PDB-6rft: Crystal structure of Eis2 from Mycobacterium abscessus bound to A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rft

タイトル

Crystal structure of Eis2 from Mycobacterium abscessus bound to Acetyl-CoA

要素

Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790

キーワード

ANTIBIOTIC / GCN5 N-acetyltransferase / Eis

機能・相同性

機能・相同性情報

aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacteroides abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Blaise, M. / Kremer, L. / Olieric, V. / Alsarraf, H. / Ung, K.L.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the aminoglycosides N-acetyltransferase Eis2 from Mycobacterium abscessus.
著者: Ung, K.L. / Alsarraf, H.M.A.B. / Olieric, V. / Kremer, L. / Blaise, M.

履歴

登録	2019年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6rft.ent.gz	803 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6rft_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rft	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (8) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790

B: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790

C: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790

D: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790

E: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790

F: Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790

ヘテロ分子

278 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.650, 76.990, 152.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized N-acetyltransferase D2E36_21790 分子量: 45496.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus (バクテリア) 遺伝子: D2E36_21790 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3A1BNP8, UniProt: A0A1M9A4M7*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 27% PEG 3350 and 2 mM acetyl-CoA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.973 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.939 Å / Num. obs: 115359 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.81 % / R_rim(I) all: 0.224 / Net I/σ(I): 8.35
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / Num. unique obs: 13735 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15rc3_3435: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→48.939 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2666	1996	1.73 %
R_work	0.229	-	-
obs	0.2297	115356	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.939 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18824	0	285	968	20077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	19520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.506	26592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.614	11523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3431

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3575	0.3455	142	0.2963	8041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3575-2.4212	0.3435	146	0.3054	8061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4212-2.4925	0.3802	141	0.309	8020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4925-2.5729	0.3884	141	0.3034	8075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5729-2.6649	0.3683	148	0.2893	8058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6649-2.7716	0.3431	136	0.2785	8064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7716-2.8977	0.3133	140	0.2697	8025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8977-3.0505	0.2725	145	0.2512	8089	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0505-3.2415	0.3068	142	0.2501	8081	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2415-3.4918	0.2292	140	0.2252	8128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4918-3.843	0.2502	142	0.2109	8076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.843-4.3988	0.233	145	0.1848	8114	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3988-5.5408	0.2185	142	0.1733	8195	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5408-48.9497	0.181	146	0.1884	8333	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0219	1.0291	1.5764	1.8254	0.79	1.1067	-0.1463	0.008	-0.2599	0.0184	0.0038	0.0773	0.0724	-0.0957	0.1152	0.234	0.0188	0.0733	0.234	0.0105	0.2432	21.5895	-1.9604	69.2457
2	0.9537	0.3003	-0.6723	0.852	0.2773	1.3381	-0.0275	0.1146	-0.0241	-0.2375	0.0079	0.0347	-0.1389	0.007	0.018	0.28	0.0009	-0.0129	0.1758	0.0316	0.1931	41.7062	8.806	54.801
3	9.0807	0.7232	-2.99	2.1381	-0.1612	3.8062	0.1749	0.0239	-0.1772	0.4513	0.0535	-0.3139	0.0367	-0.1597	-0.1904	0.4745	0.0224	-0.1218	0.1861	-0.0237	0.205	40.7747	16.6297	84.8266
4	2.3075	0.0497	-0.3211	1.9815	-0.0344	0.0627	0.0387	-0.3472	-0.035	0.2727	0.0123	-0.0917	0.128	-0.0076	-0.0451	0.3716	0.0082	-0.0604	0.2469	0.0054	0.1529	36.7681	20.0929	81.6768
5	4.9536	2.9923	-1.3037	2.4609	-0.4752	0.4876	0.0846	0.1678	0.5188	0.0425	0.1334	0.2495	0.3014	0.0313	-0.194	0.804	-0.0275	-0.1685	0.3532	0.0387	0.3662	12.0185	53.9223	11.0127
6	1.1884	0.0417	-0.0944	1.3953	-0.4141	0.3378	-0.1409	0.0858	0.4356	0.1795	0.0989	-0.0257	-0.2135	-0.1636	0.0534	0.9413	-0.0454	-0.1747	0.326	0.0991	0.3057	20.1171	48.9602	8.7299
7	1.4693	-1.2408	0.5092	0.8181	-0.2341	-0.0086	0.1835	0.0156	0.0606	-0.2282	-0.194	0.1196	-0.0473	0.0138	0.013	0.9571	-0.0679	-0.1858	0.414	0.0071	0.3495	18.2507	37.319	6.9196
8	2.63	-0.9707	0.3023	2.818	0.2903	0.6568	-0.1166	0.0424	0.1733	-0.0836	0.1249	-0.044	-0.0852	0.0173	-0.0003	0.5692	-0.0489	-0.0707	0.2145	0.0198	0.2003	41.9466	40.7745	20.2052
9	1.3062	-0.5523	0.849	0.4055	-0.715	1.0702	0.0945	0.1772	-0.2049	0.0526	-0.1652	0.1742	0.2055	-0.1818	-0.0733	1.1862	0.0875	-0.1784	0.0731	0.2605	-0.1239	34.2995	27.6512	12.7356
10	2.6503	-0.3726	0.6707	1.3142	-0.6846	1.9879	0.0213	0.4731	-0.0504	-0.1124	-0.0919	-0.1387	0.0791	0.2058	0.0325	1.0039	-0.0292	-0.0633	0.4171	0.0556	0.2187	31.0341	29.7266	-11.3757
11	0.6925	-0.5128	0.0577	0.5609	0.1933	0.3704	-0.0092	0.5201	0.2409	-0.6608	-0.0802	-0.1179	-0.0735	0.0076	0.1155	1.2329	-0.1012	-0.1695	0.5166	0.0678	0.351	25.5358	29.5801	-15.1659
12	0.3661	-0.2906	0.1124	0.5896	-0.9157	1.7224	-0.0388	-0.1632	0.115	0.014	-0.086	-0.421	-0.1651	0.3979	0.0752	1.3017	-0.0955	-0.3371	0.3122	0.0543	-0.3008	25.8471	24.248	-2.8284
13	2.6567	-0.3253	-0.5306	2.3099	-1.1821	0.7976	-0.1688	0.1685	-0.2152	-0.1291	0.1531	-0.3094	0.2939	0.0571	0.0388	0.7454	0.0365	-0.0402	0.3524	0.0558	0.1856	31.0674	24.5324	-2.6771
14	1.3431	0.1985	0.1117	2.0092	-1.1299	3.6348	0.055	0.1714	0.1175	-0.257	-0.0014	-0.0323	-0.3542	0.1853	-0.0612	0.3344	-0.0401	0.0238	0.2027	-0.0257	0.2649	47.1947	52.2843	46.8908
15	3.5046	-1.0035	-1.2623	2.6483	-0.5284	5.6531	0.0969	0.0781	-0.048	0.0206	-0.2755	-0.3838	0.0265	-0.0257	0.1314	0.2869	-0.0379	-0.0446	0.1819	-0.0299	0.2786	55.0001	43.9198	47.4798
16	7.6233	3.4316	-1.7129	1.6865	-0.6983	0.3204	-0.1799	0.513	-0.0517	0.0456	0.2347	-0.0907	0.0709	-0.1209	-0.0592	0.4519	0.036	-0.0847	0.2806	-0.03	0.2032	40.0352	31.927	54.446
17	2.2335	0.0838	-0.3326	2.7562	-0.8345	1.0668	0.1035	0.0614	0.1633	-0.2821	-0.0229	0.1662	0.1035	0.0257	-0.0981	0.2456	-0.0471	0.0114	0.1961	-0.0322	0.1724	26.9516	45.0995	63.2075
18	1.6305	0.1723	0.9018	3.3837	1.8575	5.6494	-0.0837	0.0026	0.0854	-0.1133	-0.0658	0.1655	-0.3019	0.0375	0.1202	0.1651	-0.0332	0.0762	0.1961	0.0214	0.215	23.1782	35.824	64.3939
19	5.6917	4.0596	-2.5017	3.3848	-1.4593	1.6887	-0.3058	-0.0485	0.1576	-0.3789	0.1241	0.1758	-0.0434	0.1454	0.2029	0.315	-0.0182	-0.0665	0.1607	-0.0048	0.2065	36.8806	29.9176	61.5876
20	6.8062	-0.0081	-5.4995	2.4392	-0.8904	6.1038	-0.0606	0.0565	0.2435	0.0989	0.0358	0.0774	-0.0729	0.3201	0.0213	0.1635	-0.0421	-0.0871	0.2236	-0.0108	0.1776	58.8484	33.8457	70.8826
21	1.8999	-0.3238	1.3121	3.2648	0.4157	1.522	0.0364	-0.0252	0.0253	0.5003	-0.1052	-0.6638	0.2184	0.4077	0.0285	0.2314	-0.0377	-0.0488	0.2647	-0.0128	0.2867	64.9153	33.647	68.3693
22	1.8093	-0.3515	0.1426	2.5775	-0.0172	0.9221	-0.1049	-0.0339	-0.0688	0.1023	0.0707	-0.1265	-0.1186	-0.0178	0.0331	0.1898	-0.0121	-0.0093	0.2007	-0.0441	0.1607	52.9558	27.7697	64.829
23	6.9185	-2.2268	-3.2238	6.097	0.6492	4.3752	0.2014	-0.05	-0.5711	-0.28	0.1251	0.2106	0.3618	0.1763	-0.2663	0.5912	-0.0305	-0.0996	0.2451	0.0028	0.2144	47.7165	-8.9502	29.9637
24	1.0198	0.2708	-0.2516	1.415	-1.9684	2.6912	0.0981	-0.0087	-0.152	-0.1243	-0.0965	-0.0749	0.0231	0.1791	0.0028	0.6137	0.0204	-0.0647	0.2021	-0.054	0.336	47.25	-2.41	22.8334
25	4.5809	1.8233	0.9153	2.1565	-0.9764	1.4035	0.1392	-0.3972	0.4917	0.0292	-0.3401	0.4251	-0.1668	-0.2198	0.1467	0.8052	0.0561	-0.0245	0.38	-0.0839	0.2779	48.602	7.1144	17.4064
26	3.7395	-0.1228	-1.0219	0.7051	-0.0959	0.8951	0.2533	0.0586	0.06	-0.0577	0.0458	0.1574	0.0632	-0.0855	-0.2082	0.8512	0.0134	-0.218	0.2346	-0.0279	0.274	19.9545	15.9677	10.6097
27	3.5302	-0.0955	-0.569	1.576	-0.9768	0.7032	0.0245	-0.0177	-0.0619	0.0348	0.0181	0.0727	-0.127	0.0451	-0.0234	0.7021	-0.0592	-0.1428	0.2255	0.0034	0.2633	22.9539	-1.4352	13.4907
28	3.5246	0.2045	-0.882	1.4801	0.073	1.6927	0.1488	-0.1794	-0.0268	-0.1093	-0.0342	0.1596	0.4001	-0.1622	-0.1441	0.6059	-0.0126	-0.1174	0.2686	-0.0044	0.2536	18.4744	9.6763	13.3114
29	1.803	0.0077	-0.1276	0.5696	-0.2965	0.2124	-0.1487	0.1859	-0.049	-0.2224	0.0204	-0.1545	0.1529	0.0194	0.1329	0.8062	0.0216	-0.0253	0.2771	-0.0565	0.2794	47.5331	13.8758	3.6419
30	1.6719	1.1479	0.6048	1.4113	0.5281	0.265	-0.2116	0.173	0.0976	-0.4089	0.1778	0.0099	-0.0714	-0.0014	0.0174	0.8601	0.0249	-0.0683	0.3547	-0.0275	0.2788	47.0162	18.5596	5.588
31	1.8883	-2.0457	-1.7848	5.5394	2.0865	1.6756	0.1315	0.0321	0.1892	-0.6147	0.2267	-0.3449	-1.0374	0.2103	-0.2554	1.2934	-0.1031	-0.1931	0.2225	-0.0448	0.4258	4.6643	55.3856	58.9645
32	1.7064	-1.1169	-0.5222	3.6301	0.0148	2.4853	0.0883	0.3127	0.04	-0.4487	0.123	-0.0746	-1.0913	0.1794	-0.24	1.0413	-0.0163	-0.0569	0.3267	-0.0332	0.3397	3.4111	53.1682	54.1196
33	0.8858	0.1685	1.0614	0.6234	0.218	3.1612	0.1003	0.1055	0.1815	-0.0455	-0.2175	-0.0143	-0.4248	-0.6742	0.0546	0.833	0.3362	-0.1332	0.4789	-0.0229	0.1472	-14.0398	45.1491	47.9844
34	8.9742	3.9257	2.1395	1.7745	0.5938	4.1397	0.3841	-0.2321	-0.0343	0.0724	-0.4429	-0.1272	-0.2983	-0.1631	0.0087	0.4913	0.1386	0.0076	0.2139	-0.0141	0.2684	-4.0485	44.0094	61.2957
35	1.0618	-1.0429	-2.0057	2.2663	4.049	7.3815	0.0614	-0.0449	-0.0448	-0.1133	0.1676	0.0153	-0.4498	0.2263	-0.2249	0.5626	0.0748	-0.0369	0.2128	-0.0059	0.2945	-2.1161	31.1568	45.5559
36	0.5212	0.502	-0.0134	1.1262	0.0175	0.9294	-0.124	0.0653	-0.0821	-0.288	0.1785	-0.1152	-0.9345	-0.1234	-0.0066	1.2695	0.21	-0.1547	0.3721	0.024	0.1856	-3.8403	43.5881	28.7207
37	4.9151	0.5436	0.2448	1.9561	0.4823	1.0304	-0.1167	0.1862	0.2984	-0.3698	0.0315	-0.0825	-0.4192	-0.0263	0.0755	0.7077	0.1053	-0.0067	0.276	-0.0252	0.2129	-2.0266	34.8802	26.766
38	0.8233	-0.4123	-0.7588	1.9748	0.7757	3.189	0.1056	-0.0332	0.0381	-0.1799	-0.2003	0.4388	-0.3488	-0.6248	0.0919	0.3262	0.0937	-0.056	0.3836	-0.068	0.2968	-18.6302	29.5165	51.8348
39	3.0997	-0.3763	-1.3874	0.9839	0.6723	3.776	-0.0409	-0.0516	-0.068	0.0691	0.0247	-0.0667	0.9905	-0.0183	-0.0097	0.918	-0.0434	-0.16	0.3236	-0.0146	0.29	-4.9415	-3.2535	25.2893
40	0.5677	0.004	0.3051	2.2711	0.7984	1.9136	0.0491	-0.0437	-0.0643	0.1511	0.0177	-0.148	0.5885	-0.1424	-0.0617	0.6418	-0.0497	-0.0935	0.235	-0.0056	0.2544	-1.0681	6.8446	50.7464
41	1.7285	-0.0252	0.5931	1.9882	1.4554	2.6949	0.2598	0.1404	-0.0012	-0.079	-0.447	0.2923	0.1295	-0.8253	0.1991	0.4954	0.0016	-0.0395	0.4852	-0.0608	0.2406	-20.9165	16.6637	33.223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 306 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 307 through 327 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 328 through 411 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 25 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 26 through 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 144 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 145 through 280 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 281 through 306 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 307 through 327 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 328 through 357 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 358 through 380 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 381 through 411 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 2 through 81 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 82 through 120 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 121 through 144 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 145 through 249 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 250 through 280 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 281 through 306 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 307 through 327 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 328 through 357 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 358 through 411 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 3 through 25 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 26 through 108 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 109 through 129 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 130 through 156 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 157 through 239 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 240 through 280 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 281 through 357 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 358 through 411 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 2 through 25 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 26 through 60 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 61 through 81 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 82 through 120 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 121 through 144 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 145 through 239 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 240 through 280 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 281 through 411 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 3 through 120 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 121 through 280 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 281 through 411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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