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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qiv | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of seleno-derivative CAG repeats with synthetic CMBL4 compound | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / CAG repeats / CMBL / RNA complex with ligand | 機能・相同性 | CMBL4 / RNA | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Nakatani, K. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structural insights into synthetic ligands targeting A-A pairs in disease-related CAG RNA repeats. 著者: Mukherjee, S. / Blaszczyk, L. / Rypniewski, W. / Falschlunger, C. / Micura, R. / Murata, A. / Dohno, C. / Nakatani, K. / Kiliszek, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 17.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 761.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 761.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2564.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-J4H / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 mM MgCl2, Tacsimate and 5 mM hexamine cobalt chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→26.81 Å / Num. obs: 1430 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.679 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 223 / CC1/2: 0.997 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6QIQ 解像度: 2.28→26.8 Å / SU ML: 0.0797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2672
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.28→26.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→26.81 Å
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