[日本語] English
万見
- PDB-6s2c: Acquired functional capsid structures in metazoan totivirus-like ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2c
タイトルAcquired functional capsid structures in metazoan totivirus-like dsRNA virus.
要素(Capsid protein) x 2
キーワードVIRUS / Mosquito / Totivirus / Totiviridae / Totivirus-like virus / dsRNA / capsid
機能・相同性Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Omono River virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Okamoto, K. / Larsson, S.D.D. / Maia, R.N.C.F. / Murata, K. / Hajdu, J. / Iwasaki, K. / Miyazaki, N.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-03387 スウェーデン
Swedish Research Council2018-00421 スウェーデン
Swedish Research CouncilJA2014-5721 スウェーデン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Acquired Functional Capsid Structures in Metazoan Totivirus-like dsRNA Virus.
著者: Kenta Okamoto / Ricardo J Ferreira / Daniel S D Larsson / Filipe R N C Maia / Haruhiko Isawa / Kyoko Sawabe / Kazuyoshi Murata / Janos Hajdu / Kenji Iwasaki / Peter M Kasson / Naoyuki Miyazaki /
要旨: Non-enveloped icosahedral double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess multifunctional capsids required for their proliferation. Whereas protozoan/fungal dsRNA viruses have a relatively simple capsid ...Non-enveloped icosahedral double-stranded RNA (dsRNA) viruses possess multifunctional capsids required for their proliferation. Whereas protozoan/fungal dsRNA viruses have a relatively simple capsid structure, which suffices for the intracellular phase in their life cycle, metazoan dsRNA viruses have acquired additional structural features as an adaptation for extracellular cell-to-cell transmission in multicellular hosts. Here, we present the first atomic model of a metazoan dsRNA totivirus-like virus and the structure reveals three unique structural traits: a C-terminal interlocking arm, surface projecting loops, and an obstruction at the pore on the 5-fold symmetry axis. These traits are keys to understanding the capsid functions of metazoan dsRNA viruses, such as particle stability and formation, cell entry, and endogenous intraparticle transcription of mRNA. On the basis of molecular dynamics simulations of the obstructed pore, we propose a possible mechanism of intraparticle transcription in totivirus-like viruses, which dynamically switches between open and closed states of the pore(s).
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10087
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10087
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,6402
ポリマ－182,6402
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,958,381120
ポリマ－10,958,381120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法UCSF CHIMERA

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 91202.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Omono River virus (ウイルス) / 参照: UniProt: E1CI69
#2: タンパク質 Capsid protein


分子量: 91436.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Omono River virus (ウイルス) / 参照: UniProt: E1CI69

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Omono River virus / タイプ: VIRUS
詳細: Omono River virus particles from C6/36 mosquito cells
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Omono River virus (ウイルス) / 株: AK4
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Aedes
ウイルス殻名称: Capsid / 直径: 420 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分濃度: 100 mM / 名称: ammonium acetate / 式: C2H7NO2
試料濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 225 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 4521
画像スキャン動画フレーム数/画像: 16

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION2.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13jspr３次元再構成
14PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 30986
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30363 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る