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Yorodumi- PDB-6s0i: Crystal structure of Escherichia coli Glyoxalase II with L-Tartra... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s0i | ||||||
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Title | Crystal structure of Escherichia coli Glyoxalase II with L-Tartrate in the active site | ||||||
Components | Hydroxyacylglutathione hydrolase GloB | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase / metal-ion-binding / Glyoxalase II (hydroxyacylglutathione hydrolase) / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / response to toxic substance / response to heat / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.803 Å | ||||||
Authors | Skorupskaite, A. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Escherichia coli Glyoxalase II Authors: Skorupskaite, A. / McDonough, M.A. / Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s0i.cif.gz | 161.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s0i.ent.gz | 127.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s0i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6rz0SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28467.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: gloB, yafR, b0212, JW0202 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P0AC84, hydroxyacylglutathione hydrolase | ||||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-TLA / | #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.35 % / Description: Rhombohedral rod |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.02M Sodium formate, 0.02M Ammonium acetate, 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.02M Sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid), ...Details: 0.02M Sodium formate, 0.02M Ammonium acetate, 0.02M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.02M Sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES and MOPS (acid), pH 7.5; 12.5% (v/v) MPD, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→29.4 Å / Num. obs: 25769 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 11.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 298754 / Scaling rejects: 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6RZ0 Resolution: 1.803→29.398 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.86
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.5 Å2 / Biso mean: 29.8172 Å2 / Biso min: 12.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.803→29.398 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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