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万見
- PDB-6rgb: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rgb
タイトルCrystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complexe with an inhibitor
要素NAD kinase 1
キーワードTRANSFERASE / tetrameric NAD kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / NAD+ metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-K38 / NAD kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Gelin, M. / Labesse, G.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: From Substrate to Fragments to Inhibitor ActiveIn VivoagainstStaphylococcus aureus.
著者: Gelin, M. / Paoletti, J. / Nahori, M.A. / Huteau, V. / Leseigneur, C. / Jouvion, G. / Dugue, L. / Clement, D. / Pons, J.L. / Assairi, L. / Pochet, S. / Labesse, G. / Dussurget, O.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8073
ポリマ－31,0451
非ポリマー7622
水1,65792
1
A: NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,22812
ポリマ－124,1814
非ポリマー3,0478
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.790, 75.620, 118.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22

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要素

#1: タンパク質 NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase


分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)
遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-K38 / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[[3-[6-azanyl-9-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]purin-8-yl]prop-2-ynylamino]methyl]oxolane-3,4-diol


分子量: 569.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N11O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 % / Mosaicity: 0.92 °
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5
詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→37.81 Å / Num. obs: 13690 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 30.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 74351 / Scaling rejects: 233
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.324.90.48598412120.790.2540.5483.597.9
8.98-37.814.60.02911302450.9990.0140.03341.197.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→37.39 Å / SU ML: 0.2467 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.142 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2306 694 5.09 %
Rwork0.2062 12932 -
obs0.2075 13626 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→37.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2075 0 54 92 2221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00832226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6893022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.20731311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.420.32891330.27752472X-RAY DIFFRACTION96.41
2.42-2.660.2671330.23682577X-RAY DIFFRACTION99.34
2.66-3.050.23171450.23092566X-RAY DIFFRACTION99.45
3.05-3.840.20611320.19692621X-RAY DIFFRACTION99.71
3.84-37.40.21671510.17792696X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.339966236230.0328871141332-1.245357486530.9638701981980.3369585530455.51025794755-0.0465661703928-0.3508546970430.2057402734040.1461113753950.001583162106160.0800892521621-0.422530736306-0.218290785537-0.02169243919240.3824927754080.1205948884380.01545114415730.407683368197-0.1050754715070.27118115638410.120635406924.707764995822.1197048992
23.79441493299-0.00529631052913-1.604071644540.0751177535862-0.09087637933856.12575294563-0.340872671619-0.980371670670.5278994732310.2519450422630.626499807244-0.4818008887730.3190686997930.9429517649640.02616554289880.4313808364180.1702598939430.02917439502860.699398606707-0.1238220351570.44361017052520.550793985221.117209744726.3268912812
32.187017823350.358251785264-0.4026300720461.738373840960.293202789133.326683876080.01161865672070.03140097801630.220886046488-0.0268180649952-0.1092231986960.315232187064-0.400446178687-0.5896406644020.1629897184670.2045573053450.08708201933690.002974460511680.3268651485710.02140267497750.30055168241114.704312794918.2407359353-1.08660006621
41.816970223160.0947135552730.3419632026481.604319861420.9991726303983.625247538930.002692419250240.07243888105110.0280588855725-0.1405431175123.17819052678E-50.128431558279-0.185405493116-0.1030612792760.0275493846850.1531809716280.02620178330130.004386655733560.146997537232-0.000773165234360.18377153586923.255331872911.8383081274-1.98931347112
51.65556826655-0.214873615525-0.3778956219021.816155729140.3749954019583.123656694420.07667555997190.1115384363350.0771604597387-0.00293180070056-0.1488774581580.28513571006-0.0718082217493-0.4110676406650.08238597751520.2114112178210.045802059433-0.005474955581470.2533583141660.01715456294860.27533040880517.311537252514.4931228822-2.89682967908
65.008915568180.705021859365-0.3756743922144.786034100142.002551866525.335048117420.0305002481505-0.988441819182-0.09958956255170.9091188410270.276377314847-0.1286732916120.4092319559640.122228469458-0.02900280408160.2716506848920.03169111680790.04495550261070.327086925642-0.02875433994880.21890030893131.503089192512.825836861217.5076182638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 141 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 142 through 184 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 185 through 252 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 253 through 264 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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