PDB-6r80: Structure of AFF4 C-terminal homology domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r80

タイトル

Structure of AFF4 C-terminal homology domain

要素

AF4/FMR2 family member 4

キーワード

TRANSCRIPTION / transcription elongation factor / dimerisation domain

機能・相同性

機能・相同性情報

super elongation complex / spermatid development / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / response to endoplasmic reticulum stress / transcription elongation factor complex / euchromatin / fibrillar center / regulation of gene expression / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chen, Y. / Cramer, P.

資金援助

ドイツ, 4件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure of the super-elongation complex subunit AFF4 C-terminal homology domain reveals requirements for AFF homo- and heterodimerization.
著者: Chen, Y. / Cramer, P.

履歴

登録	2019年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r80.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r80.ent.gz	85.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r80.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r80	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ldd-1 5k94-1 6k7p-1 5dqf-d 5id9-d 2ch4-2 6u5a-d 6xk0-d 4luq-2 2xvq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AF4/FMR2 family member 4

32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AF4/FMR2 family member 4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.530, 79.480, 185.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1224- HOH
2	1	A-1225- HOH

#1: タンパク質	AF4/FMR2 family member 4 / ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor- ...ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor-associated protein 分子量: 32298.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFF4, AF5Q31, MCEF, HSPC092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHB7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

AF4/FMR2 family member 4 / ALL1-fused gene from chromosome 5q31 protein / Protein AF-5q31 / Major CDK9 elongation factor- ...

分子量: 32298.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFF4, AF5Q31, MCEF, HSPC092 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHB7

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.13 % / 解説: Rod-like crystal
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG 8000 14%-16% KH2PO4 0.04 M Glycerol 20% / PH範囲: 5.8-6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97925 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 16107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.97 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.04
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 6.85 % / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 2204 / CC_1/2: 0.663 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS	VERSION Nov 11, 2017	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 26, 2018	データスケーリング
HKL2Map	Version 0.4.e-beta	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.36 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.04
詳細: Refinement strategy --xyz --individual B-factors --TLS refinement --Occupancies(occupancies of SE sites) 5 cycles Targets and weighting --Target function ML --optimise x-ray/stereochemistry ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2515	802	4.99 %
R_work	0.2323	-	-
obs	0.2334	16066	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1811	0	0	42	1853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.46	2489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.23	1129
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	279
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.3379	0.4393	129	0.4414	2494	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3379-2.5184	0.3901	132	0.3355	2472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.7718	0.3062	133	0.2835	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-3.1728	0.2964	132	0.243	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1728-3.997	0.2295	134	0.2126	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.997-46.3703	0.2129	142	0.2042	2690	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6945	1.0674	0.062	2.1209	1.0463	1.1179	0.7645	0.9685	0.1126	-0.3386	-0.1829	-0.4477	0.6673	0.9142	-0.0026	0.9712	0.0712	0.2458	1.2106	-0.1022	0.9903	35.555	35.2618	6.1958
2	3.9929	3.0176	-0.7682	3.8365	0.7609	5.6204	0.1732	-1.0252	0.602	0.1395	0.0358	-0.8459	-0.7142	1.3363	0.0744	0.7397	-0.154	0.1447	0.8826	-0.2263	0.8517	33.6877	40.5587	23.133
3	2.0848	1.512	1.5959	1.0967	1.1502	1.2301	-0.8239	-0.4966	-0.4661	0.9354	-0.7559	0.8533	-0.067	-0.7812	-0.7677	1.4539	0.7336	0.6619	1.238	0.154	0.8857	12.2157	46.8324	20.2509
4	2.3422	1.1102	-1.9051	1.4322	0.2251	3.5164	0.3522	-0.6117	-0.3155	0.1263	-0.21	0.2454	0.8798	0.5389	-0.0026	0.7113	-0.0302	0.0202	0.6935	-0.0593	0.6481	23.6556	22.8156	33.4563
5	2.0371	3.444	-0.9824	9.2241	-1.9101	0.4649	-0.2232	0.308	-0.0737	0.4946	0.6294	2.3834	0.0806	0.0086	-0.0211	1.0361	0.2152	0.1693	1.5643	0.2867	0.8178	12.3578	10.6273	59.4458
6	2.5183	0.662	-1.9112	3.6359	-1.5984	2.005	0.0187	-0.3192	-0.071	-0.022	0.3042	0.1027	0.2403	-0.4908	-0	0.5888	-0.0619	0.0801	0.7043	-0.0443	0.6197	21.4524	27.4403	24.0159
7	2.0567	0.5693	0.3862	0.8268	0.6903	1.847	0.4571	0.356	1.2387	-1.0022	-0.3353	-0.7106	-0.6001	0.532	0.0006	0.7569	0.0212	0.2095	0.5446	-0.0247	0.8134	27.6967	40.0331	9.6118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 901 through 914 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 915 through 983 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 984 through 992 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 993 through 1039 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1040 through 1086 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1087 through 1142 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1143 through 1162 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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