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- PDB-6ry6: Crystal structure of Dfg5 from Chaetomium thermophilum in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ry6
タイトルCrystal structure of Dfg5 from Chaetomium thermophilum in complex with glucosamine
要素Mannan endo-1,6-alpha-mannosidase
キーワードHYDROLASE / Transglycosidase / Fungal Cell Wall / Plasma Membrane / GPI-anchor
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan endo-1,6-alpha-mannosidase / mannan endo-1,6-alpha-mannosidase activity / fungal-type cell wall biogenesis / carbohydrate catabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mannan endo-1,6-alpha-mannosidase / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Glycosyltransferase - #20 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / Mannan endo-1,6-alpha-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Essen, L.-O. / Vogt, M.S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB987 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural base for the transfer of GPI-anchored glycoproteins into fungal cell walls.
著者: Vogt, M.S. / Schmitz, G.F. / Varon Silva, D. / Mosch, H.U. / Essen, L.O.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannan endo-1,6-alpha-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9164
ポリマ－49,5461
非ポリマー3693
水10,160564
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.452, 55.084, 80.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

PGE

21A-1065-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mannan endo-1,6-alpha-mannosidase


分子量: 49546.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0020800 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle T7 Express Competent / 参照: UniProt: G0S3F2, mannan endo-1,6-alpha-mannosidase
#2: 糖 ChemComp-PA1 / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / alpah-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose / α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammoniumiodide, PEG3350, Calcium acetate, MES, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月26日 / 詳細: KB mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→40.25 Å / Num. obs: 86433 / % possible obs: 96.27 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 10.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 15.54
反射 シェル解像度: 1.3→1.346 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 4.51 / Num. unique obs: 8481 / CC1/2: 0.946 / % possible all: 94.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→40.25 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1274 4190 4.85 %
Rwork0.1133 --
obs0.114 86392 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→40.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3235 0 23 564 3822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.114739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9621251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.31480.19141240.16242720X-RAY DIFFRACTION95
1.3148-1.33020.15661330.15872625X-RAY DIFFRACTION94
1.3302-1.34650.15981330.14212745X-RAY DIFFRACTION95
1.3465-1.36350.13221310.13772621X-RAY DIFFRACTION94
1.3635-1.38150.16051350.13342727X-RAY DIFFRACTION95
1.3815-1.40040.13981350.13032663X-RAY DIFFRACTION95
1.4004-1.42040.12121460.12542685X-RAY DIFFRACTION95
1.4204-1.44160.12991220.1272716X-RAY DIFFRACTION95
1.4416-1.46410.13431190.12042733X-RAY DIFFRACTION95
1.4641-1.48810.14361410.11352693X-RAY DIFFRACTION96
1.4881-1.51380.12011270.11062739X-RAY DIFFRACTION96
1.5138-1.54130.11321350.1072695X-RAY DIFFRACTION96
1.5413-1.5710.12451400.10452746X-RAY DIFFRACTION96
1.571-1.6030.10241310.10412730X-RAY DIFFRACTION96
1.603-1.63790.10241370.0992695X-RAY DIFFRACTION96
1.6379-1.6760.11921310.10422770X-RAY DIFFRACTION96
1.676-1.71790.11871660.1012718X-RAY DIFFRACTION96
1.7179-1.76430.12141330.09762708X-RAY DIFFRACTION97
1.7643-1.81630.11161710.10192742X-RAY DIFFRACTION97
1.8163-1.87490.10751170.10082775X-RAY DIFFRACTION97
1.8749-1.94190.13191640.10062745X-RAY DIFFRACTION97
1.9419-2.01960.13451710.10422706X-RAY DIFFRACTION97
2.0196-2.11160.10881420.09972791X-RAY DIFFRACTION97
2.1116-2.22290.10491400.12758X-RAY DIFFRACTION97
2.2229-2.36210.11561340.09972811X-RAY DIFFRACTION98
2.3621-2.54450.11481550.10692771X-RAY DIFFRACTION98
2.5445-2.80050.11851520.1112842X-RAY DIFFRACTION98
2.8005-3.20560.13391330.11992806X-RAY DIFFRACTION98
3.2056-4.03810.13461630.1152820X-RAY DIFFRACTION98
4.0381-40.27030.15891290.13582906X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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