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- PDB-6rlp: Cryo-EM reconstruction of TMV coat protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rlp
タイトルCryo-EM reconstruction of TMV coat protein
要素
  • Capsid protein
  • RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / cryo-EM / single particle reconstruction / Tobacco mosaic virus / helical reconstruction / ESRF / Titan Krios / K2 Summit
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / RNA / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kandiah, E. / Effantin, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: CM01: a facility for cryo-electron microscopy at the European Synchrotron.
著者: Eaazhisai Kandiah / Thierry Giraud / Alejandro de Maria Antolinos / Fabien Dobias / Gregory Effantin / David Flot / Michael Hons / Guy Schoehn / Jean Susini / Olof Svensson / Gordon A Leonard ...著者: Eaazhisai Kandiah / Thierry Giraud / Alejandro de Maria Antolinos / Fabien Dobias / Gregory Effantin / David Flot / Michael Hons / Guy Schoehn / Jean Susini / Olof Svensson / Gordon A Leonard / Christoph Mueller-Dieckmann /
要旨: Recent improvements in direct electron detectors, microscope technology and software provided the stimulus for a `quantum leap' in the application of cryo-electron microscopy in structural biology, ...Recent improvements in direct electron detectors, microscope technology and software provided the stimulus for a `quantum leap' in the application of cryo-electron microscopy in structural biology, and many national and international centres have since been created in order to exploit this. Here, a new facility for cryo-electron microscopy focused on single-particle reconstruction of biological macromolecules that has been commissioned at the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) is presented. The facility is operated by a consortium of institutes co-located on the European Photon and Neutron Campus and is managed in a similar fashion to a synchrotron X-ray beamline. It has been open to the ESRF structural biology user community since November 2017 and will remain open during the 2019 ESRF-EBS shutdown.
履歴
登録2019年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
R: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
B: Capsid protein
Z: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
C: Capsid protein
a: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
D: Capsid protein
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E: Capsid protein
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G: Capsid protein
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H: Capsid protein
f: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
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g: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
J: Capsid protein
h: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
K: Capsid protein
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j: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
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k: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
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l: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
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n: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
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S: Capsid protein
p: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
T: Capsid protein
q: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
U: Capsid protein
r: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
V: Capsid protein
s: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
W: Capsid protein
t: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
X: Capsid protein
u: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
Y: Capsid protein
v: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,21648
ポリマ－433,21648
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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25given(-0.0971883854828, -0.995265852239, 0.000548720838405), (0.995265801525, -0.0971887022328, -0.000583501159217), (0.000634068244683, 0.000489413549456, 0.999999679216)401.775820601, 19.7022777924, -17.1530881248
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27given(0.718698620206, 0.69532167004, 0.000261699985863), (-0.695321681355, 0.718698654416), (-0.000229676487853, -0.000138974241252, 0.999999963967)-79.5812562509, 187.604525516, -2.75731572099
28given(-0.900669984667, 0.43450382974), (-0.434503829488, -0.900669976945, 0.000121614577422), (0.000120712916405, 0.999999992274)281.58632386, 448.475334038, -9.90677814111
29given(0.405398412289, 0.914140101839), (-0.914140001682, 0.405398387199, 0.000452747608119), (0.000429694839578, -0.000147870149192, 0.999999896748)-61.3796551682, 289.713271347, -4.29174266358
30given(-0.949465911793, 0.313869908046, 0.000403937989147), (-0.313870019727, -0.949465927885, -0.000250005586804), (0.000305056127132, -0.00036415580705, 0.999999887166)314.048860318, 434.764731066, 12.7206589656
31given(-0.344537077237, -0.938772707209), (0.938772700058, -0.344537085086, -0.000120935993168), (0.000141541117093, 0.999999989383)438.517307918, 77.980895273, 7.0246401587
32given(-0.94931022733, -0.314340147046, 0.000603524924002), (0.314339996414, -0.949310410822, -0.000332505914432), (0.000677452451582, -0.000125939242771, 0.999999762599)434.640698544, 314.085272454, -12.828641884
33given(0.926997606123, 0.375067240284), (-0.375067218584, 0.926997588596, 0.000228651006238), (0.000140663448132, -0.000189744562204, 0.999999972105)-57.9967663337, 86.0320660131, -1.40909698689
34given(0.404636781499, -0.914477469077, -0.000183327200207), (0.914477301677, 0.40463681895, -0.000556297186788), (0.000582902178548, 0.999999828462)290.009755033, -61.1914376564, 4.11340556135
35given(-0.463393154184, 0.886152456184, 0.000780419464056), (-0.88615251787, -0.463393529584, 0.000389631324633), (0.000706914085334, -0.000511018184577, 0.999999619566)110.717403781, 451.192163809, 15.4889976646
36given(0.0326803799897, -0.999465851386), (0.999465828164, 0.0326803945527, -0.000223929101237), (0.000226044448054, 0.999999972589)377.754539839, -6.12118624356, 5.61810184633
37given(-0.997913319594, -0.0645636897486, 0.000732491587183), (0.0645635302547, -0.997913570038, -0.000239362120988), (0.000746417396506, -0.00019157040599, 0.999999703081)396.005696229, 371.384021706, 11.1857898771
38given(-0.762229834104, -0.647306321467, 0.000454083616379), (0.647306254314, -0.762229966676, -0.000301707495002), (0.000541413308529, 0.99999985139)462.685926972, 214.200624363, -14.2532501298
39given(0.71847054809, -0.695557372852, 0.00011223952176), (0.695557373275, 0.718470504393, -0.000273497241131), (0.000109592236711, 0.00027456873967, 0.999999956301)187.643541783, -79.4499208549, 2.75865796104
40given(-0.344611739796, 0.938745263455, 0.000281309449359), (-0.9387452505, -0.344611806771, 0.000239371227873), (0.000321651163978, -0.000181587774212, 0.999999931783)77.8889937996, 438.521893649, -7.09318600816
41given(-0.900832658993, -0.434166069648, 0.000586905847689), (0.434165893796, -0.900832843322, -0.000406271724093), (0.000705093461195, -0.000111168335552, 0.999999745242)448.365260115, 281.770008118, 9.7745494265
42given(-0.462958352484, -0.886379924636, 0.000439393774272), (0.886379948734, -0.462958468156, -0.000207952104709), (0.000387745639554, 0.000293196667322, 0.999999881845)451.121645151, 110.814271774, -15.6685778749
43given(0.926884707264, -0.375346156696), (0.375346143068, 0.92688469589, -0.000182778624592), (0.000111014031474, 0.000152241086117, 0.999999982249)86.1358715475, -58.0106789502, 1.36783502515
44given(-0.761950542166, 0.647634469774, 0.000982269098409), (-0.647634497223, -0.761951079284, 0.000332842687873), (0.000964001397359, -0.000382541687205, 0.999999462181)213.84142924, 462.742318141, 14.0141619302
45given(0.0324960920217, 0.999471848137, 0.000169661208671), (-0.999471855967, 0.032496110803, -0.000109140252547), (-0.000114595939355, -0.000166024971426, 0.999999979652)-6.18081833526, 377.795119124, -5.60251941815
46given(-0.671981962533, 0.740566821332, 0.00101250775592), (-0.740566825655, -0.671982573757, 0.00044419170188), (0.0010093412045, -0.000451340843184, 0.999999388761)178.694321933, 463.285986557, -8.59159590999

-
要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein


分子量: 17091.998 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A348G6U1
#2: RNA鎖 ...
RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')


分子量: 958.660 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (ウイルス)

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 22.04 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.41 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109763 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 28.06 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001631320
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.451143104
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03725112
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00355328
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.45674800
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.09658083134E-10
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.25101369363E-13
ens_1d_4AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.55693229472E-12
ens_1d_5AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.46845188094E-10
ens_1d_6AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.43064184775E-11
ens_1d_7AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.29340712157E-10
ens_1d_8AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.01381506443E-11
ens_1d_9AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.29199556291E-12
ens_1d_10AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.25183574297E-13
ens_1d_11AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.27081598098E-11
ens_1d_12AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.28315028621E-10
ens_1d_13AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.45278051086E-12
ens_1d_14AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.40626823573E-11
ens_1d_15AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.58414589532E-10
ens_1d_16AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.74633461157E-13
ens_1d_17AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.63048103486E-11
ens_1d_18AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.73491580595E-11
ens_1d_19AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.98876200762E-13
ens_1d_20AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.34435108069E-11
ens_1d_21AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.51096427546E-11
ens_1d_22AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.40548711137E-10
ens_1d_23AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.91074889111E-11
ens_1d_24AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.2852235065E-10
ens_2d_2HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.9009891022E-14
ens_2d_3HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.10609035098E-13
ens_2d_4HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.6189949582E-11
ens_2d_5HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.16622849431E-11
ens_2d_6HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.5606504887E-14
ens_2d_7HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.86825968722E-11
ens_2d_8HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.46006873134E-11
ens_2d_9HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.88623366766E-11
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ens_2d_11HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.33622301185E-12
ens_2d_12HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.5696702723E-11
ens_2d_13HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.4831223729E-13
ens_2d_14HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.3841221392E-12
ens_2d_15HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.748675345E-14
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ens_2d_19HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.84625521993E-12
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ens_2d_23HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.12943786904E-12
ens_2d_24HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.38198049532E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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