PDB-6s2k: Human Menin in complex with AJ21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s2k

タイトル

Human Menin in complex with AJ21

要素

Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b

キーワード

ONCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Y-form DNA binding / MLL1/2 complex / osteoblast development / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of protein phosphorylation / histone methyltransferase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Groves, M.R. / Gao, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Menin in complex with AJ21
著者: Groves, M.R. / Gao, K.

履歴

登録	2019年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s2k.cif.gz	189.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s2k.ent.gz	149.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s2k_validation.pdf.gz	708.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s2k_full_validation.pdf.gz	723.5 KB	表示
XML形式データ	6s2k_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	6s2k_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pkc-2 1onk-d 6ely-d 4f3e-2 1puu-d 4zfy-d 6um4-5 1m2t-d 4jkx-d 6wnh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b

B: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
58.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.399, 101.310, 126.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Multiple endocrine neoplasia I, isoform CRA_b 分子量: 58146.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, hCG_2017452 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024R5E3, UniProt: O00255*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-KTQ / ~{N}-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]-2-(4-nitrophenyl)imidazo[1,2-a]pyridin-3-amine 分子量: 388.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₀N₄O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100mM Bis-Tris propane 200mM KSCN 20% PEG3350 / PH範囲: 6.7-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0 A
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月2日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→47.04 Å / Num. obs: 19448 / % possible obs: 95.21 % / 冗長度: 3.78 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_rim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 1.96
反射シェル	解像度: 3.1→3.46 Å / Num. unique obs: 1567 / % possible all: 97.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
DIMPLE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→47.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.816 / SU B: 28.873 / SU ML: 0.496 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.603 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29989	947	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21521	-	-	-
obs	0.21936	18465	95.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.123 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7255	0	29	0	7284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	7454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	6923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.634	10131
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.169	1.57	15979
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.002	5	923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.488	21.935	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.563	15	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.943	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.816	3.334	3716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.815	3.334	3715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.091	4.996	4631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.091	4.996	4632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.669	3.426	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.67	3.428	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.86	5.091	5501
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.532	38.342	8393
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.533	38.356	8394
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.098→3.178 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.436	70	-
R_work	0.313	1341	-
obs	-	-	95.08 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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