin cleavage site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9BZV1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D H(CCO)NH
181isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D 1H-15N TOCSY
1103isotropic13D 1H-15N NOESY
1112isotropic13D (H)CCH-COSY aliphatic
1122isotropic13D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1131isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1161isotropic12D Histidin H(C)N-SOFAST-HMQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1900 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] UBXD1 PUB domain, 16 mM potassium phosphate, 34 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O13C_15N_H2O90% H2O/10% D2O
solution2500 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] UBXD1 PUB domain, 16 mM potassium phosphate, 34 mM sodium phosphate, 100 % [U-99% 2H] D2O, 0.1 mM DSS, 100% D2O13C_15N_D2O100% D2O
solution3700 uM [U-98% 15N] UBXD1 PUB domain, 16 mM potassium phosphate, 34 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O15N_H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
900 uMUBXD1 PUB domain[U-98% 13C; U-98% 15N]1
16 mMpotassium phosphatenatural abundance1
34 mMsodium phosphatenatural abundance1
90 %H2Onatural abundance1
10 %D2O[U-99% 2H]1
0.1 mMDSSnatural abundance1
500 uMUBXD1 PUB domain[U-98% 13C; U-98% 15N]2
16 mMpotassium phosphatenatural abundance2
34 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 %D2O[U-99% 2H]2
0.1 mMDSSnatural abundance2
700 uMUBXD1 PUB domain[U-98% 15N]3
16 mMpotassium phosphatenatural abundance3
34 mMsodium phosphatenatural abundance3
90 %H2Onatural abundance3
10 %D2O[U-99% 2H]3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: TCI cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CARA1.6Keller and Wuthrichchemical shift assignment
UNIO10Herrmannpeak picking
CYANA3.98.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARA11.12.31Krieger精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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