PDB-6rfx: Crystal structure of Eis2 from Mycobacterium abscessus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rfx

タイトル

Crystal structure of Eis2 from Mycobacterium abscessus

要素

Eis2

キーワード

ANTIBIOTIC / GCN5 N-acetyltransferase / Eis

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Blaise, M. / Kremer, L. / Olieric, V. / Alsarraf, H. / Ung, K.L.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the aminoglycosides N-acetyltransferase Eis2 from Mycobacterium abscessus.
著者: Ung, K.L. / Alsarraf, H.M.A.B. / Olieric, V. / Kremer, L. / Blaise, M.

履歴

登録	2019年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6rfx.ent.gz	840.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6rfx_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rfx_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6rfx_validation.xml.gz	99.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rfx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6rftC 6rfyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rfy-d 6vuu-1 6vv3-1 3r1k-1 6vv0-1 6rft-d 6vv1-1 6vut-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (8) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Eis2

A: Eis2

B: Eis2

C: Eis2

E: Eis2

F: Eis2

ヘテロ分子

279 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.450, 79.800, 152.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Eis2 分子量: 45496.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: D2E36_21790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3A1BNP8, UniProt: A0A1M9A4M7*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol 分子量: 662.804 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₆₂O₁₅
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: .2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 24% w/v PEG 4000 and 5 mM Hygromycin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.973 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 212722 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.82 % / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 11.09
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / Num. unique obs: 30174 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15rc3_3435: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.596 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 25.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	10537	5 %
R_work	0.2015	-	-
obs	0.2027	210728	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18811	0	190	1614	20615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	19398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.513	26344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.18	7051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2930
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3436

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.5733	300	0.512	5706	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9216-1.9442	0.4104	307	0.3878	5843	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9442-1.9679	0.3275	350	0.3186	6640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.327	353	0.3022	6712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.3094	352	0.2887	6678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.3176	356	0.2886	6760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.3398	350	0.3174	6674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.3351	352	0.2869	6681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1398	0.2859	352	0.2534	6695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1749	0.2712	355	0.246	6731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.2846	356	0.2467	6772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2527	0.3752	350	0.3247	6640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2527-2.296	0.2819	353	0.2638	6705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.296-2.3429	0.249	353	0.2213	6721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.265	353	0.2163	6695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.2343	353	0.2151	6700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5107	0.2313	356	0.2127	6766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.5786	0.2407	352	0.213	6697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.2473	356	0.2215	6755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.2429	354	0.214	6725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.2508	353	0.2027	6717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.2302	356	0.2001	6755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.2173	354	0.204	6732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2487	0.2341	355	0.2105	6750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.4522	0.2164	358	0.1847	6786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-3.7187	0.1785	355	0.1686	6749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7187-4.0927	0.1849	356	0.1599	6766	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0927-4.6846	0.154	360	0.1361	6836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6846-5.9005	0.1607	359	0.1468	6830	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9005-49.6126	0.1816	368	0.158	6974	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.458	-1.5124	0.4517	9.5374	2.4647	2.0265	0.1469	-0.4248	-0.7185	0.4251	-0.1078	-0.0587	0.4514	0.2465	-0.0207	0.2237	0.013	-0.0479	0.2694	0.0424	0.2908	37.6657	-5.569	10.9233
2	4.1277	-1.0086	-0.1924	2.6353	-0.4773	3.1842	0.0097	-0.0479	-0.1033	0.1646	-0.0406	0.0466	0.211	0.1413	0.0299	0.1509	-0.0248	-0.0075	0.1707	-0.034	0.2033	31.4834	1.0984	7.4158
3	5.7125	-4.0191	-7.5178	2.885	5.2286	9.8249	0.1885	-0.5765	0.5798	0.1018	0.3467	-0.4242	-0.0354	0.8784	-0.4984	0.1612	-0.0092	-0.0365	0.2353	-0.0147	0.3394	24.548	13.5715	7.7612
4	2.1395	-0.1589	-1.0856	1.0617	0.5995	1.3966	-0.1065	0.0276	-0.1127	0.4739	-0.1072	0.608	0.2493	-0.3462	0.2141	0.3339	-0.0834	0.1561	0.3027	-0.0166	0.4734	8.4417	6.6547	22.6005
5	2.0279	-0.2895	0.9179	2.1762	-1.6329	4.6629	-0.2272	-0.3379	-0.1703	0.6325	-0.0298	0.3545	0.1442	0.0941	0.2655	0.5278	-0.0585	0.1937	0.2465	-0.0515	0.4364	13.6437	6.0632	31.0185
6	4.6978	1.081	-0.5837	3.2228	-0.8235	1.069	-0.0439	-0.0684	0.0173	0.5563	-0.0622	0.5415	0.1461	-0.1875	0.1055	0.2847	-0.0566	0.1372	0.2443	-0.0876	0.3701	10.1669	17.1002	26.3098
7	0.821	-0.0506	-0.5496	1.4901	-0.2298	1.5252	-0.0394	0.1309	0.1108	-0.1789	-0.0356	0.333	-0.0293	-0.2356	0.0756	0.1425	-0.012	-0.0682	0.2702	-0.0342	0.3575	17.501	19.6684	-5.094
8	5.1992	1.2154	1.5126	8.3512	-4.6505	7.5138	0.2572	-0.4212	0.6324	0.7092	-0.0712	0.1164	-0.6293	-0.2141	-0.1874	0.2928	0.0139	0.0197	0.2805	-0.1052	0.3961	7.0423	57.8779	34.5217
9	0.9001	0.0197	-1.0927	0.8322	0.582	4.0354	0.0522	-0.0361	0.1465	0.0986	-0.0741	0.0927	-0.149	-0.2482	0.029	0.1835	0.0344	-0.0508	0.2141	-0.0286	0.4713	5.5934	51.2735	27.6581
10	9.0984	-8.0037	-2.9577	7.4723	2.9184	1.1795	-0.4662	-0.5525	-0.2251	0.4358	0.117	0.4912	0.1816	-0.0168	0.3449	0.1851	-0.0193	-0.0419	0.303	-0.0142	0.4756	6.9502	39.8971	20.4355
11	0.6717	-1.1367	-0.393	3.9945	0.6004	1.1379	0.0417	0.2415	0.1764	-0.2069	-0.0868	-0.1875	-0.1719	0.0624	0.0395	0.1357	-0.05	-0.0164	0.2621	0.042	0.3244	26.6593	45.7255	9.989
12	2.0442	0.9405	-0.1458	3.1892	1.8782	5.0754	0.0593	-0.0949	-0.0205	0.2088	0.0315	-0.1513	0.0539	0.297	-0.0769	0.1041	-0.0109	-0.0261	0.223	0.029	0.3583	31.9723	41.0392	14.5722
13	1.4397	0.4248	0.185	0.4528	0.1665	0.5686	0.0148	0.1945	-0.1568	-0.006	-0.2156	0.5019	-0.0319	-0.273	0.17	0.1571	0.031	-0.0441	0.4524	-0.1574	0.6961	0.2966	32.6557	10.4872
14	6.0717	-1.3981	-3.0028	6.5508	-2.5898	3.2214	-0.3613	0.0786	0.5548	-0.0318	0.1867	0.1469	-0.4781	-0.1966	0.2118	0.309	-0.0472	-0.1526	0.3487	0.0153	0.3169	51.0854	57.5063	16.8083
15	2.3329	-1.7591	0.4566	2.3492	-0.667	2.6856	-0.1434	0.2658	0.107	0.0825	-0.0005	-0.0098	-0.3643	0.0957	0.1399	0.2214	-0.1096	-0.0453	0.2633	0.0188	0.2357	57.6443	50.7786	18.9181
16	1.576	0.1551	-0.1217	2.0499	-3.1069	6.7264	-0.1181	0.4745	0.2182	-0.3355	0.4407	0.5528	0.5344	-0.8391	-0.2362	0.2561	-0.1126	-0.0712	0.3711	0.0301	0.3029	61.5676	39.0381	23.4294
17	0.8227	-0.0091	0.3936	1.4331	-0.3178	3.2867	-0.083	-0.1755	0.08	0.7377	0.0249	-0.1815	-0.3901	0.2786	0.0678	0.4975	-0.01	-0.0937	0.2847	-0.0445	0.2443	62.7521	45.0471	45.9648
18	7.9086	-0.8871	0.9311	3.5102	0.6822	5.0981	-0.1483	-0.2418	-0.0025	0.7056	0.0969	0.139	-0.1951	-0.1733	0.0547	0.5037	0.0199	0.0172	0.178	-0.0168	0.1808	55.5202	42.3151	49.3356
19	1.0532	0.2478	0.0251	1.5651	-0.4496	1.4638	-0.0763	0.1346	0.0541	0.1219	-0.0087	-0.3661	0.0024	0.6609	0.0697	0.1915	-0.0305	-0.0798	0.4743	0.0061	0.2881	73.4761	31.7439	24.3052
20	4.4291	-1.784	2.0608	1.68	-1.3972	1.2897	0.0817	-0.1173	-0.436	0.1306	0.0612	0.1478	0.7006	-0.1215	-0.1641	1.0667	0.1076	-0.0156	0.3243	0.0157	0.2955	55.33	-6.1479	54.7545
21	2.1146	0.3376	-0.5527	1.1085	-0.5497	1.466	-0.1051	-0.2799	-0.0561	0.3154	0.0721	0.0233	0.5207	0.1522	0.0286	0.8149	0.1449	-0.0666	0.2832	-0.0203	0.2608	61.3003	0.4887	50.9935
22	1.5077	-0.8557	3.0476	1.6412	-3.2505	8.1239	-0.3712	-0.4929	0.0931	0.9424	0.2679	-0.0507	-0.2557	-0.2825	0.1144	0.5801	0.108	-0.114	0.3271	-0.0183	0.2788	65.4509	11.9692	45.1402
23	1.1804	-0.0299	-0.3331	3.0537	-0.2986	1.4549	0.0351	0.1317	-0.1238	-0.1322	0.0258	-0.0308	0.4979	0.1897	-0.0585	0.3754	0.0362	-0.0747	0.2883	-0.0528	0.1597	59.4969	6.2449	23.735
24	5.3574	2.0284	-0.943	4.6585	-0.4264	3.9544	-0.0106	0.1181	0.0583	0.1275	0.0152	0.2954	0.334	-0.1428	-0.0033	0.2561	0.0222	-0.0647	0.2031	-0.0172	0.1377	52.6126	10.7994	23.1227
25	2.7208	0.011	1.3732	0.9987	-0.2385	2.2018	0.0113	-0.12	0.0199	0.4938	-0.0425	-0.3969	0.1757	0.5741	0.0387	0.4746	0.0854	-0.1911	0.4575	-0.0234	0.3128	77.3105	19.2449	43.3944
26	9.8165	-1.2732	4.2325	2.2464	-2.4012	5.1534	-0.1594	0.3842	0.8112	0.1385	-0.1867	-0.0976	-0.0959	0.2854	0.3463	0.3928	-0.0523	0.0398	0.2087	-0.0222	0.3156	40.3552	56.064	62.9296
27	8.6376	0.9171	-1.0869	1.7797	0.1162	2.6086	-0.1095	0.0163	0.2778	0.2655	-0.1202	0.0897	0.3067	0.1696	0.2111	0.538	-0.0056	0.0372	0.2609	-0.0365	0.1868	39.2604	48.275	69.2213
28	8.9895	0.7399	1.9842	1.6101	-1.2802	1.7708	0.181	0.2585	-0.0845	0.2909	-0.2384	0.0528	0.312	-0.059	0.0565	0.6936	-0.073	0.0433	0.3606	-0.0907	0.2381	39.0585	44.1931	74.3886
29	1.6884	1.1128	0.6336	2.4979	0.8002	1.5612	0.0246	-0.2404	0.5591	0.3538	-0.2457	0.9199	-0.0061	-0.2959	0.217	0.3626	-0.031	0.1244	0.3157	-0.1137	0.5408	14.7046	43.5922	59.6239
30	3.1456	-0.3204	0.7831	4.5059	-2.0631	4.8549	-0.1125	-0.0631	0.5231	0.0678	-0.1132	0.574	0.0595	-0.1334	0.2191	0.2872	-0.0407	0.0345	0.2348	-0.1335	0.4652	14.2594	40.8564	52.304
31	0.2923	0.1212	0.2619	0.2202	0.0275	0.4293	0.2527	-0.3094	0.14	0.6935	-0.3525	0.2947	0.413	-0.2094	0.0712	1.0378	-0.2631	0.1646	0.5187	-0.1242	0.2527	27.3221	31.5418	81.0875
32	1.5519	-0.8248	0.0267	0.6205	-0.3892	2.0728	0.3831	0.2117	-0.4377	0.4972	-0.3536	0.4193	0.4284	-0.2037	0.0169	1.0485	-0.3401	0.2343	0.4003	-0.0449	0.4711	10.1898	-1.633	52.532
33	1.0426	-0.1666	0.8444	0.1666	-0.0638	0.6942	-0.2092	0.1494	0.0203	0.0289	-0.3679	0.0878	0.161	0.0384	0.4504	1.248	-0.5932	0.5256	0.6947	-0.0689	0.6606	4.4132	6.7375	59.5842
34	0.2936	0.1459	-0.212	2.27	-0.4624	0.3505	0.129	-0.2489	-0.1482	0.664	-0.0997	-0.1018	0.7211	-0.0677	-0.0185	1.0935	-0.1325	-0.0016	0.3523	0.0184	0.3084	31.9302	7.561	66.4715
35	3.4374	-0.6878	-0.7662	2.6196	-0.3749	1.0951	0.1621	0.0514	-0.1083	0.2517	0.0061	-0.1288	0.6033	-0.0977	-0.1707	0.854	-0.0429	-0.0428	0.2492	0.0091	0.2671	37.3959	10.4767	61.7036
36	0.6421	0.2603	-0.1455	0.2945	-0.0681	0.101	0.275	-0.3932	0.1313	0.8358	-0.3414	0.2225	0.4631	-0.3794	0.0293	1.1094	-0.4616	0.4786	0.7544	-0.1481	0.4137	8.2953	17.0276	71.575
37	1.0762	-0.4289	0.5407	1.1514	0.192	0.4927	0.0037	-0.637	0.2003	0.5662	-0.2047	0.3593	0.394	-0.4795	0.0981	1.1518	-0.5021	0.5736	0.7697	-0.2131	0.3841	7.1961	21.2247	74.0223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 3 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 26 through 109 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 110 through 139 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 140 through 199 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 200 through 242 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 243 through 298 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 299 through 411 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 3 through 25 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 26 through 108 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 109 through 139 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 140 through 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 200 through 285 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 286 through 411 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 3 through 25 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 26 through 108 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 109 through 139 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 140 through 199 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 200 through 273 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 274 through 411 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 3 through 25 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 26 through 108 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 109 through 139 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 140 through 199 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 200 through 285 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 286 through 411 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 3 through 51 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 52 through 93 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 94 through 129 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 130 through 199 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 200 through 285 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 286 through 411 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 3 through 93 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 94 through 129 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 130 through 199 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 200 through 285 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 286 through 342 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 343 through 411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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