PDB-6rr0: Crystal structure of the Sir4 H-BRCT domain in complex with Ubp10...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rr0

タイトル

Crystal structure of the Sir4 H-BRCT domain in complex with Ubp10 pT123 peptide

要素

Regulatory protein SIR4
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / heterochromatin

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / subtelomeric heterochromatin formation => GO:0031509 / establishment of protein-containing complex localization to telomere / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of heterochromatin formation / protein deubiquitination / nuclear replication fork ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Deshpande, I. / Keusch, J.J. / Challa, K. / Iesmantavicius, V. / Gasser, S.M. / Gut, H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: The Sir4 H-BRCT domain interacts with phospho-proteins to sequester and repress yeast heterochromatin.
著者: Deshpande, I. / Keusch, J.J. / Challa, K. / Iesmantavicius, V. / Gasser, S.M. / Gut, H.

履歴

登録	2019年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rr0.cif.gz	372.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rr0.ent.gz	318 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rr0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rr0_validation.pdf.gz	536.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rr0_full_validation.pdf.gz	544.3 KB	表示
XML形式データ	6rr0_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	6rr0_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/6rr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/6rr0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qszC 6qtmC 6rrvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2myc-d 2in4-d 1mtk-d 3heo-d 5oja-d 7kyr-d 1npg-d 2o58-d 5ixu-d 5ysk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Regulatory protein SIR4

B: Regulatory protein SIR4

C: Regulatory protein SIR4

D: Regulatory protein SIR4

E: Regulatory protein SIR4

F: Regulatory protein SIR4

G: Regulatory protein SIR4

H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

I: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

J: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

K: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

L: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

M: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

N: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

ヘテロ分子

113 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulatory protein SIR4

H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Microscale thermophoresis
16.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Regulatory protein SIR4

I: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Regulatory protein SIR4

L: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Regulatory protein SIR4

K: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Regulatory protein SIR4

J: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Regulatory protein SIR4

M: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Regulatory protein SIR4

N: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.040, 75.280, 95.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.24, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Regulatory protein SIR4 / Silent information regulator 4 分子量: 14871.911 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fragment (residues 961-1085) 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SIR4, ASD1, STE9, UTH2, YDR227W, YD9934.12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 DE3 STAR / 参照: UniProt: P11978
#2: タンパク質・ペプチド	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 10 / Deubiquitinating enzyme 10 / Disrupter of telomere silencing protein 4 / Ubiquitin thioesterase 10 ...Deubiquitinating enzyme 10 / Disrupter of telomere silencing protein 4 / Ubiquitin thioesterase 10 / Ubiquitin-specific-processing protease 10 分子量: 1327.287 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fragment (residues 117-128) 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: P53874, ubiquitinyl hydrolase 1
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 27.8 % PEG 4000 0.1 M sodium acetate pH 4.9 0.2 M ammonium acetate 3% w/v trimethylamine N-oxide dehydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 51736 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 50.27 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 9.51
反射シェル	解像度: 2.18→2.24 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 3797 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→47.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9433 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9295 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.248 / SU R_free Blow DPI: 0.178 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.181

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	2587	5 %	RANDOM
R_work	0.1963	-	-	-
obs	0.1975	51735	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5186 Å²	0 Å²	8.6016 Å²
2-	-	1.6545 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.1732 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.329 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.18→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7131	0	2	317	7450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	7339	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	9880	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2684	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		232	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		988	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		7339	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.39
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		965	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		6	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		8002	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.24 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2426	189	4.99 %
R_work	0.2224	3601	-
all	0.2234	3790	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8488	0.2733	1.8545	1.1495	1.2585	3.814	0.0275	-0.324	0.0641	0.0524	-0.1479	0.1413	-0.0119	-0.3239	0.1204	-0.1775	-0.0257	-0.0107	-0.1376	-0.0121	-0.1153	5.8887	-1.558	7.8321
2	3.0242	-0.9696	1.1191	1.9212	0.2927	1.056	0.2179	0.2995	-0.3138	-0.1026	-0.0658	-0.0825	0.0825	0.1785	-0.1522	-0.0724	0.0108	-0.0447	-0.0768	0.0009	-0.0514	30.5625	-14.1694	12.0637
3	2.6103	0.2573	1.4976	1.4095	-0.6186	1.6926	-0.0458	-0.1068	-0.0762	0.0314	0.0861	0.1485	-0.0579	-0.189	-0.0403	-0.0641	0.0343	0.0054	-0.0594	0.0015	-0.054	38.9086	-9.1891	-18.8356
4	3.8965	0.5667	1.9677	3.4285	0.8304	1.7304	0.0025	-0.0733	0.153	0.1161	0.0293	-0.2247	-0.0013	0.0706	-0.0318	-0.1091	-0.0374	-0.0371	-0.1107	0.0236	-0.0539	46.7864	1.1937	29.7128
5	5.0252	0.4505	1.3398	1.2389	-0.4629	2.9257	-0.0483	0.5262	0.0374	-0.1426	-0.0434	-0.174	-0.0608	0.2979	0.0917	-0.1173	0.0075	-0.0163	-0.0547	0.0187	-0.1034	-2.8603	-7.4267	-17.6773
6	4.7802	1.4471	2.4692	4.5898	-0.3329	3.0109	-0.3435	0.3327	0.3945	-0.6019	0.1473	0.2539	-0.153	0.0447	0.1962	-0.0725	-0.0169	-0.0681	-0.1764	0.0586	-0.1488	29.545	-1.3149	-44.0679
7	7.1717	1.3174	5.1519	3.5904	-0.3585	4.1009	0.5984	-0.6098	-0.784	0.112	-0.0933	-0.0844	0.4773	-0.3012	-0.5051	-0.1421	-0.0516	-0.1783	-0.187	0.0936	-0.0782	5.7323	-14.5748	-50.0537
8	0.7575	-3.7562	3.8211	5.1994	-3.1131	3.4461	-0.0504	0.0422	0.3462	-0.016	-0.0325	0.2098	-0.2603	-0.3376	0.083	-0.1931	0.0676	-0.0223	0.1415	-0.203	0.033	-7.1821	1.295	4.5576
9	6.0222	3.875	3.561	7.9371	3.0766	0.8076	0.0878	0.0769	-0.3574	-0.2411	-0.1871	0.2075	0.2929	-0.1632	0.0992	0.0918	0.1724	-0.2007	-0.0946	-0.1556	-0.0495	23.1011	-18.6803	1.2871
10	3.7891	-1.6819	3.7123	2.8457	5.1949	3.7491	-0.0007	0.2184	-0.1241	-0.2035	0.0635	0.1775	0.1312	0.0213	-0.0628	-0.0967	0.0343	0.0307	0.2049	0.0291	-0.1287	-9.2538	-7.6243	-30.9173
11	2.3063	3.8935	4.3916	4.5836	2.6017	4.5079	-0.0309	0.2608	0.1508	-0.1897	-0.0578	0.1589	-0.0464	-0.0534	0.0887	-0.0526	0.0277	-0.0513	-0.0407	0.01	0.0727	35.2272	7.8874	23.4372
12	6.9561	-2.533	-1.0118	1.1529	4.4888	5.216	0.0342	-0.168	0.0058	0.1905	0.0256	0.2965	-0.0878	-0.2849	-0.0598	-0.0887	-0.0136	-0.0251	0.0692	0.0436	-0.0401	25.2953	-13.0896	-22.5538
13	3.2066	3.1725	0.5435	0.3695	1.1208	5.189	-0.0913	0.3554	0.0989	-0.1363	-0.0293	0.1082	0.1526	0.0069	0.1207	-0.0081	-0.1931	-0.3214	-0.0576	0.2329	0.0498	22.0453	2.6451	-55.1874
14	2.3699	0.1698	3.408	0.5226	-2.7667	3.5942	0.0056	-0.1693	-0.1628	0.029	0.0175	0.2152	0.2003	-0.2427	-0.0231	0.0668	-0.127	-0.3307	-0.2768	0.0928	0.1964	-5.5133	-22.4497	-57.0624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|970 - A\|1084 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|967 - B\|1085 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|968 - C\|1084 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|970 - D\|1084 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|970 - E\|1085 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|969 - F\|1084 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|970 - G\|1084 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|117 - H\|127 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|117 - I\|127 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|117 - J\|127 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|117 - K\|127 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|117 - L\|128 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ M\|117 - M\|127 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ N\|117 - N\|127 }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)