PDB-6rtd: Dihydro-heme d1 dehydrogenase NirN in complex with DHE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rtd

タイトル

Dihydro-heme d1 dehydrogenase NirN in complex with DHE

要素

Cytochrome c

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 8-bladed beta-propeller heme d1 biosynthesis dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く / heme biosynthetic process / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Kluenemann, T. / Preuss, A. / Layer, G. / Blankenfeldt, W.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of Dihydro-Heme d1Dehydrogenase NirN from Pseudomonas aeruginosa Reveals Amino Acid Residues Essential for Catalysis.
著者: Klunemann, T. / Preuss, A. / Adamczack, J. / Rosa, L.F.M. / Harnisch, F. / Layer, G. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2019年5月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb6rtd.ent.gz	472.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6rtd_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
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CIF形式データ	6rtd_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6rteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rte-1 6rte-2 2y1m-5 3wo1-d 5f5w-2 5j3x-2 3pps-1 2e0k-d 1x76-d 2yl2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (4) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (4)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (3)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c

B: Cytochrome c

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	191.382, 54.590, 132.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 131.935, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cytochrome c / Nitrite reductase 分子量: 55870.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: nirS_1, EFK27_00335, EGV95_02815, IPC669_26980, PAERUG_E15_London_28_01_14_07983, RW109_RW109_01113 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0C7D2F2, UniProt: Q9I609*PLUS, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-DHE / HEME D 分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₁₀
#4: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 13.2%(w/v) PEG3350, 4.33% (w/v) PGA200-400 0.1 M Tris/HCl pH 7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.36→45.09 Å / Num. obs: 42328 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.92 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4185 / CC_1/2: 0.824 / R_pim(I) all: 0.354 / % possible all: 99.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	dev_3112	精密化
AutoPROC		データ収集
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.36→45.09 Å / SU ML: 0.2819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9406

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	2152	5.08 %
R_work	0.1915	-	-
obs	0.1938	42338	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7153	0	190	320	7663

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	7752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5823	10658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0448	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1392
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7838	4529

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.36-2.41	0.3182	144	0.2608	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.41-2.47	0.2594	156	0.255	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.47-2.54	0.3058	136	0.2508	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.54-2.61	0.2835	131	0.2471	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.7	0.271	155	0.2343	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.7-2.8	0.2922	139	0.2319	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.8-2.91	0.2728	146	0.2223	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.04	0.2552	137	0.2227	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.04-3.2	0.2607	156	0.2234	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.2-3.4	0.25	125	0.2102	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.4-3.66	0.2614	126	0.1833	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.66-4.03	0.2137	116	0.1777	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.03-4.61	0.2026	178	0.1497	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.61-5.81	0.2073	150	0.145	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.81-45.09	0.1833	157	0.1724	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.85593395561	-0.174655153949	0.561691439876	3.09171219355	-2.63521074643	6.60769047584	0.469079489604	-0.400926162194	-0.624943550586	-0.0140898367254	-0.135171093264	0.0785730964995	0.87692388926	0.559345086141	-0.305837230984	0.523585781302	0.161907183053	-0.100864031202	0.440436205147	-0.0105810138231	0.438801024758	53.6885898631	-9.54979293481	84.3264192422
2	2.41766293797	0.362010135333	0.464244325614	1.68093608029	-0.148553821941	2.30215926605	0.0580362688377	-0.307619835141	-0.0952297049672	0.0805296581989	0.072596506976	0.0441160262721	0.230148906087	-0.273039437157	-0.092294142755	0.251127966937	0.0200265165093	0.0140947372566	0.262043288143	0.0493365195848	0.240088463731	34.1908783716	3.95706202925	70.528783959
3	4.45811420382	1.17344681517	-2.95245675572	7.47961460724	1.6312305143	2.87970133009	-0.128586279998	-0.799508368954	0.721929266131	0.873258247822	0.32245397325	-0.529014808324	-0.937533693509	0.0340574694402	-0.120689175546	0.627364999285	0.0430650011166	-0.0567409917106	0.63744980017	-0.110846621983	0.580550087929	34.6392899306	23.3689408037	82.8308859495
4	2.51088739846	0.613944222614	-0.416033018173	2.71201828631	0.511946086507	3.38785659169	0.213403472932	-0.744990073746	0.0908323631638	0.601530685729	-0.172650532768	0.144539087139	-0.197558546629	-0.633059389242	-0.0408072722783	0.509006237649	-0.0210023546478	0.0777856023719	0.903031996706	0.0679429692164	0.366379292924	24.8403949671	10.1877186169	92.4868970613
5	5.37052730597	0.80850449988	-0.519093682696	6.17877997847	-1.09205184695	2.66827820292	0.26764560154	0.370458549764	0.0557110434967	0.26675568976	-0.376102017637	-0.385092786591	-0.758726815814	0.667483696137	0.0723983165958	0.510853476718	-0.175135940636	-0.0513953075705	0.559124958083	0.133410412403	0.330750668185	33.1371279069	18.7808142	19.8374817266
6	1.05936399703	0.143665766557	-0.189218216923	0.76398363616	0.328876415228	1.78143991205	-0.042323030346	0.15393295487	0.0930454940845	-0.0928651116476	0.0399154281258	0.116847989098	-0.165294625116	0.00702153535276	-0.0106123563221	0.21634898205	-0.0352924891496	-0.0237450665348	0.21768828108	0.0627415619532	0.325097528934	26.6029232871	7.96430966512	38.0636440296
7	2.59261416983	0.225653308989	-1.86188930815	5.94392137862	1.27791435715	1.92583555546	-0.157016748714	0.957477218248	-0.466200408623	-0.41996966594	-0.0535007014873	-0.123075407023	0.600381265803	-0.107878140209	0.031225049985	0.526900189899	-0.0803514674732	-0.0581812685386	0.550148814848	-0.0356898504824	0.475702465141	18.7404685078	-13.1490443585	31.0925262141
8	3.11403915477	0.0435195720469	0.399386777138	3.42380331846	0.70789037839	2.69121609456	-0.20870513192	0.570858510856	-0.0363389378677	-0.56749801059	-0.151247046167	0.386543604485	-0.0564773124183	-0.214501513734	0.326322606871	0.313989253299	-0.0735734185252	-0.0924907295281	0.547582495664	0.0609162979994	0.478807032998	4.79408663493	-0.346445518227	29.1346745002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 85 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 281 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 282 through 334 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 335 through 468 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 48 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 49 through 281 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 282 through 332 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 333 through 468 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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