PDB-6rge: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rge

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with an inhibitor

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP biosynthetic process / NAD metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Gelin, M. / Labesse, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with an inhibitor
著者: Gelin, M. / Labesse, G.

履歴

登録	2019年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rge.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rge.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rge_validation.pdf.gz	815.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rge_full_validation.pdf.gz	817.4 KB	表示
XML形式データ	6rge_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	6rge_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rgfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rbq-1 6rgf-1 2i2f-1 6rbw-1 3v8m-1 6rg7-1 6rg6-1 2i2c-1 5eji-1 5dhs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

31.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.080, 75.220, 118.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-421- HOH

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e / 遺伝子: nadK1, lmo0968 / Variant: ATCC BAA-679 / EGD-e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-K1Z / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-2-[8-[3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy]prop-1-ynyl]-6-azanyl-purin-9-yl]-5-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate 分子量: 650.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇N₁₀O₁₁P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.799→59.14 Å / Num. obs: 25981 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 101054

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.799-1.83	3.9	0.472	4918	1254	0.902	0.267	0.546	2.1	95.7
4.883-59.14	4	0.022	5495	1363	0.999	0.012	0.025	45.4	94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.801→59.14 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2228	1028	4.8 %
R_work	0.2006	20385	-
obs	0.2016	21413	80.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.67 Å² / B_iso mean: 33.6674 Å² / B_iso min: 10.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→59.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2048	0	58	74	2180
B_iso mean	-	-	26.47	31.3	-
残基数	-	-	-	-	259

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8011-1.896	0.2302	32	0.239	591	623	17
1.896-2.0148	0.2557	108	0.2462	2274	2382	64
2.0148-2.1704	0.3039	182	0.2302	3410	3592	96
2.1704-2.3888	0.2586	158	0.2269	3561	3719	99
2.3888-2.7345	0.2001	185	0.206	3543	3728	99
2.7345-3.4451	0.2093	180	0.201	3374	3554	94
3.4451-59.1719	0.2061	183	0.1766	3632	3815	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1718	-1.369	-2.2527	1.387	0.9939	4.9493	-0.1531	-0.318	0.1942	0.2261	0.0341	0.0375	-0.3311	-0.3137	0.0816	0.3672	0.092	0.0527	0.3116	-0.1048	0.2537	11.8674	23.299	21.9907
2	2.1836	-0.4068	-1.0884	2.5256	0.8579	5.8867	0.0874	-0.2493	0.579	0.0323	-0.0765	0.0231	-0.9381	-0.2199	0.0238	0.2853	0.1655	0.0484	0.2646	-0.0368	0.3741	16.4393	25.7094	12.7623
3	1.7048	-0.6336	0.0939	2.403	1.3896	8.9351	0.0906	0.0873	-0.1771	-0.016	-0.1714	0.4486	0.6634	-0.7906	0.0905	0.1427	0.0128	-0.0397	0.2624	-0.0177	0.2694	14.655	8.3993	-7.2996
4	1.4021	0.4653	0.5861	1.6405	0.6542	4.3286	0.0069	0.0361	0.1101	-0.0648	-0.0245	0.1227	-0.1397	-0.108	0.0159	0.1188	0.0344	0.0015	0.1385	-0.0023	0.1532	23.3505	11.8154	-1.9955
5	3.3524	-0.1403	0.5451	3.9675	-0.1007	4.4069	0.0362	0.3498	-0.0918	-0.3613	-0.067	0.6375	0.2409	-0.301	0.0364	0.1851	0.0271	-0.02	0.2294	0.0099	0.2032	20.5733	9.4065	-11.2692
6	2.3311	-0.1173	0.8784	4.2137	0.4096	6.4659	-0.0114	0.0273	-0.0001	-0.2002	-0.1612	0.9039	0.1369	-1.679	0.0764	0.1916	0.0875	-0.0142	0.5048	-0.038	0.4396	9.1986	13.7245	-4.1276
7	8.199	-3.4965	2.3216	5.4742	-0.6786	1.7647	-0.3128	-1.065	1.0645	0.2006	0.1667	-0.4838	-0.7786	-0.4706	0.1742	0.3871	0.0376	0.0496	0.2722	-0.1255	0.3464	23.2659	26.613	15.0783
8	7.1738	-0.6117	-0.2529	2.7002	2.7339	7.2889	0.0542	-0.7992	0.0103	0.7349	0.022	-0.2981	-0.2162	0.1712	0.0424	0.2428	0.0069	0.0075	0.2248	-0.0514	0.1945	31.7327	12.8272	17.5724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 79 )	A	1 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 80 through 120 )	A	80 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 121 through 141 )	A	121 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 142 through 184 )	A	142 - 184
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 185 through 216 )	A	185 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 217 through 238 )	A	217 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 239 through 252 )	A	239 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 253 through 264 )	A	253 - 264

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