[日本語] English
万見
- PDB-6r1g: Crystal structure of Borrelia burgdorferi periplasmic protein BB0... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r1g
タイトルCrystal structure of Borrelia burgdorferi periplasmic protein BB0365 (IPLA7, p22)
要素Outer surface 22 kDa lipoprotein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / periplasmic lipoprotein / Lyme disease
機能・相同性cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / membrane / TRIETHYLENE GLYCOL / Outer surface 22 kDa lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Brangulis, K. / Akopjana, I. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Tars, K.
資金援助 Latvia, 1件
組織認可番号国
European Regional Development Fund1.1.1.2/VIAA/1/16/144 Latvia
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of Borrelia burgdorferi periplasmic lipoprotein BB0365 involved in Lyme disease infection.
著者: Brangulis, K. / Akopjana, I. / Petrovskis, I. / Kazaks, A. / Jekabsons, A. / Jaudzems, K. / Viksna, A. / Bertins, M. / Tars, K.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer surface 22 kDa lipoprotein
B: Outer surface 22 kDa lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0929
ポリマ－38,1232
非ポリマー9707
水3,351186
1
A: Outer surface 22 kDa lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2773
ポリマ－19,0611
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer surface 22 kDa lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8166
ポリマ－19,0611
非ポリマー7545
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.650, 63.470, 61.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Outer surface 22 kDa lipoprotein / Antigen IPLA7


分子量: 19061.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first four residues (GAMG) are remnants from the expression tag.
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (strain ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680) (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: p22, BB_0365 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL67
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Na acetate 0.1 M Tris pH 8.5 35% PEG 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.94934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.22 Å / Num. obs: 50688 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 7281 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→47.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.302 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.071
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1916 2536 5 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1761 48130 96.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.92 Å2 / Biso mean: 22.249 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 0 58 186 2588
Biso mean--40.43 30.58 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9361.6323289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4871.5825426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9065300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77225.455110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00515443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.201152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02463
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 211 -
Rwork0.229 3471 -
all-3682 -
obs--95.59 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る