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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rhr | |||||||||
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タイトル | Single crystal serial study of the inhibition of laccases from Steccherinum murashkinskyi by chloride anions at sub-atomic resolution. First structure of the series with 15 KGy dose. | |||||||||
![]() | Laccase 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MULTI COPPER OXIDASE / LACCASE / COMPLEX WITH MOLECULAR OXYGEN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Polyakov, K.M. / Gavryushov, S. / Fedorova, T.V. / Glazunova, O.A. / Popov, A.N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The subatomic resolution study of laccase inhibition by chloride and fluoride anions using single-crystal serial crystallography: insights into the enzymatic reaction mechanism. 著者: Polyakov, K.M. / Gavryushov, S. / Fedorova, T.V. / Glazunova, O.A. / Popov, A.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 307.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 247.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6rghC ![]() 6rgpC ![]() 6rhhC ![]() 6rhiC ![]() 6rhoC ![]() 6rhpC ![]() 6rhuC ![]() 6rhxC ![]() 6ri0C ![]() 6ri2C ![]() 6ri4C ![]() 6ri6C ![]() 6ri8C ![]() 6riiC ![]() 6rikC ![]() 6rilC ![]() 5e9nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53310.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: I1VE66, laccase | ||||||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CU / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN SOLUTION (12MG/ML, 20 MM K-PHOSPHATE BUFFER, PH 6.5) RESERVOIR SOLUTION (0.1 M CITRATE-PHOSPHATE BUFFER PH 4.0, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 4000). ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PROTEIN SOLUTION (12MG/ML, 20 MM K-PHOSPHATE BUFFER, PH 6.5) RESERVOIR SOLUTION (0.1 M CITRATE-PHOSPHATE BUFFER PH 4.0, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 4000). Before collecting the diffraction data, the crystal was soaked in reservoir solution containing 0.1 M NaCl. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.886 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→70 Å / Num. obs: 237855 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.09 Å / Num. unique obs: 17461 / CC1/2: 0.762 / Rrim(I) all: 0.645 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5E9N 解像度: 1.06→67.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.093 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.169 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.06→67.18 Å
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拘束条件 |
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