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万見
- PDB-6s8w: Aromatic aminotransferase AroH (Aro8) form Aspergillus fumigatus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8w
タイトルAromatic aminotransferase AroH (Aro8) form Aspergillus fumigatus in complex with PLP (internal aldimine)
要素Aromatic aminotransferase Aro8, putative
キーワードTRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / PLP / metabolism / amino acid / fungi
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatic-amino-acid transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase activity / alpha-amino acid metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / tyrosine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aromatic aminotransferase Aro8, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Giardina, G. / Mirco, D. / Spizzichino, S. / Zelante, T. / Cutruzzola, F. / Romani, L. / Cellini, B.
資金援助 イタリア, 4件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationRP11715C644A5CCE イタリア
Italian Ministry of EducationRG11816430AF48E1 イタリア
Italian Ministry of EducationPGR13XNIDJ イタリア
European Research CouncilERC-2011-AdG-293714 イタリア
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of Aspergillus fumigatus AroH, an aromatic amino acid aminotransferase
著者: Spizzichino, S. / Pampalone, G. / Dindo, M. / Bruno, A. / Romani, L. / Cutruzzola, F. / Zelante, T. / Pieroni, M. / Cellini, B. / Giardina, G.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
B: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
C: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
D: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,92310
ポリマ－236,8434
非ポリマー1,0816
水2,990166
1
A: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
B: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9625
ポリマ－118,4212
非ポリマー5403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
D: Aromatic aminotransferase Aro8, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9625
ポリマ－118,4212
非ポリマー5403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.209, 75.260, 121.631
Angle α, β, γ (deg.)84.770, 87.510, 65.370
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERAA16 - 52516 - 525
21SERSERBB16 - 52516 - 525
12GLUGLUAA16 - 52316 - 523
22GLUGLUCC16 - 52316 - 523
13SERSERAA16 - 52516 - 525
23SERSERDD16 - 52516 - 525
14GLUGLUBB16 - 52316 - 523
24GLUGLUCC16 - 52316 - 523
15LEULEUBB16 - 52616 - 526
25LEULEUDD16 - 52616 - 526
16GLUGLUCC16 - 52316 - 523
26GLUGLUDD16 - 52316 - 523

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.802843, -0.379069, -0.460163), (-0.394198, -0.916559, 0.067281), (-0.447271, 0.12738, -0.885282)-9.29758, -33.593979, -8.47781
3given(1), (1), (1)
4given(0.354652, 0.478926, -0.803027), (0.45948, -0.837266, -0.296419), (-0.814309, -0.263849, -0.516995)57.18969, 8.08257, -7.40194
5given(1), (1), (1)
6given(0.484224, 0.819689, -0.306002), (-0.617338, 0.567917, 0.544394), (0.620017, -0.074702, 0.781024)37.510071, -63.390511, -26.095301
7given(1), (1), (1)
8given(0.468262, 0.832452, -0.296234), (-0.65614, 0.552142, 0.514412), (0.591787, -0.046509, 0.804752)36.466759, -63.425571, -28.595289
9given(1), (1), (1)
10given(0.356665, 0.471333, -0.80662), (0.464731, -0.83851, -0.284476), (-0.810441, -0.273399, -0.51811)57.057949, 7.55316, -7.48964
11given(1), (1), (1)
12given(-0.616819, 0.609478, -0.498067), (0.589917, -0.060956, -0.80516), (-0.521087, -0.790456, -0.321942)-24.401871, 55.373611, 47.051769

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要素

#1: タンパク質
Aromatic aminotransferase Aro8, putative


分子量: 59210.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: pyridoxal 5'-phosphate (PLP) bound to K348 through a Schiff base linkage
由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: AFUA_2G13630 / プラスミド: pET22b(+) / 詳細 (発現宿主): C-terminal histidine tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q4X0F7, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Optimization of hit G4 of the Molecular Dimension Morpheus screen : 0.1M (Sodium formate; Ammonium acetate; Sodium citrate tribasic dihydrate; Potassium sodium tartrate tetrahydrate; Sodium ...詳細: Optimization of hit G4 of the Molecular Dimension Morpheus screen : 0.1M (Sodium formate; Ammonium acetate; Sodium citrate tribasic dihydrate; Potassium sodium tartrate tetrahydrate; Sodium oxamate); 50mM Imidazole; 50mMES monohydrate (acid); 13.7% v/v MPD; 13.7% PEG 1000; 13.7% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.2 Å / Num. obs: 78375 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.4540.7811817945420.5970.4510.9041.497.5
12.24-47.23.40.08819055680.980.0550.10513.193.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.596
最高解像度最低解像度
Rotation47.21 Å2.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JE5

4je5


解像度: 2.4→47.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.5887 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.589 / ESU R Free: 0.322
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2935 3871 4.9 %RANDOM
Rwork0.2455 ---
obs0.248 74503 97.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.94 Å2 / Biso mean: 52.302 Å2 / Biso min: 28.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.56 Å20.48 Å20.03 Å2
2---0.82 Å2-0.16 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14565 0 6 166 14737
Biso mean--50.78 47.2 -
残基数----1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01314968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01713208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.64420426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4361.56530435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.33351922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.80521.036676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.589152062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2341592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0217027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023293
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.87

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A35713.85
2A34738.75
3A349612.21
4B33789.24
5B358311.34
6C33228.6
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 317 -
Rwork0.356 5497 -
all-5814 -
obs--97.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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