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万見
- PDB-6qk5: Solution Structure of the Zn-loaded form of a Metallothionein fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qk5
タイトルSolution Structure of the Zn-loaded form of a Metallothionein from Helix Pomatia
要素Cadmium-metallothionein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / metallothionein / Cadmium protein / snail protein / Helix pomatia
機能・相同性Eukaryotic metallothionein / Metallothionein, mollusc / metal ion binding / Cadmium-metallothionein
機能・相同性情報
生物種Helix pomatia (無脊椎動物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Zerbe, O. / Jurt, S. / Beil, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationDach Project grant No I 1482-N28 スイス
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: The Solution Structure and Dynamics of Cd-Metallothionein fromHelix pomatiaReveal Optimization for Binding Cd over Zn.
著者: Beil, A. / Jurt, S. / Walser, R. / Schonhut, T. / Guntert, P. / Palacios, O. / Atrian, S. / Capdevila, M. / Dallinger, R. / Zerbe, O.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadmium-metallothionein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0287
ポリマ－6,6361
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cadmium-metallothionein / CD-MT


分子量: 6635.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the first residue Gly is an artefact from cloning / 由来: (組換発現) Helix pomatia (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Plys / 参照: UniProt: P33187
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC
132isotropic22D 1H-15N HSQC
142isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
152isotropic23D CBCA(CO)NH
192isotropic23D HN(CA)CB
182isotropic23D (H)CCH-TOCSY
172isotropic23D 1H-15N TOCSY
162isotropic23D 1H-15N NOESY
1112isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution110 mM [U-2H] TRIS, 1 mM TSP, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution210 mM [U-2H] TRIS, 1 mM TSP, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMTRIS[U-2H]1
1 mMTSPnone1
10 mMTRIS[U-2H]2
1 mMTSPnone2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker NeoBrukerNeo6001
Bruker NeoBrukerNeo7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLORBrunger精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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