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万見
- PDB-6s2k: Human Menin in complex with AJ21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2k
タイトルHuman Menin in complex with AJ21
要素Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b
キーワードONCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cleavage furrow / R-SMAD binding / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / negative regulation of osteoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of protein phosphorylation / response to gamma radiation / Post-translational protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / phosphoprotein binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / protein-macromolecule adaptor activity / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chem-KTQ / Menin / Menin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Groves, M.R. / Gao, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Menin in complex with AJ21
著者: Groves, M.R. / Gao, K.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b
B: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6823
ポリマ－116,2942
非ポリマー3881
水00
1
A: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1471
ポリマ－58,1471
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5352
ポリマ－58,1471
非ポリマー3881
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.399, 101.310, 126.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b


分子量: 58146.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, hCG_2017452 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024R5E3, UniProt: O00255*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-KTQ / ~{N}-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]-2-(4-nitrophenyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-amine


分子量: 388.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20N4O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100mM Bis-Tris propane 200mM KSCN 20% PEG3350 / PH範囲: 6.7-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0 A
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月2日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.04 Å / Num. obs: 19448 / % possible obs: 95.21 % / 冗長度: 3.78 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 1.96
反射 シェル解像度: 3.1→3.46 Å / Num. unique obs: 1567 / % possible all: 97.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
DIMPLE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→47.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.816 / SU B: 28.873 / SU ML: 0.496 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.603 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29989 947 4.9 %RANDOM
Rwork0.21521 ---
obs0.21936 18465 95.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.123 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7255 0 29 0 7284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0137454
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.63410131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1691.5715979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0025923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48821.935372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.563151199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9431546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8163.3343716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8153.3343715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0914.9964631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0914.9964632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6693.4263738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.673.4283739
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.865.0915501
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.53238.3428393
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.53338.3568394
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.098→3.178 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 70 -
Rwork0.313 1341 -
obs--95.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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