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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s2p | ||||||
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タイトル | Structure of the NB-ARC domain from the Tomato immune receptor NRC1 | ||||||
要素 | NRC1 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / NLR receptor / NB-ARC domain / plant immunity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Steele, J.F.C. / Banfield, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2019 タイトル: Structural and biochemical studies of an NB-ARC domain from a plant NLR immune receptor. 著者: Steele, J.F.C. / Hughes, R.K. / Banfield, M.J. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019 タイトル: Structural and biochemical studies of an NB-ARC domain from a plant NLR immune receptor 著者: Steele, J.F.C. / Hughes, R.K. / Banfield, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s2p.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s2p.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s2p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40151.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: A1X877, UniProt: A0A3Q7EK40*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 8% PEG 1500, 0.1 M MMT (MES, malic acid and Tris,) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13066 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1463 / CC1/2: 0.75 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.855 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.62 / 位相誤差: 42.23
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 174.59 Å2 / Biso mean: 83.3549 Å2 / Biso min: 36.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→47.855 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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