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- PDB-6qlc: The ssDNA-binding RNA polymerase cofactor Drc from Pseudomonas ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qlc
タイトルThe ssDNA-binding RNA polymerase cofactor Drc from Pseudomonas phage LUZ7
要素ssDNA binding RNA Polymerase cofactor
キーワードVIRAL PROTEIN / ssDNA binding
機能・相同性PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage LUZ7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者De Zitter, E. / Boon, M. / De Smet, J. / Lavigne, R. / Van Meervelt, L.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
KU LeuvenGOA-project KUL_3E140356 ベルギー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: 'Drc', a structurally novel ssDNA-binding transcription regulator of N4-related bacterial viruses.
著者: Boon, M. / De Zitter, E. / De Smet, J. / Wagemans, J. / Voet, M. / Pennemann, F.L. / Schalck, T. / Kuznedelov, K. / Severinov, K. / Van Meervelt, L. / De Maeyer, M. / Lavigne, R.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ssDNA binding RNA Polymerase cofactor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6562
ポリマ－11,5611
非ポリマー951
水54030
1
A: ssDNA binding RNA Polymerase cofactor
ヘテロ分子

A: ssDNA binding RNA Polymerase cofactor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3124
ポリマ－23,1222
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_544x,-y-1/2,-z-3/41
Buried area4280 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.826, 88.826, 63.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 ssDNA binding RNA Polymerase cofactor / ssDNA-binding RNA polymerase cofactor Drc


分子量: 11561.232 Da / 分子数: 1 / 断片: ssDNA binding protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage LUZ7 (ファージ)
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: C8ZKB3
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8 M ammonium phosphate monobasic 0.1 M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000, 2.07333
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.073331
反射解像度: 2.2→44.42 Å / Num. obs: 6690 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 48.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 31.3 / Num. measured all: 86244
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.2713.70.4535710.9680.1260.471100
9.07-44.4210.50.0281190.9990.010.0399

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSOct 2015データ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
SHELX2013/2位相決定
PHENIX1.11精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→44.413 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2859 354 5.3 %
Rwork0.2272 --
obs0.2302 6673 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.55 Å2 / Biso mean: 58.1697 Å2 / Biso min: 33.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数650 0 5 30 685
Biso mean--70.08 64.6 -
残基数----81
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.882917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.039582
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2001-2.51840.38441240.27220452169
2.5184-3.17280.33091280.305220712199
3.1728-44.4220.25271020.197722032305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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