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- PDB-6rbj: Crystal structure of KDM3B in complex with 5-(1H-tetrazol-5-yl)qu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rbj
タイトルCrystal structure of KDM3B in complex with 5-(1H-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol
要素Lysine-specific demethylase 3B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Epigenetics / KDM / Lysine Demethylase / chromatin / 2-oxoglutarate-dependent oxygenase / tetrazole
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / antioxidant activity / histone deacetylase complex / HDMs demethylate histones / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...histone H3K9me/H3K9me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / antioxidant activity / histone deacetylase complex / HDMs demethylate histones / transcription coregulator activity / chromatin DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 3B, PWWP domain / Domain of unknown function (DUF7030) / Histone demethylase JHDM2-like / Lysine-specific demethylase 3B, tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol / : / Lysine-specific demethylase 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.093 Å
データ登録者Johansson, C. / Newman, J.A. / Kawamura, A. / Schofield, C.J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of KDM3B in complex with 5-(1H-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol
著者: Johansson, C. / Newman, J.A. / Kawamura, A. / Schofield, C.J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.
履歴
登録2019年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 3B
B: Lysine-specific demethylase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,92612
ポリマ－81,0442
非ポリマー88210
水2,342130
1
A: Lysine-specific demethylase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9506
ポリマ－40,5221
非ポリマー4285
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine-specific demethylase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9766
ポリマ－40,5221
非ポリマー4545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.929, 93.754, 90.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 3B / JmjC domain-containing histone demethylation protein 2B / Jumonji domain-containing protein 1B / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 2B / Jumonji domain-containing protein 1B / Nuclear protein 5qNCA


分子量: 40521.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM3B, C5orf7, JHDM2B, JMJD1B, KIAA1082 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q7LBC6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 5種, 140分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-JX8 / 5-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol


分子量: 213.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1 M bis-tris pH 6.6 , 0.1 M magnesium chloride, 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→86.4 Å / Num. obs: 53263 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.99 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 181944
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.09-2.213.40.6072653577160.7650.3840.722.598.9
6.62-86.43.20.036561717370.9970.0240.04429.998.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.33 Å86.4 Å
Translation5.33 Å86.4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4c8d

4c8d


解像度: 2.093→86.4 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 2610 4.9 %
Rwork0.1889 --
obs0.1899 53226 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.19 Å2 / Biso mean: 43.1198 Å2 / Biso min: 16.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.093→86.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5370 0 99 130 5599
Biso mean--47.47 33.17 -
残基数----676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5667555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3753334
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0931-2.13120.38361530.32632611276498
2.1312-2.17220.34311150.29862672278799
2.1722-2.21650.28731550.26082615277099
2.2165-2.26470.25911420.22926682810100
2.2647-2.31740.25891420.218626442786100
2.3174-2.37540.20451670.21126672834100
2.3754-2.43960.23091410.211326012742100
2.4396-2.51140.26351310.215626932824100
2.5114-2.59240.27151280.222326822810100
2.5924-2.68510.25631330.220326542787100
2.6851-2.79260.24041420.21426492791100
2.7926-2.91970.22411330.20972669280299
2.9197-3.07370.21651400.203726412781100
3.0737-3.26620.22541290.19912709283899
3.2662-3.51840.22981150.19032690280599
3.5184-3.87250.17741320.16382653278599
3.8725-4.43280.13941320.139226862818100
4.4328-5.58480.16361420.139326942836100
5.5848-86.47750.17341380.17422718285698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7714-0.65350.06926.9387-0.47510.7188-0.033-0.0608-0.08970.12430.03720.0920.1327-0.0464-0.00950.2045-0.0324-0.00670.2190.00730.1531-14.308974.9212125.6598
20.7886-0.3014-0.08742.554-0.73091.6280.03840.0924-0.1807-0.09680.00750.32260.2044-0.1531-0.0550.235-0.031-0.02340.163-0.02350.2225-18.653977.935116.8729
32.2917-0.21130.14882.2873-0.61122.16280.0215-0.0007-0.05490.0126-0.1304-0.25580.10870.23770.09770.18770.0020.00090.1180.00680.1969-3.805282.5387119.7481
41.3239-0.8709-0.47014.69292.59373.5850.02930.04710.0209-0.10760.1379-0.2742-0.25880.0904-0.17050.1677-0.020.00740.2571-0.02650.2658-13.901668.63876.412
50.44810.73170.13112.73631.28842.034-0.0055-0.04740.1387-0.04620.07750.0536-0.1946-0.0535-0.03560.2020.0468-0.01030.2587-0.0160.2472-21.719162.326173.7387
62.43730.20050.55332.6110.46812.84270.0689-0.2678-0.18230.34470.1652-0.61010.24460.3946-0.15180.24670.053-0.09140.3277-0.09850.3469-8.36257.273682.5895
73.8781.9809-3.68127.786-0.70713.770.0904-0.2249-0.38080.6541-0.34290.02130.10070.18240.24180.3431-0.0363-0.07390.33080.00290.2747-27.09546.561980.0087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1378 through 1493 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1494 through 1564 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1565 through 1717 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1380 through 1493 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1494 through 1564 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1565 through 1706 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1707 through 1725 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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