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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rp2 | ||||||
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タイトル | Threonine to Cysteine (T225C) variant of E coli hydrogenase-1 | ||||||
要素 | (Hydrogenase-1 ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / [NiFe]-Hydrogenase / hydrogen production / FeS clusters / nanoclusters | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / cellular response to starvation / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Carr, S.B. / Armstrong, F.A. / Zhang, L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020 タイトル: Aerobic Photocatalytic H2Production by a [NiFe] Hydrogenase Engineered to Place a Silver Nanocluster in the Electron Relay. 著者: Zhang, L. / Morello, G. / Carr, S.B. / Armstrong, F.A. #1: ジャーナル: Energy Environ Sci / 年: 2018 タイトル: Direct visible light activation of a surface cysteine-engineered [NiFe]-hydrogenase by silver nanoclusters 著者: Zhang, L. / Beaton, S.E. / Carr, S.B. / Armstrong, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rp2.cif.gz | 389.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rp2.ent.gz | 316.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rp2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/6rp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/6rp2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 STLM
#1: タンパク質 | 分子量: 35387.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: D8B36_14215 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P69740, UniProt: P69739*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 64767.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor) |
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-糖 , 1種, 2分子
#6: 糖 |
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-非ポリマー , 10種, 1537分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.85 % / 解説: Long rods with rectangular cross-section |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 100 mM Bis-tris pH 5.9 200 mM LiSO4 150 mM NaCl 18-21% PEG 3350 PH範囲: 5.5-5.9 Temp details: Ambient temperature inside anaerobic glove box |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→86.2 Å / Num. obs: 363874 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 17400 / CC1/2: 0.4 / Rpim(I) all: 0.55 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→86.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.849 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.837 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→86.07 Å
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拘束条件 |
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