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- PDB-6s48: AvaII RESTRICTION ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH PARTIALLY CLEAVED dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s48
タイトルAvaII RESTRICTION ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH PARTIALLY CLEAVED dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
  • Type II site-specific deoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE / RESTRICTION ENDONUCLEASE / DNA COMPLEX / A-DNA / PD-(D/E)XK
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type II restriction endonuclease SinI / SinI restriction endonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / SERINE / DNA / DNA (> 10) / Type II site-specific deoxyribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kisiala, M. / Kowalska, M. / Korza, H. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Restriction endonucleases that cleave RNA/DNA heteroduplexes bind dsDNA in A-like conformation.
著者: Kisiala, M. / Kowalska, M. / Pastor, M. / Korza, H.J. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Sequence-Specific Cleavage Of Rna By Type Ii Restriction Enzymes.
著者: Murray, I.A. / Stickel, S.K. / Roberts, R.J.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1980
タイトル: Cleavage of DNA.RNA hybrids by type II restriction enzymes.
著者: Molloy, P.L. / Symons, R.H.
#3: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures Of Type Ii Restriction Endonuclease Ecoo109I And Its Complex With Cognate Dna.
著者: Hashimoto, H. / Shimizu, T. / Imasaki, T. / Kato, M. / Shichijo, N. / Kita, K. / Sato, M.
#4: ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2009
タイトル: Intrinsic dynamics of restriction endonuclease EcoO109I studied by molecular dynamics simulations and X-ray scattering data analysis.
著者: Oroguchi, T. / Hashimoto, H. / Shimizu, T. / Sato, M. / Ikeguchi, M.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II site-specific deoxyribonuclease
B: Type II site-specific deoxyribonuclease
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*TP*AP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,45419
ポリマ－67,6049
非ポリマー85010
水8,773487
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.129, 116.210, 56.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Type II site-specific deoxyribonuclease / AvaII restriction endonuclease


分子量: 27161.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
遺伝子: alr0933 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q8YYB7

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DNA鎖 , 5種, 7分子 CDHEIFG

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3349.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 1230.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*CP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 2082.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*G)-3')


分子量: 1230.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 2073.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 497分子

#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6OS
#9: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H7NO3
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus screen H1 conditions: 0.02 M of L-Na-glutamate, alanine (racemic), glycine, lysine HCl (racemic), serine (racemic), 0.1 M buffer (1 M Imidazole, 1 M MES, pH 6.5), 30% precipitant ...詳細: Morpheus screen H1 conditions: 0.02 M of L-Na-glutamate, alanine (racemic), glycine, lysine HCl (racemic), serine (racemic), 0.1 M buffer (1 M Imidazole, 1 M MES, pH 6.5), 30% precipitant (20% w/v PEG 20 000, 40% v/v PEG MME 550)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.07 Å / Num. obs: 36585 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.094 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.55
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 5824 / CC1/2: 0.615 / Rrim(I) all: 0.943 / Rsym value: 0.807 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G3B

6g3b


解像度: 1.9→40.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.795 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.166
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ION IDENTITY WAS ASSIGNED TENTATIVELY. THE RESOLUTION OF THE STRUCTURE WAS NOT GOOD ENOUGH FOR ITS EXPERIMENTAL VALIDATION. THE ION ...詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ION IDENTITY WAS ASSIGNED TENTATIVELY. THE RESOLUTION OF THE STRUCTURE WAS NOT GOOD ENOUGH FOR ITS EXPERIMENTAL VALIDATION. THE ION IDENTIFICATION THROUGH LONG WAVELENGTH DATA COLLECTION WAS ATTEMPTED BUT THE ANOMALOUS SIGNAL WAS VERY WEAK. THE CYSTEINE MODIFICATION WAS MODELED AS 2-MERCAPTOETHANOL, BUT MAY AS WELL CORRESPOND TO DITHIOTHREITOL. BOTH AGENTS WERE PRESENT AT CERTAIN PURIFICATION STAGES. FREE SERINE FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER WAS MODELED IN THE DENSITY BUT ITS IDENTITY IS VERY UNCERTAIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21671 1825 5 %RANDOM
Rwork0.17621 ---
obs0.17826 34760 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å2-0 Å2-0.35 Å2
2---1.27 Å2-0 Å2
3---1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 893 46 487 5146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0185146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.7917158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.998310215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1595521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95223.874191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31415757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5561529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7753.5012006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7713.4992005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8555.2362553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8565.2382554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8743.5823140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8683.5813139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1185.2684606
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.56238.2836232
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.36837.7716099
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 134 -
Rwork0.312 2511 -
obs--95.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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