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- PDB-6qwn: Protein peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qwn
タイトルProtein peptide complex
要素
  • Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
  • Protein RALF-like 4
キーワードPLANT PROTEIN / Leucine rich extensin / peptide signaling / cell wall signaling / LRR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pollen tube growth / pollen tube growth / structural constituent of cell wall / apoplast / calcium-mediated signaling / hormone activity / cell wall organization / cell-cell signaling / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Rapid ALkalinization Factor / Rapid ALkalinization Factor (RALF) / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein RALF-like 4 / Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.892 Å
データ登録者Moussu, S. / Caroline, C. / Santos-Fernandez, G. / Wehrle, S. / Grossniklaus, U. / Santiago, J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Research Council716358 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for recognition of RALF peptides by LRX proteins during pollen tube growth.
著者: Moussu, S. / Broyart, C. / Santos-Fernandez, G. / Augustin, S. / Wehrle, S. / Grossniklaus, U. / Santiago, J.
履歴
登録2019年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
F: Protein RALF-like 4
B: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
G: Protein RALF-like 4
C: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
H: Protein RALF-like 4
D: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
I: Protein RALF-like 4
E: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
J: Protein RALF-like 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,35318
ポリマ－242,91910
非ポリマー3,4348
水00
1
A: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
F: Protein RALF-like 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5544
ポリマ－48,5842
非ポリマー9702
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
2
B: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
G: Protein RALF-like 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5954
ポリマ－48,5842
非ポリマー1,0112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
3
C: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
H: Protein RALF-like 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5954
ポリマ－48,5842
非ポリマー1,0112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
4
D: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
I: Protein RALF-like 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0264
ポリマ－48,5842
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
5
E: Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1
J: Protein RALF-like 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5842
ポリマ－48,5842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.841, 114.091, 146.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 1 / Pollen-specific LRR/EXTENSIN1 / Cell wall hydroxyproline-rich glycoprotein


分子量: 41765.914 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: pollen / Cell: pollen / 遺伝子: PEX1, At3g19020, K13E13.23 / プラスミド: pACEBac1 / Cell (発現宿主): pollen / 細胞株 (発現宿主): TNAO38 / 器官 (発現宿主): pollen / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組織 (発現宿主): pollen / 参照: UniProt: Q9LJ64
#2: タンパク質
Protein RALF-like 4


分子量: 6817.940 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: pollen / Cell: pollen / 遺伝子: RALFL4, At1g28270, F3H9.8 / プラスミド: pACEBac1 / Cell (発現宿主): pollen / 細胞株 (発現宿主): TNAO38 / 器官 (発現宿主): pollen / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組織 (発現宿主): pollen / 参照: UniProt: Q9FZA0

-
糖 , 6種, 8分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a6-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.34 % / 解説: Elongated three dimensional needle
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 17.5% (w/v) PEG 8000, 0.1 M Bis-Tris pH7, 0.2 M sodium citrate
PH範囲: ph 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999871 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月27日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999871 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.892→49.44 Å / Num. obs: 28176 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0.95 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 110.49 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rrim(I) all: 0.495 / Rsym value: 0.457 / Net I/σ(I): 4.44
反射 シェル解像度: 3.892→4.13 Å / 冗長度: 6.71 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 4482 / CC1/2: 0.34 / Rrim(I) all: 2.26 / Rsym value: 2.092 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LRX2

解像度: 3.892→49.44 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3292 1407 5 %
Rwork0.2816 --
obs0.284 28124 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.892→49.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14844 0 226 0 15070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315467
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75620966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9859292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8916-4.03060.37931370.32662604X-RAY DIFFRACTION98
4.0306-4.19190.34921400.3172669X-RAY DIFFRACTION100
4.1919-4.38260.34821400.30442648X-RAY DIFFRACTION100
4.3826-4.61350.34761390.28112648X-RAY DIFFRACTION100
4.6135-4.90230.32111420.27322703X-RAY DIFFRACTION100
4.9023-5.28040.31551390.28022633X-RAY DIFFRACTION100
5.2804-5.8110.3631410.29762682X-RAY DIFFRACTION100
5.811-6.65020.35581420.29972691X-RAY DIFFRACTION100
6.6502-8.37190.34771410.28012689X-RAY DIFFRACTION100
8.3719-49.46020.27631460.24612750X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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