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万見
- PDB-6r47: The structure of pistol ribozyme bound to magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r47
タイトルThe structure of pistol ribozyme bound to magnesium
要素
  • RNA (50-MER)
  • RNAリボ核酸
キーワードRNA (リボ核酸) / ribozyme (リボザイム) / pseudoknot (シュードノット) / Magnesium (マグネシウム)
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Alistipes putredinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lilley, D.M.J. / Wilson, T.M. / Liu, Y.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Comparison of the Structures and Mechanisms of the Pistol and Hammerhead Ribozymes.
著者: Wilson, T.J. / Liu, Y. / Li, N.S. / Dai, Q. / Piccirilli, J.A. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2019年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (50-MER)
B: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1073
ポリマ－21,0832
非ポリマー241
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.309, 94.309, 96.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: RNA鎖 RNA (50-MER)


分子量: 16156.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Alistipes putredinis (バクテリア)
#2: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 4926.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Alistipes putredinis (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.86 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.01 M Magnesium sulphate heptahydrate 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0 1.8 M Lithium sulphate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→81.67 Å / Num. obs: 8853 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/av σ(I): 9.4 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 1592

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→81.67 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 24.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1802 437 -
Rwork0.1759 --
obs0.1762 8834 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 209.17 Å2 / Biso mean: 137.45 Å2 / Biso min: 108.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→81.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1390 1 5 1396
Biso mean--116.01 140.66 -
残基数----65
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.428761
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1001-3.29430.35271390.32152614275395
3.2943-3.54860.24521330.25632613274695
3.5486-3.90570.21831500.2082544269494
3.9057-4.47070.19081360.17872658279496
4.4707-5.63210.17941650.15832624278996
5.6321-62.22810.15671670.15692587275496
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 165.1601 Å / Origin y: 117.6916 Å / Origin z: -7.8874 Å
111213212223313233
T1.2375 Å20.0107 Å2-0.273 Å2-1.526 Å2-0.0908 Å2--1.3551 Å2
L1.8075 °2-1.6948 °2-0.2032 °2-1.5684 °20.206 °2--1.4318 °2
S0.0634 Å °0.1139 Å °-0.2441 Å °-0.0211 Å °-0.0352 Å °0.113 Å °-0.0466 Å °-0.0862 Å °-0.0324 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 51
2X-RAY DIFFRACTION1allB52 - 72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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