+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rv5 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of the levansucrase from Erwinia tasmaniensis in complex with levanbiose | |||||||||
![]() | Levansucrase (Beta-D-fructofuranosyl transferase) | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Levansucrase / levanbiose / Fructosyltransferase / Fructans production. | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Polsinelli, I. / Caliandro, R. / Demitri, N. / Benini, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of Sucrose-Soaked Levansucrase Crystals fromErwinia tasmaniensisreveals a Binding Pocket for Levanbiose. 著者: Polsinelli, I. / Caliandro, R. / Demitri, N. / Benini, S. #1: ![]() タイトル: Comparison of the Levansucrase from the epiphyte Erwinia tasmaniensis vs its homologue from the phytopathogen Erwinia amylovora. 著者: Polsinelli, I. / Caliandro, R. / Salomone-Stagni, M. / Demitri, N. / Rejzek, M. / Field, R.A. / Benini, S. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 162.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 914.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 917.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6frwS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46139.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 17950 / CIP 109463 / Et1/99 / 遺伝子: lsc, ETA_34670 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-6)-beta-D-fructofuranose / levanbiose | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28% Glycerol, 14% PEG 4000, 1.5mM Manganese(II) chloride tetrahydrate, 1.5 mM Cobalt(II) chloride hexahydrate , 1.5 mM Nickel(II) chloride hexahydrate, 1.5 mM Zinc acetate dihydrate crystals ...詳細: 28% Glycerol, 14% PEG 4000, 1.5mM Manganese(II) chloride tetrahydrate, 1.5 mM Cobalt(II) chloride hexahydrate , 1.5 mM Nickel(II) chloride hexahydrate, 1.5 mM Zinc acetate dihydrate crystals soaked in Sucrose 500 mM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→90.42 Å / Num. obs: 66162 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 1.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02668 / Rpim(I) all: 0.02668 / Rrim(I) all: 0.03773 / Net I/σ(I): 2.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.2867 / Num. unique obs: 6517 / CC1/2: 0.888 / Rpim(I) all: 0.2867 / Rrim(I) all: 0.4055 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6FRW 解像度: 1.58→45.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.661 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.58→45.26 Å
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.621 Å
|