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- PDB-6s47: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with ABCF protein New1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s47
タイトルSaccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with ABCF protein New1
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • 18S rRNA (1707-MER)
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Rps5p
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • [NU+] prion formation protein 1
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / New1 / ABCF / Recycling / Termination / Translation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation termination factor activity / ABC-family proteins mediated transport / regulation of translational termination / translation factor activity, RNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation ...translation termination factor activity / ABC-family proteins mediated transport / regulation of translational termination / translation factor activity, RNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of translational frameshifting / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / positive regulation of protein kinase activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit export from nucleus / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / mRNA transport / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / cellular response to amino acid starvation / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NEW1 helical bundle domain / Elongation Factor 3 / : / : / Elongation factor 3/GNC1 HEAT repeat / EF3 N-terminal HEAT repeat / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...: / NEW1 helical bundle domain / Elongation Factor 3 / : / : / Elongation factor 3/GNC1 HEAT repeat / EF3 N-terminal HEAT repeat / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / : / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S7e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / : / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S27a / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Rps5p / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein uS4A ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Rps5p / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32B / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS26B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / [NU+] prion formation protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Kasari, V. / Pochopien, A.A. / Margus, T. / Murina, V. / Turnbull, K. / Zhou, Y. / Nissan, T. / Graf, M. / Novacek, J. / Atkinson, G.C. ...Kasari, V. / Pochopien, A.A. / Margus, T. / Murina, V. / Turnbull, K. / Zhou, Y. / Nissan, T. / Graf, M. / Novacek, J. / Atkinson, G.C. / Johansson, M.J.O. / Wilson, D.N. / Hauryliuk, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGrant WI3285/8-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019
タイトル: A role for the Saccharomyces cerevisiae ABCF protein New1 in translation termination/recycling.
著者: Villu Kasari / Agnieszka A Pochopien / Tõnu Margus / Victoriia Murina / Kathryn Turnbull / Yang Zhou / Tracy Nissan / Michael Graf / Jiří Nováček / Gemma C Atkinson / Marcus J O ...著者: Villu Kasari / Agnieszka A Pochopien / Tõnu Margus / Victoriia Murina / Kathryn Turnbull / Yang Zhou / Tracy Nissan / Michael Graf / Jiří Nováček / Gemma C Atkinson / Marcus J O Johansson / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk /
要旨: Translation is controlled by numerous accessory proteins and translation factors. In the yeast Saccharomyces cerevisiae, translation elongation requires an essential elongation factor, the ABCF ...Translation is controlled by numerous accessory proteins and translation factors. In the yeast Saccharomyces cerevisiae, translation elongation requires an essential elongation factor, the ABCF ATPase eEF3. A closely related protein, New1, is encoded by a non-essential gene with cold sensitivity and ribosome assembly defect knock-out phenotypes. Since the exact molecular function of New1 is unknown, it is unclear if the ribosome assembly defect is direct, i.e. New1 is a bona fide assembly factor, or indirect, for instance due to a defect in protein synthesis. To investigate this, we employed yeast genetics, cryo-electron microscopy (cryo-EM) and ribosome profiling (Ribo-Seq) to interrogate the molecular function of New1. Overexpression of New1 rescues the inviability of a yeast strain lacking the otherwise strictly essential translation factor eEF3. The structure of the ATPase-deficient (EQ2) New1 mutant locked on the 80S ribosome reveals that New1 binds analogously to the ribosome as eEF3. Finally, Ribo-Seq analysis revealed that loss of New1 leads to ribosome queuing upstream of 3'-terminal lysine and arginine codons, including those genes encoding proteins of the cytoplasmic translational machinery. Our results suggest that New1 is a translation factor that fine-tunes the efficiency of translation termination or ribosome recycling.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年7月24日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年7月24日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年7月24日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
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改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_modification_feature ...em_admin / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-10098
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 28S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AC: 5.8S ribosomal RNA
AD: 60S ribosomal protein L2-A
AE: 60S ribosomal protein L3
AF: 60S ribosomal protein L4-A
AG: 60S ribosomal protein L5
AH: 60S ribosomal protein L6-A
AI: 60S ribosomal protein L7-A
AJ: 60S ribosomal protein L8-A
AK: 60S ribosomal protein L9-A
AL: 60S ribosomal protein L10
AM: 60S ribosomal protein L11-B
AN: 60S ribosomal protein L13-A
AO: 60S ribosomal protein L14-A
AP: 60S ribosomal protein L15-A
AQ: 60S ribosomal protein L16-A
AR: 60S ribosomal protein L17-A
AS: 60S ribosomal protein L18-A
AT: 60S ribosomal protein L19-A
AU: 60S ribosomal protein L20-A
AV: 60S ribosomal protein L21-A
AW: 60S ribosomal protein L22-A
AX: 60S ribosomal protein L23-A
AY: 60S ribosomal protein L24-A
AZ: 60S ribosomal protein L25
Aa: 60S ribosomal protein L26-A
Ab: 60S ribosomal protein L27-A
Ac: 60S ribosomal protein L28
Ad: 60S ribosomal protein L29
Ae: 60S ribosomal protein L30
Af: 60S ribosomal protein L31-A
Ag: 60S ribosomal protein L32
Ah: 60S ribosomal protein L33-A
Ai: 60S ribosomal protein L34-A
Aj: 60S ribosomal protein L35-A
Ak: 60S ribosomal protein L36-A
Al: 60S ribosomal protein L37-A
Am: 60S ribosomal protein L38
An: 60S ribosomal protein L39
Ao: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ap: 60S ribosomal protein L41-B
Aq: 60S ribosomal protein L42-A
Ar: 60S ribosomal protein L43-A
BA: 18S rRNA (1707-MER)
BB: 40S ribosomal protein S0-A
BC: 40S ribosomal protein S1-A
BD: 40S ribosomal protein S2
BE: 40S ribosomal protein S3
BF: 40S ribosomal protein S4-A
BG: Rps5p
BH: 40S ribosomal protein S6-A
BI: 40S ribosomal protein S7-A
BJ: 40S ribosomal protein S8-A
BK: 40S ribosomal protein S9-A
BL: 40S ribosomal protein S10-A
BM: 40S ribosomal protein S11-A
BN: 40S ribosomal protein S12
BO: 40S ribosomal protein S13
BP: 40S ribosomal protein S14-A
BQ: 40S ribosomal protein S15
BR: 40S ribosomal protein S16-A
BS: 40S ribosomal protein S17-A
BT: 40S ribosomal protein S18-A
BU: 40S ribosomal protein S19-A
BV: 40S ribosomal protein S20
BW: 40S ribosomal protein S21-A
BX: 40S ribosomal protein S22-A
BY: 40S ribosomal protein S23-A
BZ: 40S ribosomal protein S24-A
Ba: 40S ribosomal protein S25-A
Bb: 40S ribosomal protein S26-B
Bc: 40S ribosomal protein S27-A
Bd: 40S ribosomal protein S28-A
Be: 40S ribosomal protein S29-A
Bf: 40S ribosomal protein S30-A
Bg: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Bh: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
Bi: [NU+] prion formation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,095,31581
ポリマ－3,094,30079
非ポリマー1,0142
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AAABACBA

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1017859.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886537
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1331532632
#45: RNA鎖 18S rRNA (1707-MER)


分子量: 549956.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 ADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAeAfAg...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27217.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX45
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43719.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39027.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33633.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 19869.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27555.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 25814.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI- ...L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25279.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11-B / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-B / RP39 / YL22


分子量: 19266.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E757
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22472.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15063.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24351.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22116.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20458.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20478.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21631.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX23
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18148.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13580.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14362.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-A / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15656.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14134.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15437.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16630.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6560.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05747
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11299.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12848.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14678.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12045.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13811.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX84
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11020.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9746.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8714.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#40: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6227.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-B / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-B / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX87
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12115.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX27
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 9981.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25

-
タンパク質 , 5種, 5分子 AoBGBgBhBi

#41: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14451.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08
#51: タンパク質 Rps5p


分子量: 24941.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A1L4AA68
#77: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 17123.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05759
#78: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ...Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34710.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011
#79: タンパク質 [NU+] prion formation protein 1


分子量: 109314.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NEW1, YPL226W, P1445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08972

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 BBBCBDBEBFBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBeBf

#46: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 27920.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A


分子量: 28667.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: B3RHV0
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 27359.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3


分子量: 26411.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29338.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21527.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22406.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX39
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 22356.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein eS10-A


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08745
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17654.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 15357.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48589
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 16928.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14431.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / YS21


分子量: 15900.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15746.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX51
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S17-A / RP51A / Small ribosomal subunit protein eS17-A


分子量: 15689.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02407
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 16940.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX55
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15810.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13797.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: TRSSVLADALNAINNAEKTGKRQVLIRPSSKVIIKFLQVMQKHGYIGEFEYIDDHRSGK IVVQLNGRLNKCGVISPRFNVKIGDIEKWTANLLPARQFGYVILTTSAGIMDHEEARRKH VSGKILGFVY
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 15942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15231.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 11936.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E792
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S26-B / Small ribosomal subunit protein eS26-B


分子量: 13349.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39939
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8762.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7474.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S29-A / S36 / Small ribosomal subunit protein uS14-A / YS29


分子量: 6544.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41057
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 7006.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX33

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#80: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1New1-80S ComplexRIBOSOME#1-#780MULTIPLE SOURCES
280s ribosomeRIBOSOME#1-#781NATURAL
3New1COMPLEX#791RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48757 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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