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- PDB-6riy: Crystal structure of MchDnaB-1 intein (N145AA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6riy
タイトルCrystal structure of MchDnaB-1 intein (N145AA)
要素Replicative DNA helicase
キーワードHYDROLASE / intein / protein-splicing / SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / intein-mediated protein splicing / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein ...DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium chimaera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Beyer, H.M. / Lountos, G.T. / Mikula, M.K. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland137995, 277335 フィンランド
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0025402 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: The Convergence of the Hedgehog/Intein Fold in Different Protein Splicing Mechanisms.
著者: Beyer, H.M. / Virtanen, S.I. / Aranko, A.S. / Mikula, K.M. / Lountos, G.T. / Wlodawer, A. / Ollila, O.H.S. / Iwai, H.
履歴
登録2019年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2263
ポリマ－30,1902
非ポリマー351
水4,828268
1
A: Replicative DNA helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1312
ポリマ－15,0951
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0951
ポリマ－15,0951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.310, 95.780, 35.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Replicative DNA helicase


分子量: 15095.071 Da / 分子数: 2 / 変異: C1A, N145A, +1A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium chimaera (バクテリア)
遺伝子: BWK49_00400, MYCOZU1_00080 / プラスミド: pHBRSF074 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A220Y4A5, DNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 27.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris-HCl pH 7.5, magnesium chloride, polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→34.23 Å / Num. obs: 24075 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12.92 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1195 / CC1/2: 0.603 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
MOSFLMdata processing
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RIX

6rix


解像度: 1.63→34.23 Å / SU ML: 0.1905 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.714
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 1186 4.93 %
Rwork0.1692 --
obs0.1716 24035 95.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→34.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 1 268 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00571962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80172700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0558329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.59871570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.70.29071500.24192886X-RAY DIFFRACTION97.68
1.7-1.790.26571630.22112890X-RAY DIFFRACTION97.42
1.79-1.910.25121460.20052844X-RAY DIFFRACTION95.56
1.91-2.050.23241270.18762803X-RAY DIFFRACTION93.64
2.05-2.260.23851460.16942768X-RAY DIFFRACTION92.33
2.26-2.590.24071380.17012911X-RAY DIFFRACTION97.01
2.59-3.260.20061590.15642867X-RAY DIFFRACTION96.31
3.26-34.230.17491570.1382880X-RAY DIFFRACTION95.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.202443172211.061596480350.122959835523.0021540820.4745875810692.737876183540.152681970508-0.2417094812460.06632259651730.192474755324-0.0879977330667-0.0823097079701-0.153030319080.0711074502098-0.03602203578180.104840303913-0.01196252596870.01786683456570.07266431034390.01836919959810.072976193894712.061673129716.105231066612.7540190246
25.878775557771.51056989785-1.501083834511.58990699981-1.768546153043.415135258320.01487870396520.2413878747240.0152126879546-0.06663547814590.105162624180.08367432027-0.02323163917-0.103544848302-0.1323359562110.08767809015780.0115724345190.009452298367040.0948878138296-0.02036297564180.075895096848310.459249687415.2796396264-2.90485544384
34.852114236210.225420049158-1.185398119882.22374459983-0.02640774547684.55228421905-0.05662863682050.4828932609630.0402236005694-0.2728654424750.0230220510443-0.1344051559330.09709456954790.1993120568790.02022468314570.1336950064490.004340875410850.002581992442750.07161198192770.01366156534520.1159860086312.281526511314.37264966-3.84465897161
43.822878157721.50181889040.0004611938344386.99931633111.004469845434.161044747470.14243400755-0.09218072625660.2056711780440.0341431809477-0.1076687069830.0715263964598-0.193923810905-0.0685576092525-0.05058184053310.0766684714494-0.01632718182960.01528864379480.07508300782060.01414419299240.072393290723815.969796453620.24139582856.52736974693
51.770993571140.0108839552418-0.3137085407081.702618927570.4544860928011.640046581440.0576930988213-0.0419726954046-0.00709214514660.0627362380917-0.0243019799961-0.03302146113570.0464483770764-0.0287883845601-0.03096727827370.06120264001950.00220171233023-0.0146467058910.05907722951730.02653096717580.064821181708313.4965875066-4.894707687413.0467378729
65.898762019531.56363103718-0.8895572152082.91616499130.1614256476024.27019985509-0.09238475808130.265398635317-0.36896725321-0.154555382033-0.08461181073810.07818894858970.368395254986-0.2257649332920.1586720920860.1230923513980.0159753850675-0.02050440575180.0974551662733-0.005722447429890.1008736873319.9604252979-12.17334246041.5252313749
74.756984627281.60644911188-0.9094835483241.640296948820.5926790341831.416545684130.105939086483-0.137695674925-0.08168921736120.12857943995-0.09289119903930.01298519259520.1053769287840.074726240870.02607915228720.0958138072793-0.000170589670434-0.002446357090410.05346849542240.008292654177080.068105356963912.2911520069-6.8503077958215.2860811363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 78 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 124 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 125 through 146 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 78 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 79 through 117 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 118 through 146 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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