PDB-6s3y: CBDP35 SeMet structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s3y

タイトル

CBDP35 SeMet structure

要素

PlyP35

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

PSA endolysin, cell wall binding domain / PSA endolysin C-terminal cell wall binding domain / Peptidase M15C / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / peptidase activity / PlyP35

機能・相同性情報

生物種

Listeria phage P35 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.043 Å

データ登録者

Hermoso, J.A. / Bartual, S.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CBDP35 SeMet structure
著者: Hermoso, J.A. / Bartual, S.G.

履歴

登録	2019年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s3y.cif.gz	371.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s3y.ent.gz	314.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s3y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6s3y_validation.pdf.gz	502.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s3y_full_validation.pdf.gz	523.4 KB	表示
XML形式データ	6s3y_validation.xml.gz	77.3 KB	表示
CIF形式データ	6s3y_validation.cif.gz	108.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3y	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6thj-6 6s4s-8 6s4s-12 6s4s-2 6s4s-4 6thj-10 6s4s-9 6s4s-5 6s4s-6 6s4s-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PlyP35

B: PlyP35

C: PlyP35

D: PlyP35

E: PlyP35

F: PlyP35

G: PlyP35

H: PlyP35

I: PlyP35

J: PlyP35

L: PlyP35

K: PlyP35

197 kDa, 12 ポリマー
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1

A: PlyP35

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PlyP35

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16.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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6

F: PlyP35

登録者が定義した集合体
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7

G: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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8

H: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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9

I: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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10

J: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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11

L: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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12

K: PlyP35

登録者が定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	335.878, 95.565, 84.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-437- HOH
2	1	B-406- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	153 - 290
2	1	B	153 - 290
1	2	A	153 - 289
2	2	C	153 - 289
1	3	A	153 - 291
2	3	D	153 - 291
1	4	A	154 - 290
2	4	E	154 - 290
1	5	A	153 - 291
2	5	F	153 - 291
1	6	A	153 - 291
2	6	G	153 - 291
1	7	A	153 - 291
2	7	H	153 - 291
1	8	A	154 - 290
2	8	I	154 - 290
1	9	A	154 - 289
2	9	J	154 - 289
1	10	A	153 - 291
2	10	L	153 - 291
1	11	A	153 - 291
2	11	K	153 - 291
1	12	B	152 - 289
2	12	C	152 - 289
1	13	B	153 - 290
2	13	D	153 - 290
1	14	B	154 - 290
2	14	E	154 - 290
1	15	B	153 - 290
2	15	F	153 - 290
1	16	B	153 - 290
2	16	G	153 - 290
1	17	B	153 - 290
2	17	H	153 - 290
1	18	B	154 - 290
2	18	I	154 - 290
1	19	B	154 - 289
2	19	J	154 - 289
1	20	B	153 - 290
2	20	L	153 - 290
1	21	B	153 - 290
2	21	K	153 - 290
1	22	C	153 - 289
2	22	D	153 - 289
1	23	C	154 - 289
2	23	E	154 - 289
1	24	C	153 - 289
2	24	F	153 - 289
1	25	C	153 - 289
2	25	G	153 - 289
1	26	C	153 - 289
2	26	H	153 - 289
1	27	C	154 - 289
2	27	I	154 - 289
1	28	C	154 - 289
2	28	J	154 - 289
1	29	C	153 - 289
2	29	L	153 - 289
1	30	C	153 - 289
2	30	K	153 - 289
1	31	D	154 - 290
2	31	E	154 - 290
1	32	D	153 - 291
2	32	F	153 - 291
1	33	D	153 - 291
2	33	G	153 - 291
1	34	D	153 - 291
2	34	H	153 - 291
1	35	D	154 - 290
2	35	I	154 - 290
1	36	D	154 - 289
2	36	J	154 - 289
1	37	D	153 - 291
2	37	L	153 - 291
1	38	D	153 - 291
2	38	K	153 - 291
1	39	E	154 - 290
2	39	F	154 - 290
1	40	E	154 - 290
2	40	G	154 - 290
1	41	E	154 - 290
2	41	H	154 - 290
1	42	E	154 - 291
2	42	I	154 - 291
1	43	E	154 - 289
2	43	J	154 - 289
1	44	E	154 - 290
2	44	L	154 - 290
1	45	E	154 - 290
2	45	K	154 - 290
1	46	F	153 - 291
2	46	G	153 - 291
1	47	F	153 - 291
2	47	H	153 - 291
1	48	F	154 - 290
2	48	I	154 - 290
1	49	F	154 - 289
2	49	J	154 - 289
1	50	F	153 - 291
2	50	L	153 - 291
1	51	F	153 - 291
2	51	K	153 - 291
1	52	G	153 - 291
2	52	H	153 - 291
1	53	G	154 - 290
2	53	I	154 - 290
1	54	G	154 - 289
2	54	J	154 - 289
1	55	G	153 - 291
2	55	L	153 - 291
1	56	G	153 - 291
2	56	K	153 - 291
1	57	H	154 - 290
2	57	I	154 - 290
1	58	H	154 - 289
2	58	J	154 - 289
1	59	H	153 - 291
2	59	L	153 - 291
1	60	H	153 - 291
2	60	K	153 - 291
1	61	I	154 - 289
2	61	J	154 - 289
1	62	I	154 - 290
2	62	L	154 - 290
1	63	I	154 - 290
2	63	K	154 - 290
1	64	J	154 - 289
2	64	L	154 - 289
1	65	J	154 - 289
2	65	K	154 - 289
1	66	L	153 - 291
2	66	K	153 - 291

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	PlyP35 分子量: 16416.248 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria phage P35 (ファージ) / 遺伝子: ply 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A8ATR6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4M Na Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.043→19.84 Å / Num. obs: 168452 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 13.01
反射シェル	解像度: 2.043→2.116 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.6468 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / Num. unique obs: 16483 / % possible all: 98.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.043→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 4.252 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22591	8475	5 %	RANDOM
R_work	0.20274	-	-	-
obs	0.20393	160162	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.96 Å²	0 Å²	0.58 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.043→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13598	0	0	1512	15110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	14014
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.639	1.649	18827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.284	1.594	29879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.667	5	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.426	22.23	713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.916	15	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.587	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	15465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.771	2.802	6663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.771	2.801	6662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.089	4.182	8313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.089	4.182	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.578	3.074	7351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.577	3.074	7352
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.406	4.434	10515
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.949	32.064	15820
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.857	31.689	15462
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4381	0.11
1	2	B	4381	0.11
2	1	A	4476	0.07
2	2	C	4476	0.07
3	1	A	4479	0.09
3	2	D	4479	0.09
4	1	A	4431	0.09
4	2	E	4431	0.09
5	1	A	4487	0.09
5	2	F	4487	0.09
6	1	A	4538	0.08
6	2	G	4538	0.08
7	1	A	4531	0.09
7	2	H	4531	0.09
8	1	A	4452	0.09
8	2	I	4452	0.09
9	1	A	4454	0.08
9	2	J	4454	0.08
10	1	A	4461	0.1
10	2	L	4461	0.1
11	1	A	4500	0.09
11	2	K	4500	0.09
12	1	B	4417	0.09
12	2	C	4417	0.09
13	1	B	4355	0.1
13	2	D	4355	0.1
14	1	B	4365	0.09
14	2	E	4365	0.09
15	1	B	4429	0.09
15	2	F	4429	0.09
16	1	B	4402	0.1
16	2	G	4402	0.1
17	1	B	4376	0.09
17	2	H	4376	0.09
18	1	B	4341	0.1
18	2	I	4341	0.1
19	1	B	4374	0.08
19	2	J	4374	0.08
20	1	B	4375	0.1
20	2	L	4375	0.1
21	1	B	4400	0.1
21	2	K	4400	0.1
22	1	C	4360	0.09
22	2	D	4360	0.09
23	1	C	4372	0.09
23	2	E	4372	0.09
24	1	C	4423	0.08
24	2	F	4423	0.08
25	1	C	4411	0.08
25	2	G	4411	0.08
26	1	C	4444	0.08
26	2	H	4444	0.08
27	1	C	4351	0.09
27	2	I	4351	0.09
28	1	C	4374	0.09
28	2	J	4374	0.09
29	1	C	4386	0.1
29	2	L	4386	0.1
30	1	C	4382	0.09
30	2	K	4382	0.09
31	1	D	4404	0.08
31	2	E	4404	0.08
32	1	D	4457	0.09
32	2	F	4457	0.09
33	1	D	4419	0.1
33	2	G	4419	0.1
34	1	D	4411	0.11
34	2	H	4411	0.11
35	1	D	4386	0.09
35	2	I	4386	0.09
36	1	D	4381	0.09
36	2	J	4381	0.09
37	1	D	4386	0.11
37	2	L	4386	0.11
38	1	D	4410	0.1
38	2	K	4410	0.1
39	1	E	4474	0.08
39	2	F	4474	0.08
40	1	E	4376	0.09
40	2	G	4376	0.09
41	1	E	4385	0.09
41	2	H	4385	0.09
42	1	E	4440	0.09
42	2	I	4440	0.09
43	1	E	4373	0.09
43	2	J	4373	0.09
44	1	E	4365	0.1
44	2	L	4365	0.1
45	1	E	4398	0.09
45	2	K	4398	0.09
46	1	F	4430	0.09
46	2	G	4430	0.09
47	1	F	4444	0.1
47	2	H	4444	0.1
48	1	F	4415	0.09
48	2	I	4415	0.09
49	1	F	4438	0.08
49	2	J	4438	0.08
50	1	F	4423	0.1
50	2	L	4423	0.1
51	1	F	4499	0.08
51	2	K	4499	0.08
52	1	G	4564	0.08
52	2	H	4564	0.08
53	1	G	4439	0.09
53	2	I	4439	0.09
54	1	G	4519	0.07
54	2	J	4519	0.07
55	1	G	4524	0.09
55	2	L	4524	0.09
56	1	G	4561	0.07
56	2	K	4561	0.07
57	1	H	4405	0.09
57	2	I	4405	0.09
58	1	H	4469	0.07
58	2	J	4469	0.07
59	1	H	4451	0.1
59	2	L	4451	0.1
60	1	H	4483	0.09
60	2	K	4483	0.09
61	1	I	4372	0.1
61	2	J	4372	0.1
62	1	I	4408	0.09
62	2	L	4408	0.09
63	1	I	4381	0.1
63	2	K	4381	0.1
64	1	J	4477	0.08
64	2	L	4477	0.08
65	1	J	4553	0.06
65	2	K	4553	0.06
66	1	L	4480	0.09
66	2	K	4480	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.043→2.096 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	589	-
R_work	0.274	11521	-
obs	-	-	97.71 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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