PDB-6rbz: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rbz

タイトル

Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complexe with an adenine derivative

要素

NAD kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / tetrameric NAD kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP biosynthetic process / NAD metabolic process / NAD binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.318 Å

データ登録者

Gelin, M. / Labesse, G.

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: From Substrate to Fragments to Inhibitor ActiveIn VivoagainstStaphylococcus aureus.
著者: Gelin, M. / Paoletti, J. / Nahori, M.A. / Huteau, V. / Leseigneur, C. / Jouvion, G. / Dugue, L. / Clement, D. / Pons, J.L. / Assairi, L. / Pochet, S. / Labesse, G. / Dussurget, O.

履歴

登録	2019年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rbz.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rbz.ent.gz	93.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rbz_validation.pdf.gz	698.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rbz_full_validation.pdf.gz	702.9 KB	表示
XML形式データ	6rbz_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	6rbz_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/6rbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/6rbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rboC 6rbpC 6rbqC 6rbrC 6rbsC 6rbtC 6rbuC 6rbvC 6rbwC 6rbxC 6rbyC 6rc0C 6rc1C 6rc2C 6rc3C 6rc4C 6rc5C 6rc6C 6rg6C 6rg7C 6rg8C 6rg9C 6rgaC 6rgbC 6rgcC 6rgdC 6rr2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rc5-1 6rbu-1 6rbv-1 6rbs-1 6rc6-1 6rr2-1 6rgb-1 5dhu-d 6rbr-1 6rbo-1 6rbt-1 3v8p-1 6rc1-1 6rbp-1 6rc2-1 6rg9-1 6rc0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

A: NAD kinase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
126 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.120, 76.680, 118.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	NAD kinase 1 / ATP-dependent NAD kinase 分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア) 遺伝子: nadK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+ kinase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-JXK / 9-(3-azanylpropyl)-8-bromanyl-purin-6-amine 分子量: 271.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₁BrN₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 詳細: 30 mM NaBr, 220 mM Kcitrate, glycerol 6%, 15-16% w/v PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.318→55.02 Å / Num. obs: 12508 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 48.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 58780

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.318-2.358	4.9	0.68	3035	620	0.932	0.332	0.76	2.5	99.5
6.288-55.02	4.2	0.025	2874	686	0.999	0.014	0.028	36.4	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.318→55.02 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	617	4.95 %
R_work	0.2136	-	-
obs	0.2147	12465	98.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.61 Å² / B_iso mean: 62.806 Å² / B_iso min: 35.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.318→55.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2069	0	39	30	2138
B_iso mean	-	-	97.34	55.69	-
残基数	-	-	-	-	262

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3177-2.5509	0.3272	142	0.271	2931	3073	99
2.5509-2.92	0.3518	172	0.2713	2917	3089	99
2.92-3.6788	0.2916	145	0.2325	2965	3110	99
3.6788-55.0351	0.1798	158	0.1846	3035	3193	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1594	-0.8685	-0.7052	2.078	0.97	3.5515	-0.047	-0.9885	0.1786	0.0548	-0.1593	0.1436	-0.2614	0.1871	-0.0576	0.5906	0.0495	0.0158	0.8528	-0.0698	0.5477	8.5193	22.9141	28.6397
2	3.3164	-0.9246	-1.5941	1.5382	1.0262	3.5348	0.1145	-0.588	0.5956	0.1082	0.1104	-0.1326	-0.2163	-0.0633	-0.1775	0.5592	0.0106	0.0661	0.7384	-0.1185	0.601	14.5707	25.6162	19.7756
3	3.587	-1.9554	-1.4807	1.332	0.7886	0.6638	-0.0545	0.2688	0.7888	-0.4289	-0.0842	0.8931	-0.4701	-0.4137	0.0354	0.6484	0.0556	0.0131	0.8674	0.0695	0.6665	7.2564	20.3595	-5.5192
4	1.5263	0.1224	-0.155	0.996	0.9775	2.6499	0.0937	0.2143	0.0482	-0.0579	0.0168	0.0786	-0.0904	-0.1458	0.0027	0.4289	0.0203	0.0372	0.4599	0.0342	0.4275	20.4239	11.3645	-3.8126
5	5.0827	1.8765	0.9917	7.327	2.3525	6.0074	-0.151	0.6875	-0.1412	-0.628	0.545	0.0018	0.596	0.0216	-0.112	0.7745	0.0207	-0.0024	0.7459	0.0793	0.4636	25.2457	1.4073	-12.6022
6	2.9358	-0.3724	0.2783	1.2873	-0.4005	2.7876	0.2616	0.7726	0.3787	0.0084	-0.2051	0.2515	-0.027	-0.4855	0.0488	0.4581	0.0542	0.021	0.5945	0.0255	0.4303	17.0638	15.4222	-10.5869
7	5.4936	0.2832	1.1094	4.2646	0.1547	3.6742	-0.0995	-0.382	-0.1978	0.3366	0.0258	0.3548	0.8421	-1.2078	0.0228	0.4528	-0.0791	0.0256	0.7521	0.0251	0.6139	5.9629	10.7108	-1.5225
8	3.0506	-0.6605	0.8478	2.0898	0.6631	2.7168	0.0311	-0.3821	0.4055	0.1151	-0.0347	-0.0734	-0.1372	-0.0693	0.0688	0.4741	-0.0191	0.0824	0.5146	-0.0237	0.5059	23.6302	19.7494	10.5463

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 102 )	A	27 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 120 )	A	103 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 121 through 184 )	A	121 - 184
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 185 through 198 )	A	185 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 216 )	A	199 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 217 through 230 )	A	217 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 231 through 264 )	A	231 - 264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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