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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qrr | ||||||
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タイトル | X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 0.13 MGy | ||||||
![]() | Xylose isomerase | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Isomerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Taberman, H. / Bury, C.S. / van der Woerd, M.J. / Snell, E.H. / Garman, E.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural knowledge or X-ray damage? A case study on xylose isomerase illustrating both. 著者: Taberman, H. / Bury, C.S. / van der Woerd, M.J. / Snell, E.H. / Garman, E.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 173 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43195.277 Da / 分子数: 1 / 変異: E186Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: xylA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 545分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-IPA / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月1日 | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.096→38.7 Å / Num. obs: 180192 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.096→1.135 Å / Rrim(I) all: 0.438 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1MUW 解像度: 1.096→38.69 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.096→38.69 Å
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