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- PDB-6s0f: Crystal structure of an inverting family GH156 exosialidase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s0f
タイトルCrystal structure of an inverting family GH156 exosialidase from uncultured bacterium pG7 in complex with 3-Deoxy-D-glycero-D-galacto-2-nonulosonic acid
要素exosialidase from uncultured bacterium pG7
キーワードHYDROLASE / (beta/alpha )8 barrel / sialidase / inverting / homodimer
機能・相同性ACETATE ION / deamino-beta-neuraminic acid / THIOCYANATE ION
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium pG7 (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bule, P. / Blagova, E. / Chuzel, L. / Taron, C.H. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Inverting family GH156 sialidases define an unusual catalytic motif for glycosidase action.
著者: Bule, P. / Chuzel, L. / Blagova, E. / Wu, L. / Gray, M.A. / Henrissat, B. / Rapp, E. / Bertozzi, C.R. / Taron, C.H. / Davies, G.J.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine.pdbx_diffrn_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exosialidase from uncultured bacterium pG7
B: exosialidase from uncultured bacterium pG7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,50421
ポリマ－117,5732
非ポリマー1,93119
水8,773487
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS confirmed the dimeric assembly in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area33720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.661, 78.924, 112.992
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 exosialidase from uncultured bacterium pG7


分子量: 58786.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured bacterium pG7 (環境試料)
プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: exo-alpha-sialidase
#5: 糖 ChemComp-KDN / deamino-beta-neuraminic acid / beta-deaminoneuraminic acid / 3-deoxy-D-glycero-beta-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / sialic acid / 3-デオキシ-β-D-glycero-D-galacto-2-ノヌロピラノソン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 268.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DKdnpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
2-keto-3-deoxy-b-D-nonulopyranosic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-KdnpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
KdnSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 504分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.15 M potassium thiocyanite, 20% PEG 1500, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→112.58 Å / Num. obs: 75378 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.956 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 301514 / Scaling rejects: 2147
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.044.20.5761842444200.8480.3180.662.4100
10-112.584.30.09527966530.9860.050.1089.799.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RZD

6rzd


解像度: 2→112.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 13.77 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 3867 5.1 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2194 71456 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.01 Å2 / Biso mean: 21.551 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å20 Å20.45 Å2
2---1.97 Å2-0 Å2
3----1.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→112.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8027 0 125 487 8639
Biso mean--31.64 27.37 -
残基数----993
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0138404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8791.65611419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3281.57617743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.81251000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.33419.526527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.715151313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.08815105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022038
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 308 -
Rwork0.272 5253 -
all-5561 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.35640.1390.20770.74820.30491.64430.02040.0168-0.04350.0458-0.00770.03420.10010.0454-0.01280.03230.0050.00340.0058-0.00050.011211.8875-25.345247.2169
20.3731-0.2128-0.35120.71550.22231.57970.0285-0.00560.0575-0.0482-0.00480.0049-0.14350.0489-0.02370.0309-0.01080.00070.01330.00430.014915.1697-7.348511.8986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 1601
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 1501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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