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- PDB-6rpd: Structure of ferrous KpDyP in complex with cyanide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rpd
タイトルStructure of ferrous KpDyP in complex with cyanide
要素Iron-dependent peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme protein
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Pfanzagl, V. / Beale, J. / Hofbauer, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: X-ray-induced photoreduction of heme metal centers rapidly induces active-site perturbations in a protein-independent manner.
著者: Pfanzagl, V. / Beale, J.H. / Michlits, H. / Schmidt, D. / Gabler, T. / Obinger, C. / Djinovic-Carugo, K. / Hofbauer, S.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-dependent peroxidase
B: Iron-dependent peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,88515
ポリマ－66,9072
非ポリマー1,97813
水10,088560
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.570, 75.740, 75.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Iron-dependent peroxidase / Peroxidase / Putative deferrochelatase/peroxidase YfeX


分子量: 33453.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: yfeX, AGG09_21550, B1727_13990, B8011_07420, BL102_0001560, BN49_3985, BVX91_12125, CEO55_07245, CIT28_09840, CP905_14695, PMK1_00271, SAMEA3531778_01640, SM57_03027
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0W8ATM9, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

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非ポリマー , 5種, 573分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 % / 解説: cubic
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 23% w/v PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.991874 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.991874 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→40.62 Å / Num. obs: 81557 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21.31 Å2 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.52→1.53 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 956 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FKS

6fks


解像度: 1.52→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.075
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 4058 4.98 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 81529 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2165 Å20 Å22.3324 Å2
2---1.8187 Å20 Å2
3----0.3978 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.52→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4650 0 134 560 5344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0129890HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1217838HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2174SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1655HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9890HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.49
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion610SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11381SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.53 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 -5.82 %
Rwork0.2221 1536 -
all0.2241 1631 -
obs--98.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36730.00980.06280.3686-0.09730.15730.00920.01520.0386-0.0309-0.01310.00090.03730.00090.004-0.0046-0.0042-0.0031-0.02720.0048-0.007513.75762.9011-2.0851
20.45960.12690.19790.12470.17240.5074-0.0266-0.05430.02130.02310.0078-0.00490.038-0.00010.0188-0.01720.0175-0.00670.0021-0.0084-0.029724.81391.519232.2272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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