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万見
- PDB-6s0i: Crystal structure of Escherichia coli Glyoxalase II with L-Tartra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s0i
タイトルCrystal structure of Escherichia coli Glyoxalase II with L-Tartrate in the active site
要素Hydroxyacylglutathione hydrolase GloB
キーワードHYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / metal-ion-binding / Glyoxalase II (hydroxyacylglutathione hydrolase) / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / response to toxic substance / response to heat / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyacylglutathione hydrolase / Hydroxyacylglutathione hydrolase, C-terminal domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase, MBL domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase C-terminus / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Hydroxyacylglutathione hydrolase / Hydroxyacylglutathione hydrolase, C-terminal domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase, MBL domain / Hydroxyacylglutathione hydrolase C-terminus / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Hydroxyacylglutathione hydrolase GloB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Skorupskaite, A. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M011224/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli Glyoxalase II
著者: Skorupskaite, A. / McDonough, M.A. / Brem, J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacylglutathione hydrolase GloB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9875
ポリマ－28,4671
非ポリマー5194
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Non-denaturing MS, gel filtration, monomer observed
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.053, 43.655, 159.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hydroxyacylglutathione hydrolase GloB / Glyoxalase II / Glx II


分子量: 28467.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: gloB, yafR, b0212, JW0202 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC84, hydroxyacylglutathione hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 % / 解説: Rhombohedral rod
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M Sodium formate, 0.02M Ammonium acetate, 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.02M Sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid), ...詳細: 0.02M Sodium formate, 0.02M Ammonium acetate, 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.02M Sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid), pH 7.5; 12.5% (v/v) MPD, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.4 Å / Num. obs: 25769 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 298754 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.856.70.6931115116700.7860.2770.752.389.7
8.06-29.49.60.04534063530.9990.0150.04842.797.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER1.13位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSVERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180808データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RZ0

6rz0


解像度: 1.803→29.398 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 2000 7.78 %
Rwork0.1614 --
obs0.164 25700 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.5 Å2 / Biso mean: 29.8172 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.803→29.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 34 230 2195
Biso mean--44.62 37.84 -
残基数----251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8033-1.84840.2891250.2491492161789
1.8484-1.89840.27121380.22381623176197
1.8984-1.95420.22341430.184817001843100
1.9542-2.01730.20781410.168716621803100
2.0173-2.08940.16741420.168716821824100
2.0894-2.1730.20661430.15917021845100
2.173-2.27180.17091410.149316761817100
2.2718-2.39160.1681420.143916861828100
2.3916-2.54130.20551440.141317001844100
2.5413-2.73740.19571450.15817141859100
2.7374-3.01270.1781450.16817081853100
3.0127-3.4480.18441460.162717361882100
3.448-4.34190.17681490.139417661915100
4.3419-29.40190.22611560.169718532009100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14210.1884-1.11591.9627-1.11544.85510.0253-0.29630.06370.16540.04910.1023-0.143-0.1776-0.06790.15290.00990.00240.1584-0.02830.1208-0.22350.9514-8.4192
22.56140.4259-0.31841.95380.31354.63150.0041-0.2948-0.05640.2435-0.02-0.10850.15120.2320.00750.14770.0207-0.02420.1860.01040.129910.3371-6.52-11.0465
36.60365.80833.52646.70064.20472.7631-0.0998-0.1920.4214-0.1225-0.09280.21790.01730.04880.17940.1320.0157-0.00520.17580.02520.135110.60411.3967-26.4794
42.0872-0.25660.16161.4526-0.55012.23460.02810.0686-0.0013-0.10280.0211-0.00180.15590.0659-0.05880.1234-0.0183-0.00010.1284-0.00840.13195.2043-4.6742-30.4598
58.6442-7.7313-7.34157.73366.73566.25780.02270.3292-0.1252-0.1482-0.1710.21120.0833-0.30590.21930.1558-0.0235-0.02650.18680.0190.1879-9.1298-0.818-34.5075
67.5156-0.7762-3.26980.69440.16284.8778-0.03040.1031-0.0938-0.05520.0859-0.06010.27510.0539-0.01370.1561-0.0193-0.04040.136-0.01140.143-0.2853-6.5846-30.6825
76.7448-3.80826.11395.539-4.57199.57670.20570.70550.5773-0.3093-0.1121-0.7312-0.37530.6921-0.06620.3639-0.00340.10580.364-0.05740.33713.4432-5.2504-46.1837
84.4779-5.96623.218.5914-3.22396.14180.24180.4434-0.0547-0.4329-0.1726-0.03590.22690.2688-0.02140.1737-0.04250.00170.2191-0.00160.222913.49570.5822-37.3277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 68 )A1 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 126 )A69 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 141 )A127 - 141
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 142 through 182 )A142 - 182
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 198 )A183 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 199 through 221 )A199 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 222 through 236 )A222 - 236
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 237 through 251 )A237 - 251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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