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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r30 | |||||||||
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タイトル | Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc) L439G variant in complex with the covalent adduct formed between prFMN cofactor and phenylpropiolic acid (Int1') | |||||||||
![]() | Ferulic acid decarboxylase 1 | |||||||||
![]() | LYASE / (de)carboxylase / UbiD / prFMN binding | |||||||||
機能・相同性 | ![]() styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bailey, S.S. / Leys, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Atomic description of an enzyme reaction dependent on reversible 1,3-dipolar cycloaddition 著者: Bailey, S.S. / Payne, K.A.P. / Saaret, A. / Marshall, S.A. / Gostimskaya, I. / Kosov, I. / Fisher, K. / Hay, S. / Leys, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 200.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 786.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 795 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6r2pC ![]() 6r2rC ![]() 6r2tC ![]() 6r2zC ![]() 6r32C ![]() 6r33C ![]() 6r34C ![]() 6r3fC ![]() 6r3gC ![]() 6r3iC ![]() 6r3jC ![]() 6r3lC ![]() 6r3nC ![]() 6r3oC ![]() 4za9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56279.840 Da / 分子数: 1 / 変異: L439G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A3F3RNU4, UniProt: A2QHE5*PLUS, phenacrylate decarboxylase |
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-非ポリマー , 5種, 736分子 ![](data/chem/img/JQZ.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/JQ8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/JQ8.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-JQZ / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-JQ8 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, BIS-TRIS PROPANE 6.5, 20 % W/V PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→39.93 Å / Num. obs: 207057 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 20237 / CC1/2: 0.59 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZA9 解像度: 1.12→39.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.067 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.429 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.12→39.93 Å
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拘束条件 |
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