[日本語] English
万見
- PDB-6q9m: Central Fibronectin-III array of RIM-binding protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q9m
タイトルCentral Fibronectin-III array of RIM-binding protein
要素RIM-binding protein, isoform F
キーワードEXOCYTOSIS / Active Zone / RIM-binding protein / Fibronectin type III / FN-III
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic active zone organization / Pregnenolone biosynthesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / cytoskeletal matrix organization at active zone / cytoskeleton of presynaptic active zone / neuromuscular synaptic transmission ...presynaptic active zone organization / Pregnenolone biosynthesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / cytoskeletal matrix organization at active zone / cytoskeleton of presynaptic active zone / neuromuscular synaptic transmission / presynaptic active zone cytoplasmic component / neuromuscular junction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RIMS-binding protein, second SH3 domain / RIMS-binding protein, third SH3 domain / RIMS-binding protein 1/2/3 / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 3 domains ...RIMS-binding protein, second SH3 domain / RIMS-binding protein, third SH3 domain / RIMS-binding protein 1/2/3 / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RIM-binding protein, isoform F
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.453 Å
データ登録者Driller, J.D. / Habibi, S. / Wahl, M.C. / Loll, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB958 ドイツ
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2020
タイトル: RIM-binding protein couples synaptic vesicle recruitment to release sites.
著者: Petzoldt, A.G. / Gotz, T.W.B. / Driller, J.H. / Lutzkendorf, J. / Reddy-Alla, S. / Matkovic-Rachid, T. / Liu, S. / Knoche, E. / Mertel, S. / Ugorets, V. / Lehmann, M. / Ramesh, N. / Beuschel, ...著者: Petzoldt, A.G. / Gotz, T.W.B. / Driller, J.H. / Lutzkendorf, J. / Reddy-Alla, S. / Matkovic-Rachid, T. / Liu, S. / Knoche, E. / Mertel, S. / Ugorets, V. / Lehmann, M. / Ramesh, N. / Beuschel, C.B. / Kuropka, B. / Freund, C. / Stelzl, U. / Loll, B. / Liu, F. / Wahl, M.C. / Sigrist, S.J.
履歴
登録2018年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RIM-binding protein, isoform F
B: RIM-binding protein, isoform F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1123
ポリマ－65,0172
非ポリマー951
水70339
1
A: RIM-binding protein, isoform F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6042
ポリマ－32,5091
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RIM-binding protein, isoform F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5091
ポリマ－32,5091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.095, 80.547, 93.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 RIM-binding protein, isoform F


分子量: 32508.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Rbp, CG14867, CG31302, CG5143, CG5152, Dmel\CG43073, DRBP, drbp, RBP, rbp, CG43073, Dmel_CG43073
プラスミド: pGex-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4JDC9
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.4M KH2PO4, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 27284 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 4373 / CC1/2: 0.798 / Rrim(I) all: 0.71 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.453→41.569 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 1365 5 %
Rwork0.2108 --
obs0.2133 27276 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.453→41.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4002 0 5 39 4046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0895593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4582980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4529-2.54050.31951340.30162537X-RAY DIFFRACTION99
2.5405-2.64220.32251360.27482585X-RAY DIFFRACTION100
2.6422-2.76250.34731360.26732580X-RAY DIFFRACTION100
2.7625-2.90810.28311370.25722607X-RAY DIFFRACTION100
2.9081-3.09020.32961370.25232607X-RAY DIFFRACTION100
3.0902-3.32870.2681360.22932579X-RAY DIFFRACTION100
3.3287-3.66350.30511370.22212603X-RAY DIFFRACTION99
3.6635-4.19320.24991360.20672574X-RAY DIFFRACTION99
4.1932-5.28130.21751370.16772618X-RAY DIFFRACTION99
5.2813-41.57540.2291390.19682621X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9966-1.62981.92215.5379-0.66956.52770.18730.40740.241-0.0141-0.2797-0.2904-0.12690.58720.10920.3030.08980.02610.52010.01720.45614.70943.69736.7036
27.18650.23013.66793.0194-1.07916.02070.07980.0736-0.23430.0168-0.154-0.16010.40650.1390.09090.3075-0.04830.08210.3218-0.050.4331-16.68191.720928.8775
32.70051.53020.15118.79516.3425.04970.3443-0.6221-0.0854-0.5551-0.42990.37420.2875-1.35410.02210.8245-0.1177-0.17471.0184-0.16320.6715-32.089629.296933.9526
48.4342-0.4841-0.05443.9421-0.8256.4030.1920.4056-0.291-0.6795-0.21670.1160.47140.03130.02830.78740.1827-0.07550.55650.00480.429.4054-6.1742-10.9686
55.0605-0.7832.04534.2202-1.32827.02320.23840.17620.0377-0.4892-0.2176-0.0790.1759-0.1915-0.02650.38130.0006-0.01970.3514-0.07530.490716.464-3.112611.801
67.8545.00620.26078.6268-1.49073.61250.0946-0.5942-0.23850.4631-0.2172-0.1010.3722-0.33630.14060.6501-0.12990.00020.54740.03260.47994.9565-30.178429.4769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 741 through 835 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 836 through 941 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 942 through 1036 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 742 through 835 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 836 through 941 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 942 through 1042 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る