PDB-6r2b: Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r2b

タイトル

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD after soaking with succinylphosphonate

要素

Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxoglutarate dehydrogenase / TPP-dependent decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Wagner, T. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Conformational transitions in the active site of mycobacterial 2-oxoglutarate dehydrogenase upon binding phosphonate analogues of 2-oxoglutarate: From a Michaelis-like complex to ThDP adducts.
著者: Wagner, T. / Boyko, A. / Alzari, P.M. / Bunik, V.I. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2019年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r2b.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r2b.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r2b_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r2b_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6r2b_validation.xml.gz	120.1 KB	表示
CIF形式データ	6r2b_validation.cif.gz	175.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r29C 6r2aC 6r2cC 6r2dC 2yidS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r29-d 2yid-2 2yid-1 6r2c-2 6r2a-d 2xta-2 3zhu-2 2y0p-1 2y0p-2 6r2d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (17) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (9) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

B: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

C: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

D: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

ヘテロ分子

391 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

B: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

D: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.120, 82.760, 162.970
Angle α, β, γ (deg.)	98.55, 97.52, 102.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / HOAS / 2-oxoglutarate carboxy-lyase / 2-oxoglutarate ...2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / HOAS / 2-oxoglutarate carboxy-lyase / 2-oxoglutarate decarboxylase / Alpha-ketoglutarate decarboxylase / KGD / Alpha-ketoglutarate-glyoxylate carboligase 分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: kgd, sucA, MSMEG_5049, MSMEI_4922 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-QSP / (4~{S})-4-[(2~{R})-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-5-[2-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxyethyl]-2~{H}-1,3-thiazol-2-yl]-4-oxidanyl-4-phosphono-butanoic acid 分子量: 608.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₇N₄O₁₃P₃S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% MPD, 22.5 mM Na acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97895 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→158.88 Å / Num. obs: 284499 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 14077 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.344 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2YID

2yid

解像度: 1.96→158.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.175 / SU R_free Blow DPI: 0.148 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.151

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	14368	5.05 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.229	284471	97.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.8456 Å²	-0.54 Å²	1.0042 Å²
2-	-	0.3602 Å²	0.6368 Å²
3-	-	-	4.4854 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.96→158.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26203	0	156	1360	27719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	26915	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	36506	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		12528	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		4708	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		26915	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.44
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.71
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3455	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		32750	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.96→1.98 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2531	276	4.85 %
R_work	0.2131	5414	-
all	0.215	5690	-
obs	-	-	93.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3626	-0.0049	0.0748	0.6668	0.1546	0.3904	-0.0019	0.0497	-0.0516	-0.1597	-0.0097	0.0411	0.1308	0.053	0.0117	0.1003	0.0677	-0.0419	-0.118	-0.0328	-0.1046	1.9884	-17.0857	-17.9879
2	0.457	0.0312	-0.033	0.6273	-0.1532	0.5449	-0.0017	-0.0436	0.1314	0.0351	-0.0256	-0.1378	-0.1144	0.1366	0.0274	-0.0005	0.0261	-0.0428	-0.0887	-0.0395	-0.0314	18.0373	19.1845	3.4342
3	0.3147	-0.2227	0.1346	0.5028	-0.0343	0.6817	0.0079	0.0037	0.0689	-0.0733	-0.0003	0.1126	-0.0813	-0.0945	-0.0076	0.0218	0.0842	-0.0589	-0.1123	-0.0079	-0.0281	-22.1894	14.1125	-5.0827
4	0.3187	0.0143	0.0597	0.4317	-0.0943	0.7051	-0.0008	-0.0675	-0.0097	0.106	0.0151	0.0273	0.0663	0.0487	-0.0143	0.064	0.0846	-0.0312	-0.0878	-0.0217	-0.0938	1.041	-12.6544	22.9294
5	0.182	0.0035	0.1682	0.6878	0.0728	0.76	-0.0261	-0.0142	0.1092	0.0467	0.0318	-0.0737	-0.121	0.0545	-0.0057	-0.0003	0.0451	-0.0355	-0.1143	-0.0449	-0.0155	27.5198	49.4821	-65.7263
6	0.3794	-0.0739	0.041	0.3792	0.1598	0.7725	0.0386	0.0751	-0.0167	-0.1004	-0.017	-0.021	0.0848	-0.0192	-0.0216	0.0506	0.0611	-0.0257	-0.0932	-0.0198	-0.0798	17.3412	15.5885	-94.2318
7	0.4046	-0.0916	0.1681	0.5915	-0.0098	0.4566	-0.0088	-0.047	-0.0465	0.1058	0.0148	-0.0407	0.1785	-0.0072	-0.006	0.0704	0.0712	-0.041	-0.103	-0.0026	-0.0926	18.0816	10.9419	-53.6501
8	0.5814	-0.1447	-0.0984	0.5983	0.2206	0.7407	0.0111	0.0337	0.0362	-0.0136	-0.0632	0.1538	-0.0422	-0.2244	0.0521	-0.0603	0.0702	-0.0264	-0.0288	-0.0232	-0.0425	-11.227	37.6346	-74.8386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|362 - A\|827}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|830 - A\|1227}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|365 - B\|810}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|811 - B\|1227}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|365 - C\|810}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{C\|811 - C\|1227}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|367 - D\|827}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{D\|830 - D\|1227}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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