PDB-6qb0: 5675

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qb0

タイトル

5675

要素

LEU-GLY-GLN-GLN-GLN-ALA-PHE-PRO-PRO-GLN-GLN-PRO-TYR

キーワード

IMMUNE SYSTEM / STRUCTURE FROM CYANA 2.1

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Calvanese, L. / D'Auria, G. / Falcigno, F.

引用

ジャーナル: J.Pept.Sci. / 年: 2019
タイトル: Structural insights on P31-43, a gliadin peptide able to promote an innate but not an adaptive response in celiac disease.
著者: Calvanese, L. / Nanayakkara, M. / Aitoro, R. / Sanseverino, M. / Tornesello, A.L. / Falcigno, L. / D'Auria, G. / Barone, M.V.

履歴

登録	2018年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qb0.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qb0.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/6qb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/6qb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qaxC 6qb1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ykk-d 6lf5-d 1qgm-d 1qzl-d 2csa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 34342P31-43

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LEU-GLY-GLN-GLN-GLN-ALA-PHE-PRO-PRO-GLN-GLN-PRO-TYR

1.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	40 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	LEU-GLY-GLN-GLN-GLN-ALA-PHE-PRO-PRO-GLN-GLN-PRO-TYR 分子量: 1501.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	anisotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	anisotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	anisotropic	1	2D 1H-1H ROESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1.4 mM 1H 5675, 90% H2O/10% D2O / Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.4 mM / 構成要素: 5675 / Isotopic labeling: 1H
試料状態	イオン強度: NULL Not defined / Label: 5675 / pH: 4.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	データ解析

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 3 / 詳細: 66-NOE

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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