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- PDB-6r2d: Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2d
タイトルCrystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD after soaking with succinylphosphonate phosphonoethyl ester, followed by temperature increase
要素Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxoglutarate dehydrogenase / TPP-dependent decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
TPP helical domain / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain / Rossmann fold - #12470 / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component ...TPP helical domain / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain / Rossmann fold - #12470 / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Thiamin diphosphate-binding fold / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZP1 / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wagner, T. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Conformational transitions in the active site of mycobacterial 2-oxoglutarate dehydrogenase upon binding phosphonate analogues of 2-oxoglutarate: From a Michaelis-like complex to ThDP adducts.
著者: Wagner, T. / Boyko, A. / Alzari, P.M. / Bunik, V.I. / Bellinzoni, M.
履歴
登録2019年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
B: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
C: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
D: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,47016
ポリマ－388,6674
非ポリマー2,80312
水17,961997
1
A: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
B: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,7358
ポリマ－194,3332
非ポリマー1,4026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area55540 Å2
手法PISA
2
C: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
D: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,7358
ポリマ－194,3332
非ポリマー1,4026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9290 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area55320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.840, 83.730, 160.570
Angle α, β, γ (deg.)99.52, 98.94, 100.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / HOAS / 2-oxoglutarate carboxy-lyase / 2-oxoglutarate ...2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / HOAS / 2-oxoglutarate carboxy-lyase / 2-oxoglutarate decarboxylase / Alpha-ketoglutarate decarboxylase / KGD / Alpha-ketoglutarate-glyoxylate carboligase


分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: kgd, sucA, MSMEG_5049, MSMEI_4922 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZP1 / (4~{S})-4-[(2~{R})-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-2~{H}-1,3-thiazol-2-yl]-4-[ethoxy(oxidanyl)phosphoryl]-4-oxidanyl-butanoic acid


分子量: 636.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H31N4O13P3S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 58% MPD, 22.5 mM Na acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→80.57 Å / Num. obs: 172011 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 55.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 8537 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.321 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2YIC

2yic


解像度: 2.3→33.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.314 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.298 / SU Rfree Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 8613 5.01 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 171953 97.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9936 Å21.1256 Å20.9291 Å2
2--0.7872 Å2-1.3175 Å2
3---6.2064 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→33.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25045 0 164 997 26206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125729HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0434934HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d11869SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4503HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it25729HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3338SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact30731SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.32 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 180 5.23 %
Rwork0.213 3260 -
all0.2144 3440 -
obs--97.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8058-0.18290.0541.1347-0.29121.163-0.04220.08450.26420.0380.09430.3669-0.1043-0.1275-0.052-0.16140.1103-0.0392-0.15810.02620.1016-16.673915.0978-46.2946
20.914-0.07110.19670.9722-0.20110.9605-0.0218-0.1926-0.11930.34210.06340.1070.18010.0917-0.04150.09410.17660.0164-0.124-0.0196-0.14196.5597-15.2952-19.7492
31.39310.0590.10881.16530.12920.5847-0.05490.4011-0.2125-0.20760.08190.06510.1810.1653-0.027-0.04220.0843-0.0389-0.0124-0.1214-0.15375.3731-15.4991-61.9655
41.08080.2108-0.04661.343-0.2820.8027-0.0476-0.01120.33720.17210.041-0.2391-0.10680.26140.0066-0.15720.0804-0.0767-0.0544-0.07040.002124.234118.481-36.8982
50.6922-0.0934-0.03221.29040.16970.9986-0.0546-0.1430.4107-0.13290.1055-0.3633-0.18690.105-0.0509-0.072-0.0293-0.0312-0.2162-0.0850.09139.719420.283146.828
60.9318-0.07220.05831.09150.27941.02860.04450.1422-0.068-0.43140.0023-0.13730.1891-0.0316-0.04690.2142-0.04040.0174-0.21390.0262-0.1742-0.5517-16.656720.4301
71.4552-0.10620.18361.1548-0.15980.6467-0.043-0.4475-0.16610.09620.0657-0.09020.1867-0.1342-0.0227-0.0341-0.0038-0.0615-0.01920.0889-0.16480.0607-16.823662.2163
81.2425-0.25940.03161.19770.10530.9226-0.0185-0.07040.1818-0.1966-0.01050.3362-0.038-0.39380.029-0.0909-0.0188-0.1086-0.05710.0195-0.0692-29.45628.313137.3256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|366 - A|813}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|831 - A|1227}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|365 - B|813}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|831 - B|1227}
5X-RAY DIFFRACTION5{C|366 - C|814}
6X-RAY DIFFRACTION6{C|831 - C|1227}
7X-RAY DIFFRACTION7{D|367 - D|815}
8X-RAY DIFFRACTION8{D|831 - D|1227}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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