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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rls | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Concerted dynamics of metallo-base pairs in an A/B-form helical transition (apo species) | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / metallated duplex DNA / B-form helix / A-form helix / mercury(II)-mediated base pair | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Schmidt, O.P. / Jurt, S. / Johannsen, S. / Karimi, A. / Sigel, R.K.O. / Luedtke, N.W. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Concerted dynamics of metallo-base pairs in an A/B-form helical transition. 著者: Schmidt, O.P. / Jurt, S. / Johannsen, S. / Karimi, A. / Sigel, R.K.O. / Luedtke, N.W. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 346.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 289.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 306.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 379.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6fy6C ![]() 6fy7C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4255.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 詳細: 2000 preliminary structures were calculated. The 20 lowest energy structures were selected and subsequently refined. Of the 200 refined conformers calculated the 21 lowest energy structures were chosen | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |